Pleolipoviridae
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Pleolipoviridae
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Die Pleolipoviridae (Pleolipoviren) sind eine Familie pseudo-sphärischer und pleomorpher DNA-Viren, deren Genom teils doppel- und teils einzelsträngig vorliegt: Es gibt zirkuläre ssDNA, zirkuläre dsDNA oder lineare dsDNA. Die Pleolipoviridae lassen sich daher nach der Baltimore-Klassifikation in ihrer Gesamtheit nicht eindeutig einer der beiden Gruppen 1 oder 2 zuordnen, zum Teil gilt das auch für einzelne Spezies selbst. Der Durchmesser der Virusteilchen (Virionen) beträgt typischerweise 40 bis 70 nm. Es gibt ein Membranvesikel, das verschiedenartige DNA-Genome mit einer Länge von 7 bis typischerweise 10, maximal 16 kb (Kilonukleotiden) umschließt. Das Genom kodiert 8 bis 16 Offene Leserahmen (Open Reading Frames, ORFs). Die Pleolipoviridae haben jeweils einen eng umgrenztem Wirtsbereich; ihre natürlichen Wirte sind salzliebende (halophile) Archaeen der Gattungen Halorubrum, Haloarcula und Halogeometricum in der Klasse Halobacteria (Haloarchaeen), Phylum (Abteilung) Euryarchaeota.[2][3][4] Die Familie Pleolipoviridae ist monotypisch im Reich Trapavirae.
Etymologie
Der Name Pleo-lipo kommt vom griechischen πλειο-λιπος (viel-fett) und bezieht sich auf das pleomorphe Virion und das Vorhandensein einer Hülle.[2]
Vermehrungszyklus
Über den Vermehrungszyklus der Pleolipoviridae ist bislang nur wenig Sicheres bekannt. Er ist nicht-lytisch. Typischerweise enthalten die Virionen einen einzelnen Typ von Spike-Protein an der Hülle und einen einzigen Typ von internem Membranprotein (in der Hülle eingebettet).[4] Nachdem das Virion sich an die Wirtszelle geheftet hat, dringt das DNA-Genom in das Zytoplasma des Wirts ein. Man nimmt an, dass die ssDNA dann zunächst in dsDNA umgewandelt wird. Für die Translation werden virale mRNA und Ribosomen des Wirts benutzt. Vermutlich wird das dsDNA-Genom von der RNA-Polymerase des Wirts transkribiert. Die Genom-Replikation geschieht möglicherweise im 'rolling circle', also rundum im Kreis[5]. Zuletzt erfolgt die Zusammensetzung und Freisetzung der Tochter-Virionen.[2]
Systematik
Vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) sind (mit Stand November 2018) drei Gattungen offiziell anerkannt: Alpha-, Beta- und Gammapleolipovirus,[2] die aus der Aufteilung der einzigen früheren Gattung Pleolipovirus resultieren.[3][2]
- Familie Pleolipoviridae
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- Spezies Haloarcula virus HHPV1 (alias Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1, HHPV1) (dsDNA,ssDNA)
- Spezies Haloarcula virus HHPV2 (dsDNA,ssDNA)
- Spezies Halorubrum virus HRPV1 (alias Halorubrum pleomorphic virus 1, HRPV1, Typus) (dsDNA,ssDNA)
- Spezies Halorubrum virus HRPV2 (dsDNA,ssDNA)
- Spezies Halorubrum virus HRPV6 (dsDNA,ssDNA)
- Genus Betapleolipovirus
- Spezies Halogeometricum virus HGPV1 (alias Halogeometricum pleomorphic virus 1, HGPV1) (dsDNA)
- Spezies Halorubrum virus HRPV3 (alias Halorubrum pleomorphic virus 3, HRPV3, Typus) (dsDNA)
- Genus Gammapleolipovirus
- Spezies Haloarcula virus His2 (alias Haloarcula virus 2, His2V, Typus) (dsDNA)
Kim et al. (2019) schlugen folgendes Kladogramm vor (vereinfacht):[6][7]
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Anmerkung: Die Picovirinae wurden zwischenzeitlich vom ICTV von der ehemaligen Familie Podoviridae in die neue Familie Salasmaviridae verschoben.
Einzelnachweise
- ↑ a b c d e ICTV: ICTV Taxonomy history: Haloarcula virus HHPV1, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
- ↑ a b c d e Pleolipoviridae, auf: Viral Zone
- ↑ a b ICTV Master Species List 2018a v1, ICTV MSL including all taxa updates since the 2017 release (MSL #33)
- ↑ a b Pleolipoviridae, auf: ICTV online
- ↑ ssDNA Rolling circle, auf: Viral Zone
- ↑ Jong-Geol Kim, So-Jeong Kim, Virginija Cvirkaite-Krupovic, Woon-Jong Yu, Joo-Han Gwak, Mario López-Pérez, Francisco Rodriguez-Valera, Mart Krupovic, Jang-Cheon Cho, Sung-Keun Rhee: Spindle-shaped viruses infect marine ammonia-oxidizing thaumarchaea. In: PNAS, Band 116, Nr. 31, 30. Juli 2019, S. 15645–15650; doi:10.1073/pnas.1905682116, ResearchGate, Epub 16. Juli 2019.
- ↑ Jong-Geol Kim, Mart Krupovic, Sung-Keun Rhee: Thaspiviridae Proposal 2019.092B (ZIP-Member 2019.092B.A.v1.Thaspiviridae_1nfam.docx), 2019 – accepted
- ↑ Scientists Find New Type of Virus in World’s Oceans: Autolykiviridae, auf: sci-news vom 25. Januar 2018
Forscher entdecken ein mysteriöses Virus, das die Ozeane dominiert, auf: business insider vom 29. Januar 2018
Never-Before-Seen Viruses With Weird DNA Were Just Discovered in The Ocean, auf: sciencealert vom 25. Januar 2018
David L. Chandler: Researchers Discover a Missing Link in Virus Evolution, auf: SciTechDaily vom 25. Januar 2018 - ↑ NCBI: Autolykiviridae (family)
- ↑ SIB: Ampullaviridae, auf: ViralZone
- ↑ ICTV: ICTV Taxonomy history: Nitmarvirus NSV1, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
- ↑ ICTV Master Species List 2020.v1. ICTV, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
