Benutzer:Tieger/Apache Taverna

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Tieger/Apache Taverna
Basisdaten

Das Apache Taverna-Programmpaket vereint eine Reihe von Funktionen, die es den Benutzern erleichtern, komplexe Arbeitsabläufe zu finden, zu entwerfen und auszuführen und sie mit anderen Personen zu teilen. Taverna ist eine domänenunabhängige Suite von Werkzeugen, die für den Entwurf und die Ausführung datengesteuerter Arbeitsabläufe Daten-Pipelining verwendet werden. Es enthält die Taverna Engine (zur Ausführung von Workflows), die sowohl die Taverna Workbench (die Desktop-Client-Anwendung) als auch den Taverna Server (zur Ausführung von Remote-Workflows) betreibt. Taverna ist in Java geschrieben und ist auch als Kommandozeilen-Tool für die schnellere Ausführung von Workflows von einem Terminal aus ohne den Overhead einer GUI verfügbar. Taverna automatisiert experimentelle Methoden durch die Verwendung einer Reihe verschiedener (lokaler oder entfernter) Dienste aus verschiedenen Bereichen - Biologie, Chemie und Medizin bis hin zu Musik, Meteorologie und Sozialwissenschaften.

Taverna ermöglicht es den Benutzern, viele verschiedene Softwarekomponenten zu integrieren, darunter WSDL SOAP- oder REST-Webdienste, wie sie beispielsweise vom National Center for Biotechnology Information, dem Europäischen Bioinformatik-Institut, der DNA Databank of Japan (DDBJ), SoapLab, BioMOBY und EMBOSS bereitgestellt werden. Die Menge der verfügbaren Dienste ist nicht begrenzt und Benutzer können neue Dienstbeschreibungen in die Taverna Workbench importieren. Mit Taverna können Sie definieren, wie Ihre Daten zwischen den Diensten fließen, ohne sich Gedanken darüber machen zu müssen, wie Sie diese Dienste aufrufen wollen. Taverna kann Ihnen helfen, Daten von einem Format in ein anderes zu konvertieren, wenn die von Ihnen genutzten Dienste nicht 100% kompatibel sind, und schützt Sie vor dem Horror der (Nicht-)Interoperabilität der Dienste. Es wird die Verarbeitung Ihrer Daten automatisieren und in die Pipeline aufnehmen.



Apache Taverna ist ein Programmpaket ist ein Apache-Inkubator-Projekt der Apache Software Foundation und Open-Source-Software. Es dient um Entwerfen und Ausführen von Workflows, das ursprünglich vom myGrid-Projekt unter dem Namen Taverna Workbench erstellt wurde, jetzt ein Projekt im Rahmen des Apache-Inkubators.


Apache Taverna is an open source software tool for designing and executing workflows, initially created by the myGrid project under the name Taverna Workbench, now a project under the Apache incubator. Taverna allows users to integrate many different software components, including WSDL SOAP or REST Web services, such as those provided by the National Center for Biotechnology Information, the European Bioinformatics Institute, the DNA Databank of Japan (DDBJ), SoapLab, BioMOBY and EMBOSS. The set of available services is not finite and users can import new service descriptions into the Taverna Workbench.[1][2][3][4][5][6][7][8]

Taverna Workbench provides a desktop authoring environment and enactment engine for scientific workflows. The Taverna workflow engine is also available separately, as a Java API, command line tool or as a server.

Taverna is used by users in many domains, such as bioinformatics,[9][10] cheminformatics,[11] medicine, astronomy,[12] social science, music, and digital preservation.[13]

Some of the services for the use in Taverna workflows can be discovered through the BioCatalogue - a public, centralised and curated registry of Life Science Web services. Taverna workflows can also be shared with other people through the myExperiment social web site for scientists.[14] BioCatalogue and myExperiment are another two product from the myGrid consortium.

Taverna is used in over 350 organizations around the world, both academic and commercial. As of 2011, there have been over 80,000 downloads of Taverna across different versions.

Capabilities

Taverna workflows can invoke general SOAP/WSDL or REST Web services, and more specific SADI, BioMart, BioMoby and SoapLab Web services. It can also invoke R statistical services, local Java code, external tools on local and remote machines (via ssh), do XPath and other text manipulation, import a spreadsheet and include sub-workflows.

Taverna Workbench includes the ability to monitor the running of a workflow and to examine the provenance of the data produced, exposing details of the workflow run as a W3C PROV-O RDF provenance graph,[15] within a structured Research Object bundle[16] ZIP file that includes inputs, outputs, intermediate values and the executed workflow definition; together this format is called TavernaProv.[17]

Taverna includes the ability to search for services described in BioCatalogue to invoke from workflows. However, services do not need to be described within BioCatalogue to be included in workflows as they can be added from a WSDL Web Service description or entered as a REST URI pattern.

Taverna also includes the capability to search for workflows on myExperiment. The Taverna Workbench can download, modify and run workflows discovered on myExperiment, and also upload created workflows in order to share them with others using the social aspects of myExperiment.

Taverna workflows do not need to be executed within the Taverna Workbench. Workflows can also be run by:

  • a command line execution tool
  • remote execution server that allow Taverna workflows to be run on other machines, on computational grids, clouds, from Web pages and portals
  • online workflow designer and enactor OnlineHPC

Taverna allows pipelining and streaming of data.[18] This means that services downstream in the workflow can start as soon as the first data item is received, without waiting for the whole data list to become available from upstream services and iterations. Taverna services execute in parallel when possible, as Taverna workflows are primarily data-driven rather than control-driven.[19]

Taverna Workbench 2.1 splash screen

Open source community

Taverna has been an open-source project since 2003,[20] with contributors from multiple academic and industry institutions. In October 2014 Taverna became an independent Apache incubator project,[21] and changed its name to Apache Taverna (incubating). The project is developing Apache Taverna 3.x,[22] which license changed from LGPL 2.1 to Apache License 2.0.

External links

References

Vorlage:Reflist

Vorlage:Apache Software Foundation

Taverna Taverna Kategorie:Bioinformatics software Kategorie:Workflow applications Kategorie:Science and technology in Greater Manchester Kategorie:Department of Computer Science, University of Manchester Kategorie:Software using the Apache license

  1. ↑ Metadata Management in the Taverna Workflow System. In: 2008 Eighth IEEE International Symposium on Cluster Computing and the Grid (CCGRID) 2008, S. 651–656, doi:10.1109/CCGRID.2008.17.
  2. ↑ Performing statistical analyses on quantitative data in Taverna workflows: an example using R and maxdBrowse to identify differentially-expressed genes from microarray data. In: BMC Bioinformatics. 9, August 2008, S. 334. doi:10.1186/1471-2105-9-334. PMID 18687127. PMC 2528018 (freier Volltext).
  3. ↑ Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workflows. In: Bioinformatics. 20, Nr. 17, November 2004, S. 3045–54. doi:10.1093/bioinformatics/bth361. PMID 15201187.
  4. ↑ Taverna: Lessons in creating a workflow environment for the life sciences. In: Concurrency and Computation: Practice and Experience. 18, Nr. 10, 2006, S. 1067–1100. doi:10.1002/cpe.993.
  5. ↑ Taverna: a tool for building and running workflows of services. In: Nucleic Acids Research. 34, Nr. Web Server issue, July 2006, S. W729-32. doi:10.1093/nar/gkl320. PMID 16845108. PMC 1538887 (freier Volltext). Vorlage:Open access
  6. ↑ BioMoby extensions to the Taverna workflow management and enactment software. In: BMC Bioinformatics. 7, November 2006, S. 523. doi:10.1186/1471-2105-7-523. PMID 17137515. PMC 1693925 (freier Volltext).
  7. ↑ XQTav: an XQuery processor for Taverna environment. In: Bioinformatics. 22, Nr. 10, May 2006, S. 1280–1. doi:10.1093/bioinformatics/btl101. PMID 16551662.
  8. ↑ The Taverna workflow suite: designing and executing workflows of Web Services on the desktop, web or in the cloud. In: Nucleic Acids Research. 41, Nr. Web Server issue, July 2013, S. W557-61. doi:10.1093/nar/gkt328. PMID 23640334. PMC 3692062 (freier Volltext).
  9. ↑ myGrid: personalised bioinformatics on the information grid. In: Bioinformatics. 19 Suppl 1, 2003, S. i302-4. doi:10.1093/bioinformatics/btg1041. PMID 12855473.
  10. ↑ Exploring Williams-Beuren syndrome using myGrid. In: Bioinformatics. 20 Suppl 1, August 2004, S. i303-10. doi:10.1093/bioinformatics/bth944. PMID 15262813.
  11. ↑ New developments on the cheminformatics open workflow environment CDK-Taverna. In: Journal of Cheminformatics. 3, December 2011, S. 54. doi:10.1186/1758-2946-3-54. PMID 22166170. PMC 3292505 (freier Volltext).
  12. ↑ ESO Reflex: A Graphical Workflow Engine for Running Recipes. In: The 2007 ESO Instrument Calibration Workshop (=  ESO Astrophysics Symposia European Southern Observatory) 2008, ISBN 978-3-540-76962-0, S. 169–175, doi:10.1007/978-3-540-76963-7_23.
  13. ↑ Web content executable workflows for experimental executio. 2012.
  14. ↑ myExperiment: a repository and social network for the sharing of bioinformatics workflows. In: Nucleic Acids Research. 38, Nr. Web Server issue, July 2010, S. W677-82. doi:10.1093/nar/gkq429. PMID 20501605. PMC 2896080 (freier Volltext).
  15. ↑ : Proceedings of the Joint EDBT/ICDT 2013 Workshops on - EDBT '13. , S. 331. ISBN 9781450315999 doi:10.1145/2457317.2457376
  16. ↑ Research Object Bundle 1.0. (Specification) 5. November 2014. doi:10.5281/zenodo.12586.
  17. ↑ Stian Soiland-Reyes, Pinar Alper, Carole Goble: Tracking workflow execution with TavernaProv. , ProvenanceWeek 201611 May 2016. doi:10.5281/zenodo.51314.
  18. ↑ Implicit iteration. In: Taverna 2.5 User Manual . myGrid. 9. September 2014. Abgerufen im 28 January 2015.
  19. ↑ Stian Soiland-Reyes: Parallel service invocations. In: The Taverna Knowledge Blog . knowledgeblog.org. 13. Dezember 2010. Abgerufen im 28 January 2015.
  20. ↑ Taverna Proposal. In: Incubator Wiki . Apache Software Foundation. 23. September 2014. Abgerufen im 28 January 2015.
  21. ↑ Taverna Project Incubation Status. In: Apache Incubator . Apache Software Foundation. Abgerufen im 28 January 2015.
  22. ↑ Download Apache Taverna. Apache Software Foundation. Abgerufen im 28 January 2015.
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