Wikiup Diskussion:Wie erstelle ich Strukturformeln?/Tutorial Strukturformeln

Chem-Draw-Weg

Hallo Mabschaaf! Habe grade den Diskussionseintrag und den Verweis auf diese Seite bei der Redaktion Chemie gesehen. Zum Chem-Draw-Weg habe ich ne kleine Ergänzung: außer dem Zeichenprogramm habe ich die beiden Freeware-Tools "Ghostscript" und "Scribus" nacheinander installiert. Nun kann ich eine Formel mit Chem Draw erstellen, sowohl im CMD als auch im EPS Format speichern und dann das EPS mit Scribus aufmachen und als SVG exportieren. So habe ich ohne umständliches Text in Pfad umwandeln oder hochladen auf irgendeiner Internetseite recht zügig ein fertiges SVG, was ich hochladen kann. Ich hoffe das ist soweit verständlich und hilft allen anderen Nutzern auch weiter. MfG --LinuxCLP 00:30, 14. Aug. 2011 (CEST)

Hallo LinuxCLP, ich persönlich kann das nicht nachvollziehen, da ich mit nicht mit ChemDraw arbeite. Was ich nicht verstehe: wofür braucht man bei diesem Weg Ghostscript?

Und klar, wenn das so funktioniert, darfst Du das gerne auf der Vorderseite einbauen (Wobei ChemDraw → .eps → Scribus → .svg ja schon beschrieben ist).-- Mabschaaf 16:53, 14. Aug. 2011 (CEST)

Laut der Wikiseite über Ghostscript ein Interpreter, der es überhaupt erst möglich macht, EPS-Dateien grafisch anzeigen zu können. Ich habe zu Beginn meiner Masterarbeit den Tipp bekommen, erst Ghostscript und dann Scribus zu installieren, was ich dann auch gemacht habe. Und wie oben beschrieben, kann ich so relativ einfach SVGs erstellen. Von einem "Texte in Pfade umwandeln" oder ähnlichem hatte ich bis vor der Diskussion gar nichts gehört. Wenn es anders auch funktioniert ist ja auch ok, nur scheint mein Weg etwas einfacher zu sein. Ich schau mir nochmal die Vorderseite an und ergänze da, wo es Sinn macht. Grüße, --LinuxCLP 21:49, 15. Aug. 2011 (CEST)

Naja... als eps exportieren, dann in Scribus importieren ist auch nicht weniger umständlich als PDF exportieren und auf dem Server umzuwandeln. Als "weniger umständlich" würde ich dann eher die nicht-grafishen pstoedit (via plot-svg) oder besser pdf2svg ansehen.... zumindest unter Linux, wo die Programme (hoffentlich) Teil der Distribution sind. Für Windows-Leute ist das Hochladen wahrscheinlich das "einfachste", da die Kommandozeile unter Windows zum einen nichts taugt und zum anderem die Leute das dort nicht gewöhnt sind und es automatisch als "kompliziert" erscheint. Iridos 15:05, 24. Sep. 2011 (CEST)

Mabschaaf/Tutorial Strukturformeln (aktuell: Beitrag "Faworski-Umlagerung")

Von der BD:Mabschaaf übertragen.

Hallo Mabschaaf, Codc und Formelspezialisten, ich war schon sauer über das Programm BKChem, weil beim Hochladen meiner Formeln Verstümmelungen auftraten. Ich habe heute nach dem Tutorial das Inkscape-Programm heruntergeladen und eine Zeichnung für meinen Beitrag "Faworski-Umlagerung" konvertiert (Cyclopropancarbonsaeure_k.svg). Zu meiner großen Freude scheint dies funktioniert zu haben. Allerdings weiß ich nicht, wie die leere Fläche auf dem DIN A4 Format entfernt werden muss. Das sollte man noch in das Tutorial einfügen! Außerdem: Unter "Konvertieren" steht im Tutorial: "Text in Pfad umwandeln". Ich habe diese Möglichkeit bei Inkscape nicht gefunden. Da steht: "Objekt in Pfad umwandeln". So habe ich das gemacht, anscheinend mit Erfolg. War das richtig? Gruß und Dank--Durfo 22:53, 18. Aug. 2011 (CEST)

Hallo Durfo, ich persönlich kann da leider nicht helfen, weil ich mich selbst (noch) nicht mit dem Zeichnen von Strukturformeln befasst habe. Ich bin aber sicher, dass Dir einer der mitlesenden Kollegen die Frage beantworten kann.-- Mabschaaf 00:27, 19. Aug. 2011 (CEST)

Ich kann auch nicht helfen, da ich BKChem nicht kenne. Gruß--Roland1952^Disk_Bew. 15:40, 19. Aug. 2011 (CEST)

Hallo Durfo, es heisst tatsächlich Objekt in Pfad umwandeln war ein Fehler meinerseits da man so die Fehldarstellung von Text in den BKChem-SVGs in den Griff bekommt. Nebenbei meine Formeln haben auch immer ein is im Filenamen da es sich hierbei um Inkscape Bearbeitungen handelt da diese für BKChem nicht mehr lesbar sind. Dafür Allerdings weiß ich nicht, wie die leere Fläche auf dem DIN A4 Format entfernt werden muss. bräuchte ich ein Beispiel weil mir dieses Problem so nicht klar ist. Gruß --Codc 16:10, 19. Aug. 2011 (CEST)

Die Höhe und Breite kann in den Dokumenteneinstellungen (Shift + Crtl + D) festgelegt werden. --Leyo 16:16, 19. Aug. 2011 (CEST)

@Codc: Hier das nachgefragte Beispiel: Datei:Cyclopropancarbonsaeure k.svg hat unter der Formel einen entsprechenden Leerraum. Verwendest Du da spezielle Einstellungen oder führst Du sonst in irgendeiner Art und Weise eine Beschneidung des Rahmens durch? -- Mabschaaf 17:54, 19. Aug. 2011 (CEST)

Meine Einstellungen sind auf der Vorderseite unter standard.cdml und prefs.xml für BKChem beschrieben. BKChem stelle ich ein in dem ich die beiden Dateien so erstelle weils nach meiner Erfahrung die besten Ergebnisse liefert und man nichts vergessen kann. Bei Inkscape habe ich nichts geändert. Das Problem kenne ich so nicht. --Codc 18:13, 19. Aug. 2011 (CEST)

Einbinden von .svgs in Commons - Verstümmelungen

Hallo zusammen, mit dem .svg-Upload habe ich noch so meine Probleme. Habe Commons:File:Phenylcyanate-synthesis1.png testweise durch eine .svg-Version ersetzen wollen. Hierzu habe ich aus ChemDraw 12 als .eps exportiert, mit Inkscape 0.48.1 als .svg (normal) gespeichert, mit in[k]firmary die viewBox gesetzt und auf Commons hochgeladen. Herausgekommen ist Commons:File:Phenylcyanate-synthesis-thermolysis.svg. Im Browser wird richtig gerendert, aber das von der Wikimedia-Software gerenderte sieht natürlich indiskutabel aus. Was ist hier falsch gelaufen? Viele Grüße, -- Wampenseppl 18:39, 31. Aug. 2011 (CEST)

Den Text (Atomsymbole) hast du damit nicht in Pfade umgewandelt. Da du Helvetica verwendest, die auf dem Server nicht vorhanden ist, kommt's zu Anzeigeproblemen. Entweder du verwandelst in Inkscape alle Objekte in Pfade (siehe Tutorial) oder du konvertierst die EPS-Datei mit Scribus ins SVG-Format. --Leyo 19:01, 31. Aug. 2011 (CEST)

Danke, das hat funktioniert! -- Wampenseppl 11:59, 1. Sep. 2011 (CEST)

"erledigt"

Hallo Mabschaaf - tut mir ja leid, dass ich momentan mit viel anderem eingespannt bin und es nochmal drei Wochen waren, bis ich mich dem jetzt wieder zuwenden kannaber "erledigt" war das ganze leider noch lange nicht. Das Tutorial enthält immer noch viele Dinge, die so einfach nicht akzeptabel sind. So z.B. die "Nachbearbeitung" von mit BKChem erstelltem SVG - dafür gibt es ein Skript. Ein Grund, warum ich so lange keine Zeit gefunden habe war auch, das so viele auch grundsätzliche Änderungen noch nötig sind. So muss umstrukturiert werden: Wenn verschiedene Programm keine SVG-Ausgabe anbieten sondern nur PDF oder PS, dann muss man die Umwandlung natürlich in einen separaten Abschnitt auslagern. Was gar nicht geht, ist für das PDF von verschiedenen Programmen verschiedene Konvertierungsmöglichkeiten als die jeweils "richtige" zu verkaufen. Insbesondere ist der Weg zur Konvertierung von PDF über einen Import in Openoffice einfach Quatsch. Es gab sicher irgendeinen Grund, warum das jemand für nötig gehalten hat, es ist und bleibt aber Unsinn (auch Inkscape kann die Seite zuschneiden) - zumindest vermute ich, dass auch accelrys _irgendeine_ Export-Möglichkeit anbietet. Es wird auch nicht erwähnt für welche Betriebssysteme die Software überhaupt zur Verfügung steht etc. etc. etc. Iridos 14:36, 24. Sep. 2011 (CEST)

Quetsch - Erledigt ist das wohl nie. Es war nur mM soweit ausgereift, dass es jetzt auch an diesem Ort weiterverbessert werden kann. Wichtig war mir vor allem, funktionierende Wege aufzuzeigen. Dass es möglicherweise elegantere Lösungen gibt, ist unbestritten. -- Mabschaaf 22:22, 25. Sep. 2011 (CEST)

AccelrysDraw bzw. Symyx®Draw lässt sich wohl (auch mit Hilfe von wine) nicht unter Linux installieren. Vielleicht kann ja jemand ergänzen, als was man dort Dokumente exportieren kann... Iridos 15:17, 24. Sep. 2011 (CEST)

nicht als svg?

"* Speichern als .svg (Dieses File ist für Wikipedia unbrauchbar!)" Was soll das bedeuten? Sollten Strukturformeln nicht immer als SVG hochgeladen werden? Dieser Satz: "läuft bei manchen Formeln und völlig unreproduzierbar nicht stabil" ist auch nicht ganz korrekt... (nicht signierter Beitrag von Minihaa (Diskussion | Beiträge))

Ist es jetzt klarer? --Leyo 11:22, 27. Nov. 2012 (CET)

Schriftart

Mir scheint, Arial ist nicht wirklich geeignet. Wird auch nicht als geeignete Schrift gelistet.

Ich habe hier die Schrift, die nicht angezeigt wird in ChemSketch als Arial eingefügt (per "Edit Atom Label"). Wobei die restliche Schrift eigentlich auch Arial ist. Bin ratlos. --LordOider (Diskussion) 18:31, 5. Nov. 2013 (CET)

Wenn in Inkscape das Objekt in Pfad umwandelt wird, passt die Darstellung auch auf Commons. Ich denke aber, dass ist nur weil die Schrift dann nicht mehr als Schrift dargestellt wird, sondern die Formen der Buchstaben als solche (Datei wird durch die Umwandlung auch deutlich größer). --LordOider (Diskussion) 18:43, 5. Nov. 2013 (CET)

Bitte immer in Pfade umwandeln. Übersetzt werden muss da ja nichts. --Leyo 18:48, 5. Nov. 2013 (CET)

gchempaint SVG

Also irgendwie wird mir nicht klar, inwieweit man mit gchempaint SVG laden oder abpseichern kann. Ich hab hier ein GChemPaint-0.12.12 aber scheinbar lässt sich keine SVG-datei laden und keines der 6 Formate die man zum Speichern wählen kann, lässt sich mit /usr/bin/display anzeigen. -- itu (Disk) 10:59, 28. Feb. 2016 (CET)

Ladungen

Gibt es eine Regel oder eine Vereinbarung wie Ladungen gezeichnet werden sollen? So wie in Natriumphenolat mit Kringel, oder eher ohne, wie in Natriumthiocyanat? Gruß --Bert (Diskussion) 23:28, 17. Nov. 2016 (CET)

Hm, meines Wissens ist das nirgendwo wirklich festgelegt. Schon unter Wikipedia:Wie_erstelle_ich_Strukturformeln?#Welche_Formel_ist_die_richtige.3F finden sich beide Varianten. Nimmt man die Formeln des Molekülbaukastens als Grundlage, wäre ohne Kringel richtiger.--Mabschaaf 18:58, 18. Nov. 2016 (CET)

Rand

Mir fallen öfter Zeichnungen auf mit äusserst knapp bemessenem Bildrand etwa hier, im Extremfall sieht man auch angeschnittene Zeichnungsbestandteile. Ich würde als Minimum -wenn man es wirklich eng haben will- 30% einer Bindungslänge als Mindest-Rand einer Zeichnung für oben, unten, rechts und links vorschlagen, aber eher mehr. Bisher scheint dazu umseitig noch jede Empfehlung zu fehlen. -- itu (Disk) 23:28, 2. Apr. 2017 (CEST)

Idee: LaTeX-Paket Chemfig

Vielleicht wäre eine Implementierung des LaTeX-Pakets Chemfig (http://mirrors.ctan.org/macros/generic/chemfig/chemfig-en.pdf) in die Wikipedia einer Überlegung Wert. Man hätte

1. eine einheitliche Syntax (ähnlich den mathematischen Formeln, die eingebettet werden),
2. ein einheitliches Erscheinungbild und
3. wäre nicht auf externe Software angewiesen.

--Av wiki (Diskussion) 08:37, 19. Mai 2021 (CEST)