Smacoviridae

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Smacoviridae
Smacoviridae virion.png

Smacoviridae

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Monodnaviria[1]
Reich: Shotokuvirae[1]
Phylum: Cressdnaviricota[1]
Klasse: Arfiviricetes[1]
Ordnung: Cremevirales[1]
Familie: Smacoviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: (-)ssDNA zirkulär
Baltimore: Gruppe 2
Symmetrie: ikosaedrisch
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Smacoviridae
Links
NCBI Taxonomy: 2169574
ViralZone (Expasy, SIB): 8416
ICTV Taxon History: 201905993

Smacoviridae ist die Bezeichnung einer Familie von Einzelstrang-DNA-Viren. Das Genom vom Mitgliedern dieser Familie ist zirkulär und klein – die Länge beträgt etwa 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für ein Rolling-Circle-Replikationsinitiationsprotein (Rep) und familienspezifische Kapsidproteine.[2] Derzeit (Stand Ende März 2021) sind sechs Gattungen in dieser Familie vom

International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)

anerkannt.[3]

Die Viren in diesem Taxon wurden durch Metagenomanalysen aus Fäkalproben von Insekten und Wirbeltieren identifiziert. Über ihre Biologie ist wenig bekannt.

Beschreibung

Genomkarte von „Capybara associated smacovirus“, vorgeschlagenes Mitglied der Smacoviridae aus Capybaras.[4] Ganz oben die Haarnadelstruktur (
stem-loop
).
Genom (A) eines Vertreters der Smacoviridae mit Ambisense-Typ-IV-Genom (
Papio cynocephalus associated smacovirus 3
, PcSmV3) und (B) eines anderen[5] mit Unisense-Typ-V-Genom (
Papio kindae associated smacovirus-like virus 1
, PkSmV1) aus sambischen Steppen- bzw. Kindapavianen mit Darstellung der ORFs (Rep:
rolling circle replication-associated protein
; CP: Kapsidprotein), Haarnadelstruktur (
stem loop
, Stammschleife) und Nonanukleotid.

Die Smacoviridae haben ein nicht-segmentiertes, zirkuläres Einzelstrang-Genom mit einer Länge von 2,3–2,8 kb (Kilobasen). Das Genom kodiert für sechs Proteine, darunter ein Replikator (Rep) und ein Kapsidprotein (CP).[6][2]

Systematik

Die Systematik der Familie ist wie folgt:[3]

  • Gattung Bovismacovirus
    • Spezies
      Bovine associated bovismacovirus 1
       mit
      Circoviridae bovine stool/BK/KOR/2011
    • Spezies
      Bovine associated bovismacovirus 2
       mit
      Bovine faeces associated smacovirus 3
    • Spezies
      Dragonfly associated bovismacovirus 1
       mit
      Odonata-associated circular virus 21
  • Gattung Cosmacovirus
    • Spezies
      Bovine associated cosmacovirus 1
       mit
      Bovine faeces associated smacovirus 4
  • Gattung Dragsmacovirus
    • Spezies
      Dragonfly associated dragsmacovirus 1
       mit
      Odonata-associated circular virus 5
  • Gattung Drosmacovirus
    • Spezies
      Bovine associated drosmacovirus 1
       mit
      Bovine faeces associated smacovirus 5
    • Spezies
      Camel associated drosmacovirus 1
    • Spezies
      Camel associated drosmacovirus 2
    • Spezies „
      Pig stool associated circular ssDNA virus
      “ (Vorschlag)
  • Gattung Huchismacovirus
    • Spezies
      Bovine associated huchismacovirus 1
       mit
      Bovine faeces associated smacovirus 1
    • Spezies
      Bovine associated huchismacovirus 2
       mit
      Bovine faeces associated smacovirus 6
    • Spezies
      Chicken associated huchismacovirus 1
    • Spezies
      Chicken associated huchismacovirus 2
    • Spezies
      Human associated huchismacovirus 1
    • Spezies
      Human associated huchismacovirus 2
    • Spezies
      Human associated huchismacovirus 3
    • Spezies „
      Human smacovirus 1
      “ (Vorschlag)
000 Die Spezies dieser Gattung im Detail anzeigen:
    • Spezies
      Bovine associated porprismacovirus 1
       mit
      Bovine faeces associated smacovirus 2
    • Spezies
      Camel associated porprismacovirus 1
    • Spezies
      Camel associated porprismacovirus 2
    • Spezies
      Camel associated porprismacovirus 3
    • Spezies
      Camel associated porprismacovirus 4
    • Spezies
      Chimpanzee associated porprismacovirus 1
    • Spezies
      Chimpanzee associated porprismacovirus 2
    • Spezies
      Gorilla associated porprismacovirus 1
       mit
      Gorilla smacovirus
    • Spezies
      Howler monkey associated porprismacovirus 1
    • Spezies
      Human associated porprismacovirus 1
       mit
      Human feces smacovirus 2
    • Spezies
      Human associated porprismacovirus 2
    • Spezies
      Lemur associated porprismacovirus 1
       mit
      Lemur smacovirus
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 1
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 10
       mit
      Porcine faeces associated smacovirus 1
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 2
       mit
      Porcine stool-associated circular virus 2
      und/alias
      Bovine stool associated circular virus
      .[7][8]
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 3
       mit
      Porcine stool-associated circular virus 3
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 4
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 5
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 6
       mit
      Porcine stool-associated circular virus 6
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 7
       mit
      Porcine stool-associated circular virus 7
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 8
       mit
      Porcine stool-associated circular virus 8
    • Spezies
      Porcine associated porprismacovirus 9
       mit
      Porcine stool-associated circular virus 9
    • Spezies
      Rat associated porprismacovirus 1
       mit
      Rat stool-associated circular ssDNA virus
    • Spezies
      Sheep associated porprismacovirus 1
       mit
      Sheep faeces associated smacovirus 1
    • Spezies
      Sheep associated porprismacovirus 2
       mit
      Sheep faeces associated smacovirus 2
    • Spezies
      Sheep associated porprismacovirus 3
       mit
      Sheep faeces associated smacovirus 3
    • Spezies
      Turkey associated porprismacovirus 1
       mit
      Turkey stool associated circular ssDNA virus
  • Vorschläge ohne Gattungszuweisung
    • Spezies „
      Capybara associated smacovirus
      “[4] mit Capybara associated smacovirus 1_cap1_104[9]
    • Spezies „
      Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus
      “[10][11]
    • Spezies „
      Papio cynocephalus associated smacovirus
      “[12] mit
      Papio cynocephalus associated smacovirus 3
      (PcSmV3)[13][14]
    • Spezies „
      Papio kindae associated smacovirus
      “[15] mit
      Papio kindae associated smacovirus-like virus 1
      (PkSmV1)[5][14]

Literatur

Einzelnachweise

  1. ↑ a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. ↑ a b Arvind Varsani, Mart Krupovic: Smacoviridae: a new family of animal-associated single-stranded DNA viruses. In: Virology Division News, Arch Virol, 163, 2005–2015, 23. März 2018. doi:10.1007/s00705-018-3820-z
  3. ↑ a b Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org . International Committee on Taxonomy of Viruses. Abgerufen am 27. April 2020.
  4. ↑ a b Rafaela S. Fontenele, Cristiano Lacorte, Natalia S. Lamas, Kara Schmidlin, Arvind Varsani, Simone G. Ribeiro: Single Stranded DNA Viruses Associated with Capybara Faeces Sampled in Brazil. In: MDPI Viruses, Band 11, Nr. 8, Special Issue Viromics: Approaches, Advances, and Applications; doi:10.3390/v11080710
  5. ↑ a b NCBI: LC386203
  6. ↑ SIB: Smacoviridae, auf: Expasy ViralZone
  7. ↑ H. K. Kim, S. J. Park, V. G. Nguyen, D. S. Song, H. J. Moon, B. K. Kang, B. K. Park: Identification of a novel single stranded circular DNA virus from bovine stool. In: J Gen Virol, 1. März 2012; doi:10.1099/vir.0.037838-0
  8. ↑ NCBI: Porcine stool-associated circular virus (species)
  9. ↑ NCBI: Capybara associated smacovirus 1_cap1_104
  10. ↑ O. Blinkova, J. Victoria, Y. Li, B. F. Keele, C. Sanz, J. B. Ndjango, M. Peeters, D. Travis, E. V. Lonsdorf, M. L. Wilson, A. E. Pusey, B. H. Hahn, E. L. Delwart: Novel circular DNA viruses in stool samples of wild-living chimpanzees. In: J. Gen. Virol.. 91, Nr. Pt 1, 2010, S. 74–86. doi:10.1099/vir.0.015446-0. PMID 19759238. PMC 2887567 (freier Volltext).
  11. ↑ NCBI: Chimpanzee stool associated circular ssDNA virus (species)
  12. ↑ NCBI: Papio cynocephalus associated smacovirus (species)
  13. ↑ NCBI: LC386205
  14. ↑ a b Paulina D. Anindita, Michihito Sasaki, Gabriel Gonzalez, Wallaya Phongphaew, Michael Carr, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Kimihito Ito, Yasuko Orba, Hirofumi Sawa: Discovery and genetic characterization of diverse smacoviruses in Zambian non-human primates. In: Nature Sci Rep, , 9, 5045; doi:10.1038/s41598-019-41358-z. Insbesondere: Fig. 1 und Tale 1
  15. ↑ NCBI: Papio kindae associated smacovirus (species)
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