Diskussion:tRNA

Text passt nicht zum Bild

Das erwähnte Pseudouridin lässt sich im Bild nirgends finden.

Siehe die Frage "Nanu?" weiter unten! -- Ayacop 16:26, 26. Feb. 2009 (CET)

Wo ist tRNA?

Gehe ich richtig, das die tRNAs im Zellkern freiumherschwimmen, bis sie von einer mRNA gebraucht werden? --  Saippuakauppias ⇄ 21:44, 27. Apr. 2008 (CEST)

Im Zellkern nützen sie nicht viel, da die Translation dort nicht stattfindet. Sie müssen also den Zellkern verlassen. Gebraucht werden sie auch nicht von der mRNA, sondern vom Ribosom (nat. entsprechend der mRNA, die dort gerade angedockt ist). --Koethnig 13:30, 7. Mär. 2009 (CET)

Nanu?

Was soll im Bild bitte das J bedeuten? es gibt bei RNA nur die vier Basen Uracil, Adenin, Guanin und Cytosin!

Siehe die zweite Frage oben! -- Ayacop 16:25, 26. Feb. 2009 (CET)

J und bakterielle Introns???

Das J steht für eine modifizierte Base in der tRNA. Diese Modifikation kann sehr häufig zur erweiterten Codonerkennung auftreten. Welche genau das ist, weiß ich nicht... Pseudouridin ist es auf jeden Fall nicht! Das wird mit dem griechischen Buchstaben psi abgekürzt und ist im entsprechenden T-psi-C-Loop zu finden. Bei der tRNA Reifung steht was von bakteriellen Introns? Wer solche Artikel schreibt, sollte doch wissen, dass ein Hauptmerkmal der eukaryotischen Lebensformen Exons und Introns sind. Wäre mir neu, dass Bakterien als Prokaryoten dazu gerechnet werden... (nicht signierter Beitrag von 78.52.37.16 (Diskussion | Beiträge) 08:46, 3. Jul 2009 (CEST))

Zu den bakteriellen Introns: Was glaubt du eigentlich wofür die Zahlen in eckigen Klammern im Artikel sind? Es kostete mich keine zehn Sekunden, folgenden Satz zu finden (ehrlich!): tRNA splicing occurs in all three major lines of descent, the Bacteria, the Archaea, and the Eukarya. In bacteria the introns are self-splicing (1-3). -- Ayacop 10:19, 3. Jul. 2009 (CEST)

Widerspruch im Abschnitt "Struktur"?

Im Abschnitt "Struktur" findet sich folgender Text:

In jedem tRNA-Molekül treten Paarungen konjugierender Basen (Adenin und Uracil; Cytosin und Guanin) auf. Sie sind die Ursache für die
kleeblattartige Sekundärstruktur der tRNA. In den Schleifen der tRNA-Arme können sich die vorliegenden Basen jedoch nicht durch
Wasserstoffbrückenbildung zusammenschließen, da sie nicht konjugierend sind.

Was stimmt nun? Konjugierende Basen oder nicht? Und sollten sie konjugierend sein, warum bilden sich dann keine Wasserstoffbrückenbindungen? --141.30.205.186 17:05, 2. Nov. 2009 (CET)

Bereits das erste Bild beantwortet deine Frage besser als tausend Worte. Im Molekül findet beides statt. Es gibt also keinen Widerspruch. --Ayacop 19:06, 2. Nov. 2009 (CET)

modifizierte Basen

Habe ich Tomaten auf den Augen oder fehlt im Artikel die "geringfügige" Tatsache, dass dort viele modif. Nukleoside vorkommen? -- Yikrazuul 21:06, 3. Nov. 2009 (CET)

Du hast vollkommen recht. Ich hab beim überfliegen jedenfalls auch nichts dazu gefunden (obwohl ich hätte schwören können, dass dazu schon was im Artikel stand). Spätestens im Abschnitt "Reifung" muss das noch rein (der Abschnitt ist sowieso viel zu kurz). Aber auch im Abschnitt "Struktur" kann man dies durchaus schon erwähnen, anstatt zu suggerieren, dass da nur die vier Standard-RNA-Nukleoside vorkommen. Danke für das verbesserte Bild --Koethnig 11:04, 4. Nov. 2009 (CET)

Das ungedrehte L

Da das Umdrehen die räumliche Struktur nicht betrifft, habe ich mir erlaubt, „in der Abbildung umgedreht“ daraus zu machen. -- Binse (Diskussion) 01:09, 11. Mai 2012 (CEST)

Ein loses Ende:

Der Absatz:

Ein besonderer Fall sind die tRNAs, die mit Alanin beladen werden (tRNAAla). Unabhängig vom Organismus weist die tRNAAla ein G–U-Basenpaar an den Positionen 3 bzw. 70 im Akzeptorstamm auf.[5] Wird eine dieser beiden Basen mit einer anderen durch (zielgerichtete) Mutagenese ausgetauscht, kann die resultierende tRNA nicht mehr durch die Alanyl-tRNAAla-Synthetase mit Alanin beladen werden.

schreit förmlich nach einer erklärenden Fortsetzung. Wenn diese Mutationen als zielgerichtet bezeichnet werden, muss doch das Ziel auch genannt werden. Also erstens, was ist die unmittelbare Folge: Wird statt Alanin eine andere Aminosäure angehängt, oder bleibt die defekte tRNA unbeladen, unbrauchbar? Zweitens, was geschieht weiter, wird das betroffene Codon bei der Proteinsynthese übersprungen oder bricht nun jede Proteinsynthesw vor dem ersten Alanin ab? Und drittens eben: Welchem funktionellen Ziel dient dieser Vorgang?

Anders gefragt. Dass Mutationen in ansonsten hochkonservierten Strukturen die übliche Funktion stören, ist völlig normal. Was also ist das Besondere an diesem Fall?-- Binse (Diskussion) 00:33, 18. Apr. 2013 (CEST)

D-Schleife an Erkennung durch die aaRS beteiligt?!

Im Abschnitt über die Struktur steht, dass die D-Schleife vor allem der Erkennung durch die Aminoacyl-tRNA-Synthetase dient. Gibt es dazu irgendwelche Literaturquellen? Nach meiner Recherche besitzt der D-Arm kaum Identitätselemente. Er ist höchstens an unspezifischen Interaktionen beteiligt, doch selbst hierzu kann ich keine eindeutigen, sondern eher gegenteilige Aussagen finden.

Alexander Rich, Paul R. Schimmel: Structural organization of complexes of transfer RNAs with aminoacyl transfer RNA synthetases. In: Nucleic Acids Res. (1997)

T-Schleife/ 5S rRNA Wechselwirkungen

Hallo, im Abschnitt "Struktur" steht, dass der T-Arm an die 5S rRNA bindet. Dafür fehlt allerdings eine Quelle und eigene Nachforschungen haben nichts ergeben, was diese Behauptung untermauern würde. PDB 4y4p und 4v68 ergeben beide keinerlei Kontakt zwischen einer tRNA und der 5S rRNA. Auch der folgende (sehr detaillierte) Artikel erwähnt einen solchen Kontakt mit keinem Wort. Ich vermute hier eine Verwechslung zwischen 5S und L5. In Bakterien bindet das Protein L5 die 5S rRNA und mediiert einen Kontakt zum T-Arm der P-Site tRNA. Die 5S rRNA und die drei tRNAs befinden sich allerdings zu keinem Zeitpunkt in räumlicher Nähe.

http://science.sciencemag.org/content/292/5518/883?variant=full-text&sso=1&sso_redirect_count=1&oauth-code=36146dc6-62b3-43eb-ad21-ff158a39bf81 Zitat: "At its elbow, a β-hairpin loop of protein L5 (positions 54 to 66) interacts with the T loop of P-tRNA at the minor-groove face of C56 (Fig. 6E; h)."

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1223345/pdf/12564956.pdf Auch hier wird kein solcher Kontakt erwähnt.

Ich erachte mich selbst nicht als erfahren genug sowas eigenhändig auszubessern, aber ich hoffe, dass der ursprüngliche Autor das hier liest und besagte Stelle überprüft und mit einer glaubwürdigen Quelle versieht bzw ausbessert.(nicht signierter Beitrag von FDDATHOMAS (Diskussion | Beiträge) 11:24, 28. Sep. 2017 (CEST))

Das hat Benutzer:Yikrazuul mit diesem Edit eingebaut. Yikrazuul ist leider schon lange inaktiv, er wird hier also vermutlich nicht mehr mitlesen. Sein damaliger Editkommentar „nach Garrett ausgebaut“ bezieht sich wohl auf das erste unter „Literatur“ genannte Buch. Vielleicht kann Benutzer:Ghilt weiterhelfen?--Mabschaaf 12:31, 28. Sep. 2017 (CEST)

Moin, dann schaue ich demnächst ersteinmal in den Garrett, ändere es gegebenfalls und melde mich nochmals, Grüße, --Ghilt (Diskussion) 08:47, 29. Sep. 2017 (CEST)

Es wurde korrigiert, Danke für den Hinweis! Grüße, --Ghilt (Diskussion) 11:16, 2. Okt. 2017 (CEST)

Transfer RNA in Archaea: unusual pathways and enzymes

ich habe gerade zu TRNA#Entstehung_der_tRNAs eine interessante Quelle gefunden Transfer RNA processing in Archaea: unusual pathways and enzymes. darin u.a.: The third domain of life, the Archaea, displays the most intron insertions in tRNA genes. und: The tiny and compact genome of this organism contains 34 continuous tRNA genes and four tRNA genes with introns, but for 6 essential tRNA isoacceptors a tRNA gene could not easily be identified by tRNA gene scanning algorithms. Surprisingly, the tRNAs were found to be pieced together from individually expressed tRNA halves. The tRNA half genes possess their own promoter, are not required to be located in the vicinity of their matching half and can even be located on different strands. The split tRNAGlu isoacceptors presented a special case as the two 5′ tRNA halves (with anticodons CUC and UUC) are matched with only one 3′ tRNA half. Also es gibt Archaea, die in getrennten Bereichen der DNA die Erzeugung der obere und unteren Hälfte der tRNA codieren. --TumtraH-PumA (Diskussion) 22:42, 11. Jun. 2020 (CEST)