Oligonukleotide
Oligonukleotide (von griechisch oligo ‚wenige‘) sind aus wenigen Nukleotiden (DNA oder RNA) aufgebaute Oligomere (mit Suffix -mer von gr. meros ‚Teil‘, ‚Gebiet‘). Man spricht daher beispielsweise bei 25 Nukleotidsequenzen (nt) von einem 25-mer.
Ein weiteres Beispiel: Die Haarnadelstruktur des Genoms der Viren des Phylums Cressdnaviricota (englisch
) enthält ein hochkonserviertes Nonanukleotid (9 nt).
Für viele der Anwendungen besteht die Nukleotidsequenz zwischen 15 und 30 Nukleotideinheiten (entsprechend einem 15-mer bis 30-mer).
Eingesetzt werden Oligonukleotide als
- Primer für die Polymerase-Kettenreaktion (PCR)
- Sonden bei der Real Time Quantitative PCR
- Primer für die DNA-Sequenzierung
- Primer für die cDNA-Synthese
- Primer für das Random Priming
- Bausteine für das Vectordesign
- Bausteine für die künstliche Gensynthese
- Antisense-Oligonukleotide
- Oligonukleotid DNA-Fingerprinting
- Oligonukleotidsonde
- Oligonukleotid-Chip
- Mutagenese-Kassette oder Primer in der Oligonukleotidvermittelten Mutagenese (englisch oligonucleotide mediated mutagenesis)[1]
- Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
Aptamere (von lateinisch aptus ‚passen‘) sind Oligonukleotide, die ein spezifisches Molekül über ihre 3D-Struktur binden können.
Synthese
Die Oligonukleotide werden nach der Phosphoramidit-Methode an fester Phase (Festphasensynthese) synthetisiert. Bei der Synthese besteht die Möglichkeit Modifizierungen wie Fluoreszenzmarkierungen einzubauen.
