Chemistry Development Kit
| Chemistry Development Kit | |
|---|---|
| Basisdaten
| |
| Entwickler | Christoph Steinbeck, Egon Willighagen, Dan Gezelter |
| Kategorie | Chemoinformatik |
| Lizenz | GNU LGPL |
| deutschsprachig | nein |
Das Chemistry Development Kit (CDK) ist eine freie Open-Source-Software-Bibliothek für Bio- und Chemoinformatik. Sie wurde erstmals am 11. Mai 2001 von Christoph Steinbeck, Egon Willighagen und Dan Gezelter vorgestellt.
Das CDK ist in Java geschrieben. Es bietet Funktionalitäten um eigene Chemie-Software zu schreiben.[1] Damit können chemische Formeln eingegeben werden, molekulare Modellierung (2-D- und 3-D-Rendern) durchgeführt und quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehungen dargestellt werden.[2] Die Auszeichnungssprache Chemical Markup Language, MDL Molfile sowie die Simplified Molecular Input Line Entry Specification und International Chemical Identifiers werden unterstützt.[3] Mit dem CDK können Algorithmen für chemische Graphentheorie geschrieben werden.
Die Bibliothek kann in Microsoft Excel (LICSS)[4], die statistische Programmiersprache R[5], die Statistik-Software KNIME[6], Apache Taverna[7] und Bioclipse eingebunden werden. Innerhalb von OpenChrom wird sie zur Darstellung von identifizierten Substanzen verwendet.[8]
Literatur
- Christoph Steinbeck u. a.: The Chemistry Development Kit (CDK).an open-source Java library for Chemo- and Bioinformatics. In:Journal of chemical information and computer sciences. Band 43, Nr. 2. American Chemical Society, Washington D.C. 2003, S. 493–500, PMC 12653513 (freier Volltext).
Weblinks
Einzelnachweise
- ↑ Edgar Luttmann: Chemiesoftware selber schreiben leicht gemacht. In: Nachrichten aus der Chemie. Band 51, Nr. 1. Wiley-VCH, Weinheim 2003, S. 40–42, doi:10.1002/nadc.20030510117.
- ↑ M. Guangli, C. Yiyu: Predicting Caco-2 permeability using support vector machine and chemistry development kit. In:Journal of pharmacy & pharmaceutical sciences. Band 9, Nr. 2. The Society, Edmonton 2006, S. 210, PMC 16959190 (freier Volltext).
- ↑ O. Spjuth, A. Berg, S. Adams, Egon L. Willighagen: Applications of the InChI in cheminformatics with the CDK and Bioclipse. In:Journal of cheminformatics. Band 5, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2013, S. 5–14, PMC 23497723 (freier Volltext).
- ↑ Kevin R. Lawson, Jonty Lawson: LICSS - a chemical spreadsheet in microsoft excel. In:Journal of cheminformatics. Band 4, Nr. 1. Chemistry Central Ltd., London 2012, S. 3, PMC 3310842 (freier Volltext).
- ↑ Rajarshi Guha: Chemical informatics functionality in R. In: Journal of Statistical Software. Band 18, Nr. 5, 2007, S. 1–16 (online).
- ↑ Stephan Beisken u. a.: KNIME-CDK.Workflow-driven cheminformatics. In:BMC Bioinformatics. Band 14, Nr. 1. BioMed Central, London 2013, S. 257, PMC 3765822 (freier Volltext).
- ↑ Thomas Kuhn, Egon L Willighagen, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck: CDK-Taverna.an open workflow environment for cheminformatics. In:BMC Bioinformatics. Band 11, Nr. 1. BioMed Central, London 2010, S. 159, PMC 2862046 (freier Volltext).
- ↑ OpenChrom CDK plugin. In: GitHub. Lablicate, abgerufen am 19. März 2021 (englisch).
