Benutzer:Himbeerbläuling/Vorversion COG-UK
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Das COG-UK, ausgeschrieben COVID-19 Genomics UK Consortium, ist ein Konsortium aus den Institutionen des öffentlichen Gesundheitswesens und Forschungsinstituten im Vereinigten Königreich. Es wurde im April 2020 gebildet,[1][2][3] um als Teil der Strategie zur Bekämpfung der COVID-19-Pandemie im Vereinigten Königreich Genome von SARS-CoV-2-Viren zu sammeln, zu sequenzieren und zu analysieren. Das Konsortium vereinigt die vier Public Health Agencies der Landesteile (bzw. ihre Nachfolgeorganisationen), National Health Service-Organisationen, Hochschul- und Forschungsinstitute und das Wellcome Sanger Institute. Das Konsortium hat im November 2020 die Variant of Concern 202012/01 identifiziert.[4] 45 % aller bis zum Januar 2021 in öffentliche Datenbanken weltweit hochgeladenen SARS-CoV-2-Sequenzen stammen aus Quellen von COG-UK.[5][6][7]
Struktur
COG-UK erhielt im März 2020 einen Grundetat von 20 Millionen £, finanziert vom englischen Gesundheitsministerium, UK Research and Innovation (UKRI)[LeW 1] und dem Wellcome Sanger Institute.[1] Im November 2020 erhielt das Konsortium einen weiteren Zuschuss vom Gesundheitsministerium, um trotz der im Winterhalbjahr 2020/2021 steigenden Fallzahlen die hohe Rate der Sequenzierungen beizubehalten.[8]
Zu den Partnern des Konsortiums gehören das Wellcome Sanger Institute, das Quadram Institute und 16[9] Universitäten: Die Queen's University Belfast, die University of Birmingham, die Cardiff University, die University of Cambridge, die University of Edinburgh, die University of Exeter, die University of Glasgow, die University of Liverpool, die Newcastle University, die University of Nottingham, die University of Oxford, die University of Portsmouth, das University College London, und die University of Sheffield.[10]
Das Konsortium wird geleitet von der Exekutivdirektorin Sharon Peacock, Professorin für Mikrobiologie an der Cambridge University.[11][5] Peacock wurde für diesen Aufgabenbereich von ihrer Universität zu Public Health England als Wissenschaftsdirektorin abgeordnet.[12]
Strategische Ziele
Die breit aufgestellte Komplettsequenzierung von humanpathogenen (krankheitserregenden) Viren erfüllt mehrere strategische Zwecke innerhalb der Seuchenbekämpfung:[13] Zum einen sollen neu auftretende gefährlichere Erreger-Varianten möglichst schnell erkannt werden. Dies ist COG-UK im Falle der „Kent-Variante“ VOC-202012/01 (auch B.1.1.7 genannt) auch tatsächlich gelungen:[4] Nach Hinweisen von Tulio de Oliveira, der an der Entdeckung der Südafrikanischen Virusvariante N501Y.V2 beteiligt war und in der N501Y-Mutation ein besonderes Potential für beschleunigte Verbreitung vermutete, konnte auch Andrew Rambaut diese Punktmutation in den englischen Daten finden, auch hier verbreitete sich die mutierte Variante besonders rasch.[5] Ein bald erfolgender strikter Lockdown in der Region einschließlich des Großraums London konnte so vermutlich noch schlimmeres verhindern.
Zweitens kann mit dieser Methodik auch das Auftreten von Immun-Escape-Varianten viel schneller als ohne sie entdeckt werden, und die Entwicklung von Impfstoffen, die auch gegen diese Escape-Mutationen stark immunisieren, kann früher beginnen. Ähnliches gilt für die Entwicklung und den Einsatz von monoklonalen Antikörpern. Auch in anderen Fällen ist es zumindest denkbar, dass Therapie und Prävention von der Virusvariante abhängen. Patrick Vallance[LeW 2] sagte dazu: „Die Genom-Sequenzierung … kann künftig helfen die Behandlungen zu steuern … .“[1]
Drittens ermöglicht vor allem in der frühen Phase der Epidemie eine Komplettsequenzierung eine viel größere Gewissheit bei der Feststellung von Infektionsketten. Wenn die Viren des (vermuteten) „Ansteckers“ und des Angesteckten identisch oder fast identisch sind, stützt diese Beobachtung die Vermutung, dass dies tatsächlich der Ansteckungsweg war; wenn die Viren der beiden Infizierten sich jedoch wesentlich unterscheiden, kann man nahezu ausschließen, dass der eine sich beim anderen angesteckt hat. Sharon Peacock fasste das in die Worte “Mutations are expected and are a natural part of evolution. Many thousands of mutations have already arisen, and the vast majority have no effect on the virus but can be useful as a barcode to monitor outbreaks.”[4] Die genaue Kenntnis von Infektionsketten kann dann wesentlich dazu beitragen, basierend auf gesichertem Wissen Hygiene-Empfehlungen und -Pflichten zu beschließen.[14]
Forschungsarbeiten
Während der COVID-19-Pandemie entwickelten Mitglieder des COG-UK Werkzeuge wie die Software „Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages“ (PANGOLIN), die vielfach genutzt wird, um Daten über COVID-19-Viren evolutionsgenetisch einzuordnen.[LeW 3][15] Die SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 (auch lineage B.1.1.7 genannt) wurde im November 2020 vom COG-UK entdeckt.[4][16] Sie ist Gegenstand weiterer Forschung, die in Großbritannien weiterhin von COG-UK unterstützt wird.[17] Zu beinahe 5 % aller festgestellten COVID-19-Infektionen im Land hat COG-UK eine Sequenz zur internationalen Sammelstelle GISAID hochgeladen, verglichen mit 3,2 % in den Vereinigten Staaten, 60 % im von der Pandemie weniger betroffenen Australien[5] und deutlich weniger als 0,7 % aus Deutschland.[14] Ungefähr 60 % dieser Sequenzierungen wurden vom Wellcome Sanger Institute durchgeführt.[11] Im Dezember 2020 berichtete BBC, dass COG-UK „die genetische Geschichte von mehr als 150,000 Proben von Sars-Cov-2-Viren“ (verstanden habe, ist Anglizismus,orig: to have understood).[18]
Ausgewählte Publikationen
- Lo, Stephanie W.; Jamrozy, Dorota (20. Juli 2020). "Genomics and epidemiological surveillance". Nature Reviews. Microbiology: 1. doi:10.1038/s41579-020-0421-0. ISSN 1740-1526. PMID 7371787. PMID 32690878.
- Meredith, Luke W.; Hamilton, William L.; Warne, Ben; Houldcroft, Charlotte J.; Hosmillo, Myra; Jahun, Aminu S.; Curran, Martin D.; Parmar, Surendra; Caller, Laura G.; Caddy, Sarah L.; Khokhar, Fahad A. (1. November 2020). "Rapid implementation of SARS-CoV-2 sequencing to investigate cases of health-care associated COVID-19: a prospective genomic surveillance study". The Lancet Infectious Diseases. 20 (11): 1263–1271. doi:10.1016/S1473-3099(20)30562-4. ISSN 1473-3099. PMID 32679081.
- Rambaut, Andrew; Holmes, Edward C.; O’Toole, Áine; Hill, Verity; McCrone, John T.; Ruis, Christopher; du Plessis, Louis; Pybus, Oliver G. (November 2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. ISSN 2058-5276.
- da Silva Filipe, Ana; Shepherd, James G.; Williams, Thomas; Hughes, Joseph; Aranday-Cortes, Elihu; Asamaphan, Patawee; Ashraf, Shirin; Balcazar, Carlos; Brunker, Kirstyn; Campbell, Alasdair; Carmichael, Stephen (Januar 2021). "Genomic epidemiology reveals multiple introductions of SARS-CoV-2 from mainland Europe into Scotland". Nature Microbiology. 6 (1): 112–122. doi:10.1038/s41564-020-00838-z. ISSN 2058-5276.
- Thomson, Emma C.; Rosen, Laura E.; Shepherd, James G.; Spreafico, Roberto; da Silva Filipe, Ana; Wojcechowskyj, Jason A.; Davis, Chris; Piccoli, Luca; Pascall, David J.; Dillen, Josh; Lytras, Spyros (Januar 2021). "Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity". Cell. doi:10.1016/j.cell.2021.01.037. ISSN 0092-8674. PMC-Identifier 7843029.
Links zur englischsprachigen Wikipedia
- ↑ Das UKRI ist ein ministerienübergreifendes Institut zur Forschungsförderung im Vereinigten Königreich, siehe den englischsprachigen Wikipedia-Artikel [[:en:UK Research and Innovation]]
- ↑ Sir Patrick Vallance ist klinischer Pharmakologe und wissenschaftlicher Chefberater der britischen Regierung: [[:en:Patrick Vallance]]
- ↑ Die Software PANGOLIN und der Leiter ihrer Entwicklung sind in der englischsprachigen Wikipedia beschrieben: [[:en:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages]], entwickelt von [[:en:Andrew Rambaut]]s Team.
Einzelnachweise
- ↑ a b c UK launches whole genome sequence alliance to map spread of coronavirus (Amerikanisches Englisch) COG-UK. 23. März 2020. Abgerufen am 23. Dezember 2020: „Genomic sequencing will help us understand COVID-19 and its spread. It can also help guide treatments in the future and see the impact of interventions. … I am confident that [COG-UK] … will make vital breakthroughs to help us tackle this disease.(Patrick Vallance)“
- ↑ Sharon Peacock: A short history of the COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium (Amerikanisches Englisch) COG-UK. 17. Dezember 2020. Abgerufen am 19. Januar 2021.
- ↑ James Gallagher: Coronavirus to be tracked using its genetic code (Englisch) BBC. 23. März 2020. Abgerufen am 23. April 2021: „The project - called the Covid-19 Genomics UK Consortium - is a collaboration between the NHS, public health agencies and the Wellcome Sanger Institute universities. Business Secretary Alok Sharma said: "This new consortium will bring together the UK's brightest and best scientists to build our understanding of this pandemic, tackle the disease and ultimately, save lives."“
- ↑ a b c d Jacqui Wise: Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. In: BMJ. 371, 16. Dezember 2020, ISSN 1756-1833. doi:10.1136/bmj.m4857. PMID 33328153., freier doi-Volltext
- ↑ a b c d David Cyranoski: Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance. Nature. 15. Januar 2021. Abgerufen am 28. Februar 2021.
- ↑ In tracking Covid mutations, most countries flying blind. New Straits Times. 22. Januar 2021. Abgerufen am 23. Januar 2021.
- ↑ (kostenpflichtiges Angebot:) Matt Ridley: Bio-Britain is leading the world in the science of Covid (Britisches Englisch) Daily Telegraph. 10. Januar 2021.
- ↑ £12.2 million boost for SARS-CoV-2 real-time genomic surveillance - COG-UK Consortium (Britisches Englisch) COG-UK. 16. November 2020. Abgerufen am 19. Januar 2021.
- ↑ (kostenpflichtiges Angebot:) UK coronavirus variant: 'we're being sanctioned for transparency'. Daily Telegraph.
- ↑ Consortium Partners. COG-UK. Abgerufen am 22. Dezember 2020.
- ↑ a b How Britain has done so much sequencing of the coronavirus genome. The Economist. 16. Januar 2021. Abgerufen am 28. Februar 2021.
- ↑ Sharon Peacock: Professor Sharon Peacock - CBE FMedSci (enwikiTemplate !) Website and Blog (Englisch) Abgerufen am 19. Januar 2021.
- ↑ Sheri Fink: South Africa announces a new coronavirus variant (Englisch) In: NY Times. 21. Dezember 2020. Abgerufen am 30. April 2021: „… scientists across the world track them [i.e. changes and new lineages] to assess whether they affect characteristics such as transmissibility, disease severity and the response to treatments and vaccines.“
- ↑ a b Markus Grill, Johannes Jolmes: Coronavirus in Deutschland Die schleppende Suche nach den Mutanten. NDR/WDR Tagesschau Investigativ. 28. Januar 2021. Abgerufen am 24. April 2021: „… die Muster der SarsCoV2-Übertragung in Krankenhäusern, Pflegeheimen, Universitäten und am Arbeitsplatz … [zu verstehen: Damit will man] … ein höher aufgelöstes Bild der … [Infektionswege/Bewegung] des Virus erstellen.“
- ↑ COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium Report #10 -11th August 2020 (see section 'Summary of major tools and pipelines developed by COG-UK') (Britisches Englisch) COG-UK. 11. August 2020. Abgerufen am 23. Januar 2021.
- ↑ (kostenpflichtiges Angebot:) The new Covid variants are a peril to us all. Financial Times.
- ↑ Update on new SARS-CoV-2 variant and how COG-UK tracks emerging mutations (Amerikanisches Englisch) COG-UK. 14. Dezember 2020. Abgerufen am 19. Januar 2021.
- ↑ Rachel Schraer: Covid: New variant found ‘due to hard work of UK scientists’. British Broadcasting Corporation. 22. Dezember 2020. Abgerufen am 23. Januar 2021.
