Diskussion:Lithotrophie

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Sand

Vermutlich bin ich uneingeweiht oder begriffstutzig: Ich weiß nicht, was die Überschrift „Sand“ bedeutet. Ist das schlimm? -- Brudersohn (Diskussion) 00:12, 12. Jul. 2015 (CEST)
Hi, Brudersohn,
das war mein Sandkasten für die Tabelle. Sie ist jetzt hier.
Sorry für meine Schlamperei. Das sollte nur für ein paar Minuten sein.--Asw-hamburg (Diskussion) 11:29, 10. Aug. 2015 (CEST)
Nein, Asw-hamburg, das war wohl meine Unwissenheit. Jetzt weiß ich, was "Sand" bedeutet. Ich bin manchmal zurückgeblieben. Gruß, -- Brudersohn (Diskussion) 23:49, 10. Aug. 2015 (CEST)

Grundsätzliches und ToDo-Liste

Lithotrophie/Organotrophie gibt die Wasserstoff- und nicht die Energiequelle an. --Asw-hamburg 21:01, 30. Okt 2005 (CET)

Danke! Aber das steht nicht nur bei Litho- sondern auch bei allen anderen Trophien! Bitte weniger Copy-Paste. (217.84.42.155)

Sorry, aber ich bin immer noch nicht einverstanden. Wenn ich oben twas flapsig geschrieben hatte, es ginge um die Wasserstoff-Quelle, dann meinte ich natürlich die Elektronenquelle. Die Seite Stoff-_und_Energiewechsel, unterscheidet klar zwischen Elekronen- und Energiequelle. Hier wurde beides explizit vermengeliert:

"Deckung des Bedarfs von Lebewesen an Energie und Reduktionsmitteln aus ausschließlich anorganischen Stoffen"

Das ist falsch, deswegen habe ich soeben "an Energie" gelöscht. Höhere Pflanzen sind eindeutig lithotroph, nämlich photo-lithotroph, ohne dass sie ihre Energie aus der chemischen Reaktion anorganischer Stoffe beziehen.

Um dieser Seite eine Existenzberechtigung zu verschaffen, wären Detailinformationen nötig, wie z.B.:

  1. Eine halbwegs vollständige Liste lithotropher Stoffwechseltypen
  2. Bedeutung in den Stoffkreisläufen
  3. Biochemische Fragen: wie heben litotrophe Organismen die aus z.B. Nitrit gewonnenen Elektronen auf das Niveau, das zur CO2-Reduktion nötig ist?
  4. Historisches, insbesondere Sergei Nikolajewitsch Winogradski, siehe unter Winnogradski (engl.)

Vorbild könnte der englische Artikel sein. In der jetzigen Form halte ich den Artikel als eigenständigen Beitrag überflüssig.-- Asw-hamburg
--Asw-hamburg 19:23, 18. Jun. 2011 (CEST)

Noch eine Bemerkung dazu: Energiequelle ist in der Regel entweder das Licht (Phototrophie) oder eine exergone chemische Stoffumsetzung (Chemotrophe). Ein einzelner Stoff kann nur dann als Energiequelle bezeichnet werden, wenn durch die Umsetzung dieses einzelnen Stoffs Energie gewonnen wird, wie beispielsweise Umsetzung von Glucose zu Milchsäure. Wird zur Energiegewinnung Glucose mit Sauerstoff oxidiert, ist diese Oxidation die Energiequelle. In diesem Fall muss man also beide Stoffe zusammen, Glucose und Sauerstoff, als Energiequelle nennen. Bei einem lithotrophen Nitrifizierer der ersten Stufe sollte man entweder die Oxidation von Ammoniak mit Sauerstoff oder das Stoffsystem Ammoniak + O2 als Energiequelle benennen. In beiden Fällen ist ein im thermodynamischen Ungleichgewicht befindliches Stoffsystem (bzw. dessen Übergang in Richtung Gleichgewicht) die Energiequelle. Etwas anderes ist begrifflich die Art der Reduktionsmittel (= Elektronendonoren) für den Baustoffwechsel, auch wenn ein solches Reduktionsmittel gleichzeitig zum Zweck der Energiegewinnung oxidiert werden kann. -- Brudersohn 21:13, 18. Jun. 2011 (CEST)
Sehe ich auch so und will's bei der Überarbeitung berücksichtigen.--Asw-hamburg (Diskussion) 14:51, 16. Jun. 2015 (CEST)

Löschantrag

Hallo EHaseler. Mit Recht beanstandest Du die Definition. Nachdem ich den Artikel angelegt habe, wurde sie von einem Anonymus geändert in eine auch meiner Meinung nach nicht zutreffende. Als erstes habe ich meine ursprüngliche Definition wieder eingesetzt. Ich werde mich bemühen, weitere Verbesserungen des Artikels einzubringen, insbesondere Literaturbelege. Den Tonfall Deiner Kritik führe ich mal auf eine momentane Stimmungslage (beispielsweise Verärgerung über irgend etwas) zurück und nehme an, dass das sonst nicht Dein Stil ist. Gruß, -- Brudersohn (Diskussion) 21:03, 29. Apr. 2014 (CEST)

In der letzten Version vom 29.04.2014 stand:
"Lithotrophie bezeichnet einen Begriff aus der Biologie: die Deckung des Energiebedarfs von Lebewesen aus exergonen chemischen Stoffumsetzungen mit ausschließlich anorganischen Stoffen. " (Herv. von mir)
Energiebedarf??? Thema verfehlt, Artikel basiert auf etwas zuviel Unkenntnis und Desinteresse. Löschen?
Dafür sind lithotrophe Organismen zu wichtig. Ich schreibe den Artikel lieber neu und bitte von diskussionslosen Reverts abzusehen --Asw-hamburg (Diskussion) 23:43, 8. Jun. 2015 (CEST)
Dieser Abschnitt kann archiviert werden. --Asw-hamburg (Diskussion) 13:14, 27. Jul. 2015 (CEST)

Fortgang der Überarbeitung

Bitte in Tabelle 1 in der 2.Spalte Zeile die Redoxreaktion nochmal durchsehen. So, wie sie da steht, ergibt sie keinen Sinn.--Meloe (Diskussion) 23:45, 9. Jun. 2015 (CEST)

Danke. Erledigt.--Asw-hamburg (Diskussion) 10:36, 12. Jun. 2015 (CEST)
Nitrite Oxidation by Nitrospira spec.
AOB Generation of proton gradient of ammonia oxidizing lithotrophs
Aquifex Electron Transport Chain when growing with oxgen and Hydrogen[1][2] [3][4]

ToDo

  1. Reduktion von NADP+ fertigstellen. Knallgasbakterien lösliche Hydrogenase. oder auch nicht!Nitrobakter besser erklären + Referenzen
    "Oxidation of H2 in R. eutropha H16 is catalyzed by two NiFe hydrogenases. One of them, a dimeric membrane-bound hydrogenase (MBH), is the first component of an H2-dependent electron transport chain which conserves energy during lithotrophic growth. The MBH is coupled – both physically and electronically – to the respiratory chain by a specialized b -type cytochrome. The hydrogenase dimer is located on the periplasmic side of the cytoplasmic membrane. The second energy-conserving hydrogenase is a hexameric protein located in the cytoplasm. This soluble hydrogenase (SH) couples H2 oxidation to the reduction of NAD+. It consists of a dimeric hydrogenase module, a dimeric diaphorase module and a homodimer of a 19-kD protein responsible for the NADPH-dependent reductive activation of the enzyme ... . The SH supplies the organism with reductant for, e.g. fixation of CO2, , giving R. eutropha a great advantage over lithotrophs that synthesize NADH via reverse electron flow." [5] Essenziell: Zur CO2-Fixierung brauchen Autotrophe entweder stark reduzierende Ferredoxine oder NADPH[6] [7]. Beides läuft auf Ech oder Bifurkation hinaus. (Zwei Neubauten ………:-( )
  2. Englischen Artikel einarbeiten (?)
  3. Fuchs[8]
  4. Basierend auf [en.wikipedia.org/wiki/Lithotroph#Overview_of_the_Metabolic_Process] Übersichtstabelle (examples of chemolithotrophic pathways, any of which may use oxygen, sulfur or other molecules as electron acceptors) einfügen und Übersetzen done.
  5. Dort verlinkte Organismen mit den jeweiligen Stoffwechselmechanismen versehen
  6. Geschichte der Erforschung (Sergei Winogradsky)

--Asw-hamburg (Diskussion) 11:40, 12. Jun. 2015 (CEST) (Diskussion) 01:24, 1. Jul. 2015 (CEST)

  1. ↑ Extremophiles. 2003 Apr;7(2):145-57. Epub 2003 Jan 23. [NiFe] hydrogenases from the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus: properties, function, and phylogenetics. Brugna-Guiral M1, Tron P, Nitschke W, Stetter KO, Burlat B, Guigliarelli B, Bruschi M, Giudici-Orticoni MT.
  2. ↑ http://www.jbc.org/content/285/53/41815.full.pdf+html
  3. ↑ http://bip.cnrs-mrs.fr/bip01/supramolecular_organization_058.htm
  4. ↑ Nanotechnology and Nanomaterials » "Syntheses and Applications of Carbon Nanotubes and Their Composites", book edited by Satoru Suzuki , ISBN 978-953-51-1125-2, Published: May 9, 2013 under CC BY 3.0 license. © The Author(s). Chapter 19: Carbon Nanotube-Enzyme Biohybrids in a Green Hydrogen Economy http://www.intechopen.com/books/syntheses-and-applications-of-carbon-nanotubes-and-their-composites/carbon-nanotube-enzyme-biohybrids-in-a-green-hydrogen-economy
  5. ↑ Schwartz, Edward :A proteomic view of the facultatively chemolithoautotrophic lifestyle of Ralstonia eutropha H16. Proteomics 2009, 9 p. 5132-5142 http://dx.doi.org/10.1002/pmic.200900333
  6. ↑ Anders Pedersen, Göran B Karlsson, Jan Rydström: Proton-translocating transhydrogenase: an update of unsolved and controversial issues. In: Journal of bioenergetics and biomembranes. 40, Nr. 5, 2008, S. 463-473. doi:10.1007/s10863-008-9170-x.Abstract Proton-translocating transhydrogenases, reducing NADP+ by NADH through hydride transfer, are membrane proteins utilizing the electrochemical proton gradient for NADPH generation.
  7. ↑ Sebastiaan K Spaans, Ruud A Weusthuis, John van der Oost, Servé W M Kengen: NADPH-generating systems in bacteria and archaea. In: Frontiers in Microbiology. 6, 2015, S. 742. doi:10.3389/fmicb.2015.00742.Reduced nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) is an essential electron donor in all organisms. It provides the reducing power that drives numerous anabolic reactions, including those responsible for the biosynthesis of all major cell components and many products in biotechnology. The efficient synthesis of many of these products, however, is limited by the rate of NADPH regeneration. Hence, a thorough understanding of the reactions involved in the generation of NADPH is required to increase its turnover through rational strain improvement. Traditionally, the main engineering targets for increasing NADPH availability have included the dehydrogenase reactions of the oxidative pentose phosphate pathway and the isocitrate dehydrogenase step of the tricarboxylic acid (TCA) cycle. However, the importance of alternative NADPH-generating reactions has recently become evident. In the current review, the major canonical and non-canonical reactions involved in the production and regeneration of NADPH in prokaryotes are described, and their key enzymes are discussed. In addition, an overview of how different enzymes have been applied to increase NADPH availability and thereby enhance productivity is provided.
  8. ↑ Georg Fuchs, Hans Günter Schlegel, Thomas Eitinger: Allgemeine Mikrobiologie. 9., vollständig überarbeitete und erweiterte Auflage. Georg Thieme Verlag, Stuttgart 2014, ISBN 978-3-13-444609-8, 12. Oxidation anorganischer Verbindungen: die chemolithotrophe Lebensweise.
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