Diskussion:Thiomargarita namibiensis

Dieser Artikel war am 5. November 2008 der Artikel des Tages.

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Tiefe ?

Thiomargarita namibiensis kommt vor der namibischen Küste entlang eines rund 740 Kilometer langen und bis zu 76 Kilometer breiten Küstenstreifens von der Skelettküste um Palgrave Point bis zur Lüderitzbucht, mit Schwerpunkten um das Kreuzkap und die Empfängnisbucht in den oberen 10 bis 14 Zentimetern sehr flüssigen, grünen Diatomeenschlamms vor.

Moin Denis, hast du irgendeine Angabe, in welchen Tiefen die Bakterien leben? Diatomeenschlamm scheint sich im Regeolfall in 1.000 bis 4.000 m Tiefe abzulagern (Lexikon der Biologie), so tief wird es aber vor der Küste nicht sein. Wird durch den Benguelastrom eine Verdichtung der Kieselalgen an der Küste erreicht? Gruß -- Achim Raschka 07:48, 30. Okt. 2007 (CET)

"Danke, folgt." bzw. Tiefe ist erledigt. Aber: Was meinst du denn mit "Verdichtung der Kieselalgen" ? Denis Barthel 12:58, 30. Okt. 2007 (CET)

Mini-Review

• Einleitung: "ernährt sich von Nitrat und Sulfiden" ist nicht ganz richtig. Eine Pflanze ernährt sich auch nicht von CO2 und Wasser. "nutzt N und S zur Energiegewinnung ist ist damit ein chemolithotrophes Lebewesen" oder so ähnlich wäre genauer.
• Ich bin mir nicht sicher, ob die S-Konzentration wirklich nur für das Cytoplasma und nicht für das ganze Bakterium errechnet wurde. Wenn nur fürs Cytoplasma, müsste in M+M ein Abschnitt über Organellen-Trennung mittels Dichtegradienten-Zentrifugation zu finden sein.
• Metabolismus ist nach wie vor unklar: was passiert unter oxischen Bedingungen, was passiert unter anoxischen Bedingungen?
• Hierbei dient der Sauerstoff bzw. der Stickstoff im Nitrat als Elektronendonator und der Schwefel als Elektronenakzeptor. Umgekehrt ist richtig.
• Vermutlich wird auch gespeichertes Glykogen veratmet. Das muss ja irgendwo herkommen: es wird bei der Chemosynthese mit Hilfe der Energie aus der Sulfid-Oxidation gebildet, oder? Das würde bedeuten, dass wenn Glykogen veratmet wird, wohl keine Sulfid-Oxidation stattfindet.
• Wird das Glykogen wirklich veratmet, sprich mit Sauerstoff zu Kohlendioxid abgebaut?
• Wo kommt das Acetat her, dass die aufnehmen?
• das Acetat wird als Glykogen gespeichert. Um aus Acetat Zucker zu machen, braucht man Reduktionsäquivalente und Energie. Die müssen wohl über die Sulfid-Reaktion bereitgestellt werden. Griensteidl 18:34, 30. Okt. 2007 (CET)

Noch ein Mini-Review

Ich habe den Artikel erstmal nur schnell überflogen, eingearbeitet habe ich mich noch nicht wirklich (hab also nicht viel Ahnung von dem Viech, was ja vielleicht gar nicht mal so schlecht ist). Der Abschnitt Metabolismus war für mich am schwierigsten zu verstehen, da sind einige Dinge unklar geblieben (s.h. unten)

Das sind die Dinge die mir aufgefallen sind:

• Wichtige Sachen für eine grobe Beschreibung (also entweder Einleitung oder ersten Absatz) sind (wie ich finde): Was ist mit Sauerstoff? (fakultativ aerob?) Ist es beweglich? Wichtig ist, das Thiomargarita zu den Schwefelbakterien gehört, und das sie chemolithotroph sind (Wie Griensteidl ja auch schon angemerkt hat).

  Motilität steht schon drin: „die − selbst nicht beweglichen − Zellverbände von Thiomargarita“.

  Schwefelbakterie und Chemolithotrophie erwähnt, erklärt und verlinkt.

• ...die äußere Cytoplasmaschicht ist wie bei verwandten Arten...: eventuell hier schon mal kurz Beggiatoa als Verwandte erwähnen

  Erledigt.

• zu Verbreitung: aufgrund des äußerst planktonreichen Benguelastroms: Benguelastrom kurz näher erläutern: eine kalte Meeresströmung vom Kap der Guten Hoffnung zum Äquator oder so ungefähr

  Erledigt.

• zu Lebensweise: notfalls mehrere Jahre ohne Nährstoffe Einzelnachweis nötig, wäre natürlich wundervoll wenn man dazu mehr schreiben könnte... (kann man wohl aber nicht, wie ich fürchte)

  Einzelnachweis kommt, ob Anfütterung möglich ist, guck ich mal. Denis Barthel 14:55, 1. Nov. 2007 (CET)

  Ein wenig war noch drin, Einzelnachweis erledigt.

• Das Sulfid wird dabei zu elementarem Schwefel und dann im Cytoplasma in Form kleiner Granula gespeichert. Warum wird Schwefel gespeichert, als Energie-Ressource?
• gelöste Phosphate aus dem Meerwasser aufzunehmen und später wieder abzugeben, wodurch sie Phosphorit erzeugen. Wozu brauchen sie Phosphate, einen kurzen Hinweis auf den Stoffwechsel (wenn ich es richtig verstanden habe), die Phosphate könnten ja auch für Stabilisierung der Zellwand oder ähnliches benutzt werden. Außerdem den Begriff Phosphorit kurz erklären: Was ist Phophorit? (und hat Thiomargarita etwas mit Gesteinsbildung zu tun?)

  Zur Gesteinsbildung kommt noch was.

Zu Metabolismus: Wie Griensteidl oben angeführt hat und meinerseits:

Hierbei gibt es zwei miteinander gekoppelte Stoffwechselwege: Wird irgendwie nicht klar was für Wege. Weg 1 habe ich so verstanden: Läuft in Anwesenheit von Sauerstoff ab, hier wird Sauerstoff und Nitrat zur Oxidation von Schwefel verwendet. Richtig? Weg 2 verstehe ich jetzt nicht wirklich: Ist der Unterschied, das nun Phosphat als Elektronenakzeptor mit hinzu kommt (und das kein Sauerstoff vorhanden ist)? Und wird Phosphat jetzt hier als Phosphorit (wie oben erwähnt) ausgeschieden?

Auch der Satz Hierbei dient der Sauerstoff bzw. der Stickstoff im Nitrat als Elektronenakzeptor ist schon verwirrend, welcher den nun: Stickstoff oder Sauerstoff? Oder ist Sauerstoff Weg 1 und Stickstoff Weg 2?

Zu Acetat: Es wurde (nach "The Prokaryotes" S. 11629) in einer Kultur hinzugefügt, auch erwähnen, Griensteidl hat ja auch schon danach gefragt. Und hat Acetat jetzt direkt mit dem 2. Stoffwechselweg zu tun? Wenn nicht, hinten anführen, sonst ist die Erklärung der Stoffwechselwege zu durcheinander und schwerer zu verfolgen!!

• Systematik: White Point vacuolate attached filament näher erläuteren.

  Erledigt.

Der Rest ist aber gut und flüssig geschrieben, nur der Stoffwechsel ist problematisch, aber das sind die Stoffwechselwege meistens, wenn man sie erklären will :). So meine Anmerkungen--Kogge 14:12, 1. Nov. 2007 (CET)

Vielen Dank. Einige dieser Stoffwechselfragen wird Griensteidl demnächst ergänzen, wenn er wieder da ist, die Literatur hat er bereits, ich werde vorher schon mal schauen, was ich tun kann, ebenso werde ich die anderen Sachen noch nachbearbeiten. Denis Barthel 14:25, 1. Nov. 2007 (CET)

Ein paar kleine Sachen habe ich eben erledigt, siehe Einschübe im Mini-Review, Rest kommt noch heute abend. Die metabolismusspezifischen Sachen werde ich allerdings, wie erwähnt, Griensteidl überlassen, bin mir aber sicher, dass er das umsetzen wird. Gruß, Denis Barthel 14:55, 1. Nov. 2007 (CET)

Stoffkonzentration

Im Abschnitt „Lebensweise“ wird angegeben: „Konzentrationen von 0,4 bis 1,7 Mol.“ Mol ist keine Maßeinheit für Konzentrationen, sondern für Stoffmengen (dem Redirect zum Artikel „Mol“ folgen!). Maßeinheit für eine Stoffmengenkonzentration ist Mol je Liter, Kurzbezeichnung mol/L oder mol·L⁻¹. --Brudersohn 18:28, 3. Nov. 2007 (CET)

Ah, vielen Dank! Denis Barthel 18:52, 3. Nov. 2007 (CET)

Review

In Zusammenarbeit mit chb und Griensteidl erarbeitet. Ziel ist eine Lesenswert-Kandidatur. Der Abschnitt zum Metabolismus wird nach dem Wochenende noch von Griensteidl ergänzt, im Review wäre daher insbesondere für den "Rest" Kritik erwünscht. Denis Barthel 12:24, 2. Nov. 2007 (CET)

Servus, Sehr nett. Habe vor kurzem (nur wo?) von dieser hochinteressante Lebensform gelesen. Die Reaktionsgleichung hab ich mal (hoffentlich richtig) formatiert. --Tigerente 17:47, 2. Nov. 2007 (CET)

• Ggf. Entdeckungsgeschichte etwas ausbauen (würde ich bloß das Buch finden)
• Unter welchem Umständen können die Bakterien so groß werden? Hängt vermutlich vom Nahrungsangebot bzw. den Aufwirbeln / Absinken Zyklen zusammen?
• Foto wäre toll
• Diatomeenschlamms Artikel wäre wünschenswert, da sonst eine wichtige Info fehlt.

Vielen Dank für die Formatierung der Gleichung.

• Entdeckungsgeschichte: Mal sehen, was sich machen lässt
• Größe: Soweit ich weiss, kommt das einfach regelmäßig vor, aber ich schau noch mal nach.
• Foto: Ist angefragt, aber sollte man unserem Wunsch nicht nachkommen, wird der Artikel wohl fotolos bleiben müssen.
• Diatomeenschlämme: Naja, eine Kurzerklärung ist ja drin und Ausflüge in die Geowissenschaft sind mir etwas problematisch. Ich gucke mal, was noch zu machen ist.

Gruß, Denis Barthel 22:59, 2. Nov. 2007 (CET)

Mir fällt erstmal nur formaler Kleinkram auf: Die Autoren sollten sich einigen, wie sie von den Kerlchen reden. Gerade bei der Einzahl-Beschreibung schwankt es etwas zwischen "es" und "sie", oftmals wird jedoch auch einfach in der Mehrzahl gesprochen (was ich bevorzugen würde). Beispiele: Sie kommen [...] vor, Hier kommt es [...] vor, Wenn auch dieser Nitratvorrat verbraucht ist, geht ihr Stoffwechsel dazu über, [...] etc. --Carstor|?|ʘ| 23:46, 2. Nov. 2007 (CET)

Erfolgreiche KLA-Disk. vom 11. November 2007

Thiomargarita namibiensis sind eine Art gramnegativer Schwefelbakterien, die einzigen Vertreter ihrer Gattung aus der Familie der Thiotrichaceae und mit Durchmessern von bis zu 0,75 Millimetern ihrem Volumen nach die größten bekannten prokaryotischen Lebewesen der Welt.

Eine sehr spannende Bakterie. Für ihre umfangreiche und geduldige Hilfe bei der Erstellung sei unter anderem chb, Griensteidl und Kogge gedankt. -- Denis Barthel 22:30, 4. Nov. 2007 (CET)

• Pro - der Artikel ist sehr rund geworden und sollte in dieser Form auch hinreichend vollständig und leserfreundlich für das blaue Bapperl sein. Der Plan von Denis, endlich mal einen Prokaryoten gen Auszeichnung zu schupsen, hat in meinen Augen zu einem sehr befriedigenden Ergebnis geführt – von mir aus kann T. n. also gern die erste lesenswerte Bakterie der deutschsprachigen Wikipedia werden. -- Achim Raschka 07:06, 5. Nov. 2007 (CET)

• pro schöner Artikel, zwei Fragen sind mir als Laie allerdings geblieben:
  • Was ist eine Ultrastruktur?
  • Zellteilung auf einer Ebene wird nicht im Artikel Zellteilung erwähnt, was heißt das? --Ixitixel 11:14, 5. Nov. 2007 (CET)

• Als Ultrastruktur wird -wie ich belehrt wurde- das ganze zellinterne Geraffel bezeichnet, das normalerweise nicht mehr mit dem Lichtmikroskop gesehen werden kann (also z.B. wie hier die Struktur des Cytoplasmas oder die Verteilung der DNA darin). Ich werde einen Link einbauen, der aber erstmal rot sein wird, weil ich mich tunlichst aus Grundlagenartikeln der Mikrobiologie heraushalten werde ... ;) Vielleicht fühlt sich ja jemand fähigeres als ich motiviert, diesen Artikel zu bläuen?
• Naja, "auf einer Ebene" heisst eben nur in einer räumlichen Ebene. Die Zellen teilen sich also nicht nach oben, unten, links oder rechts sondern nur nach vorne und hinten (um das mal salopp und leicht falsch zu erklären ...). Denis Barthel 11:58, 5. Nov. 2007 (CET)

• pro Mir sind einige Stellen aufgefallen: Im Text heißt es: "aus sehr flüssigem, grünen Diatomeenschlamm". Auf [1] steht: "sehr lockeren Sedimente". Mir erscheint "locker" besser als "flüssig" zu sein. Dann scheint mir im selben Kapitel als Begründung für das Auftreten weniger der Benguelastrom zu sein, als das Auftriebsgebiet, denn erst das schafft die notwendige nährstoffreiche Umgebung im Ozean. Im Kapitel Lebensweise wird mir zu wenig deutlich, dass das Bakterium Nitrat aus dem Wasser und Sulfid aus dem Sediment aufnimmt und beides speichert und das es dazu ständig zwischen beiden Orten wechseln muß. Hier fände ich einen einleitenden Satz gut, der die folgenden Informationen zusammenbindet. Eine Frage habe ich auch noch. In der Einleitung heißt es: "können sie die Sulfide (...) auch mit Sauerstoff umsetzen" Ist das richtig? Ich hatte nämlich verstanden, dass sie Sauerstoff tolerieren, aber nicht nutzen. (Der in der Lit. verwendete Begriff Oxidation geht jedenfalls auch ohne Sauerstoff.) --Goldzahn 03:17, 9. Nov. 2007 (CET)
  • Ich habe das Kapitel Verbreitungsgebiet umformuliert und damit meinen Punkt zwei gleich mit erledigt. Ich hoffe, das geht so. --Goldzahn 04:15, 9. Nov. 2007 (CET)

Besten Dank erst einmal für die Korrektur, in der Tat ist die jetzige Fassung präziser. Was das "flüssig" angeht, wird in fast allen Papers immer von liquid gesprochen, was ja auch nicht ganz das Selbe wie „locker“ ist, daher würde ich gern dabei bleiben. Zum zweiten Punkt: in der Tat kann T.n. Sulfide statt mit Nitrat auch mit Sauerstoff umsetzen, unter „Stoffwechsel“ wird darauf nochmal näher eingegangen. Die entsprechende Stelle habe ich jetzt auch nochmal mit einem Einzelnachweis versehen (Nr. 7), weil du nicht der erste warst, dem diese ungewöhnliche Fähigkeit auffiel. Ich hoffe, so ist es recht, Gruß, Denis Barthel 13:56, 9. Nov. 2007 (CET)

Ich habe die von dir angegebene Quelle nachgelesen [2] und es scheint sogar, dass die Sauerstoffaufnahme wichtiger als die Stickstoffaufnahme ist: "Even though such events may be relatively infrequent, the rapid response to oxygen and the relatively high uptake rates suggest that these short periods might be the major times of energy gain, whereas nitrate might be used primarily to survive the time between sediment suspension events." Ein wirklicher Alleskönner, dieses Bakterium! --Goldzahn 18:43, 9. Nov. 2007 (CET)

• Pro - War im Review nur minimal beteiligt. Auf jeden Fall zeigt der Artikel den aktuellen Wissenstand ausführlich genug und sprachlich angenehm formuliert. Komisch das die Frau Schulz so oft bei der Literatur aufscheint ;) mfg --Tigerente 15:46, 9. Nov. 2007 (CET)

Artikel ist lesenswert (Version)--Ticketautomat 12:05, 11. Nov. 2007 (CET)

Verspätetes Pro und noch einige Wünsche

Kam mit meinen Anmerkungen zu spät, da war Thiomargarita aus Kandidaten für lesenswerte Artikel verschwunden, sorry. Hier mein Pro und meine Anmerkungen:

• Ich denke der Stoffwechselabschnitt ist nun (was meine "Meckereien" betrifft) weitgehend OK. Eventuell noch eine Reaktionsgleichung für den Stoffwechsel mit Sauerstoff als Elektronenakzeptor, muss aber nicht sein. Im Abschnitt Systemtik fände ich es noch gut wenn der Begriff "Accession numbers" ein wenig näher erklärt würde, einfache Übersetzung würde wohl reichen ("Zugangsnummer" oder so ähnlich? Ich kenne den Begriff übrigens auch nicht.) Auch die nahen Verwandten Thioploca und Beggiatoa sollten im Abschnitt Systematik ein wenig näher beschrieben werden. Angaben zur Größe und Zellform und vielleicht ein wenig zum Stoffwechsel. Das wären noch so meine Wünsche, ansonsten wirklich sehr schön und verständlich geschrieben. --Kogge 14:16, 11. Nov. 2007 (CET)

Exzellenz-Kandidatur: Thiomargarita namibiensis (Archivierung Kandidatur 5. bis 25. Dezember)

Ein Artikel über ein Bakterium, das erst 1999 beschrieben wurde und das damals eine kleine Sensation war. Es handelt sich um die größten bisher bekannten prokaryotischen Zellen, die auf dem Meeresgrund leben. Die gramnegativen Schwefelbakterien können Sulfide verstoffwechseln. Der Artikel fasst die bisher bekannten Eigenschaften von T. namibiensis exzellent zusammen. Pro. --Nina 23:07, 5. Dez. 2007 (CET)

• pro, toller, gut zu lesender und gut bebildeter Artikel. --Nelly2 15:30, 8. Dez. 2007 (CET)
• pro, sehr schön, sehr verständlich geschrieben, toll, dass man als Laie an so aktuellen Forschungsergebnissen partizipieren kann. Eine formale Kleinigkeit ist mir ins Auge gefallen: Thiomargarita wird im Plural (Nur während sich Thiomargarita an der Sedimentoberfläche ... befinden) und auch im Singular (Thiomargarita besitzt einen sehr flexiblen Stoffwechsel) verwendet, weiß nicht ob das bzw. was da korrekt ist.--Cactus26 17:08, 8. Dez. 2007 (CET)

Zumindest bei Pflanzen wird der Gattungsname normal nicht in den Plural gesetzt. Ich denke, bei Bakterien ist es gleich. Griensteidl 23:05, 8. Dez. 2007 (CET)

 Pro Gut geschrieben, informativ. Ein paar Kleinigkeiten ließen sich vielleicht noch verbesern

1. Die Zellteilung findet in der Regel nur auf einer Ebene, sehr selten auf zweien statt, das ist nicht gut zu verstehen.
2. annähernd kein Sauerstoff (0-3 Mikromol/Liter), auch die Nitratwerte danach: Hier wär zum Vergleich die "normale" Konzentration interessant.
3. Da es sich bei den Erstbeschreibern um Deutsche handelt: Vielleicht würden die für einen so schönen deutschen Wikipedia-Artikel ein paar Bilder der Bakterie zur Verfügung stellen. Schon mal nachgefragt?

--Dietzel65 22:44, 8. Dez. 2007 (CET)

1) Die Formulierung ist in der Tat schwierig, leider weiss ich es nicht besser zu sagen, ich habe da schon mehrfach drüber nachgegrübelt. Für eine bessere Formulierung wäre ich sehr dankbar. 2) „Normal“ gibt es leider nicht im Wasser, sagte Griensteidl mir. 3) Ja, nachgefragt habe ich. Sowohl Heide Schulz wie auch Bo Barker Jørgensen wurden angefragt, leider hat sich nichts ergeben bisher. Gruß, Denis Barthel 00:42, 9. Dez. 2007 (CET)

ad 1) Mit der besseren Formulierung ist es schwierig, weil ich mir nicht sicher bin was gemeint ist. Wenn ich es richtig verstanden habe sitzen die ja im Schleim (oder neumodisch 'Biofilm') und nicht auf einer Oberfläche. "In einer Kolonie lagern sich Tochterzellen nach Zellteilungen in der Regel in einer Ebene an, sehr selten in zwei Ebenen." Ist das gemeint?

ad 2) Na, aber es wird doch irgendwelche Vergleichswerte geben, beispielsweise aus dem offenen Südatlantik. Man kann ja auch einen Bereich angeben, der sonst vorkommt oder Einzelwerte, z.B.: "Zum Vergleich: Nordsee um ?? µmol/l, Mittelmeer ?? µmol/l."

ad 3) Schade. Wenn Du es forcieren willst würde ich empfehlen nochmal eine e-mail zu schreiben und 2-3 Tage später anzurufen, damit es nicht in der Inbox untergeht und einfach mal Überlastung, nicht Desinteresse unterstellen. Oder ein Fax mit freundlicher Anfrage und dem ausgedruckten Artikel schicken, das geht nicht so schnell unter wie eine e-mail. Je nachdem, wie viel Du nerven willst... Vielleicht rückt auch der Pressebeauftragte was raus, siehe hier.

Alternativ könnte man ein paar Weblinks zu Bilder einbauen, siehe hier. Hast Du das: ru:Thiomargarita_namibiensis gesehen? Ich frag mich wie das da wohl mit der Lizenz ist. Scheint fair use zu sein, aber ich kann kein Russisch.

Gruß--Dietzel65 15:27, 9. Dez. 2007 (CET)

1) Das soll eigentlich nur sagen, dass T.m. Stränge bildet, also Zellen nur nach "vorne" oder "hinten" gebildet werden, weder jedoch nach "unten", nach "oben" oder zur "Seite". 2) ich glaube, ein Auftriebsgebiet vor der namibischen Küste mit der Nordsee oder dem Mittelmeer oder dem Polarmeer oder was auch immer zu vergleichen, macht wenig Sinn. So wurde es mir auch auf Nachfrage bestätigt. Sorry. 3) Ich steh noch in Kontakt, aber ob es klappt .... Die Russenbilder können unmöglich hier verwendet werden, frei sind sie auf keinen Fall. Vorläufig habe ich noch einmal ein Bild verlinkt. Gruß, Denis Barthel 17:30, 14. Dez. 2007 (CET)

ad 1: ok, dann ist es aber keine Ebene sondern eine Linie. Wie wär's denn mit: "Ähnlich wie Fadenalgen teilen sich die Zellen in der Regel entlang eines Strangs. Häufig befinden sich sämtliche Zellen eines Strangs...". Viel Glück mit den Bildern. --Dietzel65 23:34, 14. Dez. 2007 (CET)

Na, ich will mich nicht um Worte rangeln, jetzt heisst es Strang. Gruß und danke für die Tips, Denis Barthel 03:11, 15. Dez. 2007 (CET)

Dieser Artikel wurde zum exzellenten Artikel gewählt Martin Bahmann 10:07, 25. Dez. 2007 (CET)

Entwurf

Kann der Extra-Reiter "Entwurf" nicht entfernt werden? Die beiden Versionen sind doch inzwischen gleich, oder nicht? Oder hat der noch einen anderen Zweck, den ich nur nicht kenne....? --Kollektives ich 14:47, 13. Mai 2008 (CEST)

Schwefelperle

verlinkt hierher. Wenn der link nicht falsch ist, sollte hier irgendwo erwähnt werden, dass es diese Namen gibt. --2A02:908:C30:EBE0:9CA8:D68E:889B:B60C 01:42, 17. Aug. 2015 (CEST)

2. Absatz in "Systematik". Denis Barthel (Diskussion) 00:57, 19. Aug. 2015 (CEST)

Artikel zur Gattung neu

Habe den en. Artikel zur Gattung Thiomargarita übersetzt mit Infos zu den neuen Kandidatenspezies. Einige Teile aus dem Abschnitt Systematik habe ich dort auch eingefügt. Bitte die Ersteller des Artikels hier prüfen, inwieweit dieser Abschnitt hier verkürzt werden sollte/kann um Doppelinfo zu vermeiden. Vielen Dank.--Ernsts (Diskussion) 21:22, 3. Mai 2022 (CEST)