Kleine bakterielle RNA
Kleine bakterielle RNA (englisch bacterial small RNA; abgekürzt sRNA) sind kleine Ribonukleinsäuren (RNA), die von Bakterien produziert werden. Diese Ribonukleinsäuren haben eine Länge von 50 zu 500 nichtcodierende Ribonukleinsäuren und beinhalten oft Haarnadelstrukturen.[1] Kleine bakterielle sRNA werden oft aus der 3'-UTR von mRNA via unabhängiger Transkription oder Ribonukleasen hergestellt.[2]
Eigenschaften
Die sRNA der Bakterien sind in Regulation von Translation und RNA-Stabilität beteiligt. Bakterien besitzen nur eine RNA-Polymerase mit welcher die Transkription der RNAs stattfindet.[3] Bakterielle sRNAs beeinflussen Genexpression durch ihre Interaktion mit mRNA oder Proteinen. Durch diese Prozesse beeinflussen sie den Stoffwechsel, die Pathogenität, die Reaktionen auf die Umwelt und die Struktur.[4][5][6]
Für die Identifizierung und Charakterisierung von sRNA-Transkripten werden viele Labor- und Bioinformatik-Methoden benutzt.[7] Diese Methoden schließen RNA-Sequenzierung,[8] Microarrays,[9] Northern Blots,[10] RNase crosslinking[11] und Softwaren mit ein, die Interaktionen der sRNAs mit anderen Biomolekülen voraussagen können.[12]
Einzelnachweise
- ↑ Jörg Vogel, E. Gerhart, H. Wagner: Target identification of small noncoding RNAs in bacteria. In: Current Opinion in Microbiology. Band 10, Nr. 3, Juni 2007, S. 262–270, doi:10.1016/j.mib.2007.06.001 (elsevier.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Yanjie Chao, Kai Papenfort, Richard Reinhardt, Cynthia M. Sharma, Jörg Vogel: An atlas of Hfq-bound transcripts reveals 3′ UTRs as a genomic reservoir of regulatory small RNAs: Hfq-dependent small RNAs from 3′ UTRs. In: The EMBO Journal. Band 31, Nr. 20, 17. Oktober 2012, S. 4005–4019, doi:10.1038/emboj.2012.229, PMID 22922465, PMC 3474919 (freier Volltext) – (embopress.org [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ J. Parker: RNA Polymerase. In: Encyclopedia of Genetics. Elsevier, 2001, ISBN 978-0-12-227080-2, S. 1746–1747, doi:10.1006/rwgn.2001.1135 (elsevier.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Jörg Vogel: A rough guide to the non-coding RNA world of Salmonella. In: Molecular Microbiology. Band 71, Nr. 1, Januar 2009, S. 1–11, doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06505.x (wiley.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Brice Felden, François Vandenesch, Philippe Bouloc, Pascale Romby: The Staphylococcus aureus RNome and Its Commitment to Virulence. In: PLoS Pathogens. Band 7, Nr. 3, 10. März 2011, ISSN 1553-7374, S. e1002006, doi:10.1371/journal.ppat.1002006, PMID 21423670, PMC 3053349 (freier Volltext) – (plos.org [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Emma Desgranges, Laura Barrientos, Lucas Herrgott, Stefano Marzi, Alejandro Toledo‐Arana: The 3′UTR‐derived sRNA RsaG coordinates redox homeostasis and metabolism adaptation in response to glucose‐6‐phosphate uptake in Staphylococcus aureus. In: Molecular Microbiology. Band 117, Nr. 1, Januar 2022, ISSN 0950-382X, S. 193–214, doi:10.1111/mmi.14845 (wiley.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Karen M. Wassarman, Francis Repoila, Carsten Rosenow, Gisela Storz, Susan Gottesman: Identification of novel small RNAs using comparative genomics and microarrays. In: Genes & Development. Band 15, Nr. 13, 1. Juli 2001, ISSN 0890-9369, S. 1637–1651, doi:10.1101/gad.901001, PMID 11445539, PMC 312727 (freier Volltext) – (cshlp.org [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Priyatharisni Kanniappan, Siti Aminah Ahmed, Ganeswrie Rajasekaram, Citartan Marimuthu, Ewe Seng Ch'ng: RNomic identification and evaluation of npcTB_6715, a non-protein-coding RNA gene as a potential biomarker for the detection of Mycobacterium tuberculosis. In: Journal of Cellular and Molecular Medicine. Band 21, Nr. 10, Oktober 2017, S. 2276–2283, doi:10.1111/jcmm.13148, PMID 28756649, PMC 5618688 (freier Volltext) – (wiley.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Karen M. Wassarman, Francis Repoila, Carsten Rosenow, Gisela Storz, Susan Gottesman: Identification of novel small RNAs using comparative genomics and microarrays. In: Genes & Development. Band 15, Nr. 13, 1. Juli 2001, ISSN 0890-9369, S. 1637–1651, doi:10.1101/gad.901001, PMID 11445539, PMC 312727 (freier Volltext) – (cshlp.org [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Karen M. Wassarman, Francis Repoila, Carsten Rosenow, Gisela Storz, Susan Gottesman: Identification of novel small RNAs using comparative genomics and microarrays. In: Genes & Development. Band 15, Nr. 13, 1. Juli 2001, ISSN 0890-9369, S. 1637–1651, doi:10.1101/gad.901001, PMID 11445539, PMC 312727 (freier Volltext) – (cshlp.org [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ Shafagh A. Waters, Sean P. McAteer, Grzegorz Kudla, Ignatius Pang, Nandan P. Deshpande: Small RNA interactome of pathogenic E. coli revealed through crosslinking of RN ase E. In: The EMBO Journal. Band 36, Nr. 3, Februar 2017, ISSN 0261-4189, S. 374–387, doi:10.15252/embj.201694639, PMID 27836995, PMC 5286369 (freier Volltext) – (wiley.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
- ↑ B. Tjaden, S. S. Goodwin, J. A. Opdyke, M. Guillier, D. X. Fu: Target prediction for small, noncoding RNAs in bacteria. In: Nucleic Acids Research. Band 34, Nr. 9, 22. Mai 2006, ISSN 0305-1048, S. 2791–2802, doi:10.1093/nar/gkl356, PMID 16717284, PMC 1464411 (freier Volltext) – (oup.com [abgerufen am 22. Februar 2022]).
