Quelltext der Seite Recombinase Polymerase Amplification

Die '''{{lang|en|Recombinase Polymerase Amplification}}''' (RPA, engl. für ‚Rekombinase-Polymerase-Amplifikation‘) ist eine Methode zur [[Amplifikation (Genetik)|Amplifikation]] (Vervielfältigung) von [[DNA]]. Sie ist eine Variante der [[Isothermale DNA-Amplifikation|isothermalen DNA-Amplifikation]].<ref>O. Piepenburg, C. H. Williams, D. L. Stemple, N. A. Armes: ''DNA detection using recombination proteins.'' In: ''PLoS biology.'' Band 4, Nummer 7, Juli 2006, S.&nbsp;e204, [[doi:10.1371/journal.pbio.0040204]], PMID 16756388, {{PMC|1475771}}.</ref>

== Eigenschaften ==
Die ''Recombinase Polymerase Amplification'' verwendet eine [[Rekombinase]], ein [[Einzelstrang-bindendes Protein]] und eine strangversetzende [[DNA-Polymerase]].<ref>J. Kim, C. J. Easley: ''Isothermal DNA amplification in bioanalysis: strategies and applications.'' In: ''Bioanalysis.'' Band 3, Nummer 2, Januar 2011, S.&nbsp;227–239, [[doi:10.4155/bio.10.172]], PMID 21250850.</ref> Die Rekombinase verstärkt die Bindung eines [[Primer]]s mit einer Länge von 30 bis 38 [[Nukleotid]]en. Durch die Verwendung einer strangversetzenden DNA-Polymerase kann die Reaktion bei einer konstanten Temperatur von 37 bis 42&nbsp;°C erfolgen, bei Raumtemperatur verläuft die Reaktion etwas langsamer.<ref>L. Lillis, D. Lehman, M. C. Singhal, J. Cantera, J. Singleton, P. Labarre, A. Toyama, O. Piepenburg, M. Parker, R. Wood, J. Overbaugh, D. S. Boyle: ''Non-instrumented incubation of a recombinase polymerase amplification assay for the rapid and sensitive detection of proviral HIV-1 DNA.'' In: ''PloS one.'' Band 9, Nummer 9, 2014, S.&nbsp;e108189, [[doi:10.1371/journal.pone.0108189]], PMID 25264766, {{PMC|4180440}}.</ref> Die Reaktion läuft auch ohne Geräte durch Aufbewahrung des Reaktionsgefäßes in der [[Achsel]].<ref>Z. A. Crannell, B. Rohrman, R. Richards-Kortum: ''Equipment-free incubation of recombinase polymerase amplification reactions using body heat.'' In: ''PloS one.'' Band 9, Nummer 11, 2014, S.&nbsp;e112146, [[doi:10.1371/journal.pone.0112146]], PMID 25372030, {{PMC|4221156}}.</ref> Analog zur [[RT-PCR]] kann durch Zusatz einer [[Reverse Transkriptase|reversen Transkriptase]] eine [[reverse Transkription]] durchgeführt werden.<ref>H. M. Amer, A. Abd El Wahed, M. A. Shalaby, F. N. Almajhdi, F. T. Hufert, M. Weidmann: ''A new approach for diagnosis of bovine coronavirus using a reverse transcription recombinase polymerase amplification assay.'' In: ''Journal of virological methods.'' Band 193, Nummer 2, November 2013, S.&nbsp;337–340, [[doi:10.1016/j.jviromet.2013.06.027]], PMID 23811231.</ref><ref>A. Abd El Wahed, P. Patel, D. Heidenreich, F. T. Hufert, M. Weidmann: ''Reverse transcription recombinase polymerase amplification assay for the detection of middle East respiratory syndrome coronavirus.'' In: ''PLoS currents.'' Band 5, 2013, S.&nbsp;, [[doi:10.1371/currents.outbreaks.62df1c7c75ffc96cd59034531e2e8364]], PMID 24459611, {{PMC|3871419}}.</ref> Analog zur [[qPCR]] kann die entstehende DNA quantifiziert werden.<ref>X. Xia, Y. Yu, M. Weidmann, Y. Pan, S. Yan, Y. Wang: ''Rapid detection of shrimp white spot syndrome virus by real time, isothermal recombinase polymerase amplification assay.'' In: ''PloS one.'' Band 9, Nummer 8, 2014, S.&nbsp;e104667, [[doi:10.1371/journal.pone.0104667]], PMID 25121957, {{PMC|4133268}}.</ref> Analog zur [[Multiplex-PCR]] können mehrere DNA-Sequenzen parallel amplifiziert werden.<ref>S. Kersting, V. Rausch, F. F. Bier, M. von Nickisch-Rosenegk: ''Multiplex isothermal solid-phase recombinase polymerase amplification for the specific and fast DNA-based detection of three bacterial pathogens.'' In: ''[[Microchimica Acta]].'' Band 181, Nummer 13–14, 2014, S.&nbsp;1715–1723, [[doi:10.1007/s00604-014-1198-5]], PMID 25253912, {{PMC|4167443}}.</ref>

Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z.&nbsp;B. die [[Polymerasekettenreaktion]], die ''{{lang|en|[[multidisplacement Amplification]]}}'', die ''{{lang|en|[[isothermal Assembly]]}}'', die ''{{lang|en|[[Loop-mediated Isothermal Amplification]]}}'' (LAMP), ''{{lang|en|nucleic acid sequence-based amplification}}'' ([[NASBA]]), die ''{{lang|en|[[Helicase-dependent Amplification]]}}'' (HDA), die ''{{lang|en|[[Nicking Enzyme Amplification Reaction]]}}'' (NEAR), die ''{{lang|en|[[rolling circle replication]]}}'' (RCA).<ref>E. C. Oriero, J. Jacobs, J. P. Van Geertruyden, D. Nwakanma, U. D’Alessandro: ''Molecular-based isothermal tests for field diagnosis of malaria and their potential contribution to malaria elimination.'' In: ''The Journal of antimicrobial chemotherapy.'' September 2014, [[doi:10.1093/jac/dku343]], PMID 25223973.</ref> Weitere Nachweisverfahren sind z.&nbsp;B. die ''{{lang|en|nicking endonuclease signal amplification}}'' ([[NESA]]) und ''{{lang|en|nicking endonuclease assisted nanoparticle activation}}'' ([[NENNA]]), ''{{lang|en|exonuclease-aided target recycling}}'', ''{{lang|en|junction or Y-probes}}'', ''{{lang|en|split DNAZyme}}'' und ''{{lang|en|deoxyribozyme amplification}}'' (diese beiden letzteren Methoden nutzen [[DNAzyme]] alias Desoxyribozyme), nicht-kovalente DNA-Katalysen und die ''{{lang|en|hybridization chain reaction}}'' (HCR).<ref>L. Yan, J. Zhou, Y. Zheng, A. S. Gamson, B. T. Roembke, S. Nakayama, H. O. Sintim: ''Isothermal amplified detection of DNA and RNA.'' In: ''Molecular bioSystems.'' Band 10, Nummer 5, Mai 2014, S.&nbsp;970–1003, [[doi:10.1039/c3mb70304e]], PMID 24643211.</ref>

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Nukleinsäure-Methode]]
[[Kategorie:Molekularbiologie]]
[[Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren]]