Die Gauliga Elsaß 1943/44 war die vierte Spielzeit der Gauliga Elsaß des Fachamtes Fußball. Die Gauliga wurde in dieser Saison in einer Gruppe im Rundenturnier mit zehn Mannschaften ausgetragen. Am Ende setzte sich der FC Mülhausen durch und wurde somit zum vierten Mal Gaumeister des Elsass. Durch diese Meisterschaft qualifizierte sich der Verein für die deutsche Fußballmeisterschaft 1943/44, bei der er durch ein 4:2-Heimsieg in der ersten Runde gegen die Kickers Offenbach das Achtelfinale erreichte, dort jedoch der KSG FV/AK Saarbrücken mit 3:5 unterlag. In dieser Saison gab es keine Absteiger. Einzig der FC Hagenau zog sich nach der Saison kriegsbedingt zurück. Da die kommende Spielzeit zwar geplant, aber nicht mehr ausgespielt wurde, ist dies die letzte abgeschlossene Spielzeit der Gauliga Elsaß.
