Chaseviridae

Chaseviridae
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Duplodnaviria Reich: Heunggongvirae Phylum: Uroviricota Klasse: Caudoviricetes Ordnung: incertae sedis Familie: Chaseviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear Baltimore: Gruppe 1 Symmetrie: ikosaedrisch, tailed (Myoviren)
Wissenschaftlicher Name
Chaseviridae
Links
NCBI Taxonomy: 2731689 ICTV Taxon History: 201907737

Chaseviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von Viren mit sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), deren natürlichen Wirte Mitglieder der bakteriellen Klasse Gammaproteobacteria sind – solche bakteriellen Viren nennt man auch Bakteriophagen. Der erste isolierte Phage von diesem Typ war der Escherichia-Phage φEcoM-GJ1.

Etymologie

Der Name der Familie,

Chase

, wurde zu Ehren von

Martha Cowles Chase

(1927–2003) gewählt, die zusammen mit

Alfred Hershey

experimentell nachgewiesen hat, dass das genetische Material (Erbmaterial) aus DNA (und nicht Protein) besteht (Hershey-Chase-Experiment).

Beschreibung

Mitglieder dieser Familie gehören zur Klasse Caudoviricetes (Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur) mit isometrischen (nicht etwa langgestreckten) Köpfen und sind vom Morphotyp Myoviren. Die Köpfe haben einen Durchmesser von ca. 62 nm, die kontraktilen Schwänze eine Länge von ca. 120 nm. Die Wirte sind Bakterien der Gattungen Aeromonas, Erwinia, Escherichia, Pectobacterium und Shewanella, alles Mitglieder der Klasse der Gammaproteobakterien.

Das Genom der Mitglieder der Chaseviridae hat im Durchschnitt eine Länge von 54,2 kbp (Kilobasenpaaren), darunter sind ca. 2,6 kbp direkte terminale Wiederholungen (englisch direct terminal repeats, DTRs). Der GC-Gehalt liegt bei ca. 46,5 mol% (43,6 – 52,8 mol%). Das Genom kodiert für etwa 77 Proteine und in einigen Fällen auch für eine tRNA (Transfer-RNA). Außer dort, wo Gattungen mit mehreren Arten identifiziert haben, zeigen die Mitglieder dieser Gruppe als Ganzes nur eine sehr geringe Verwandtschaft in der DNA-Sequenz, was mit der Bandbreite des GC-Gehalts korreliert.

Auf der Proteinebene (Proteom) teilen sich Erwinia-Phagen vB_ EamM-Y2 und Shewanella-Phagen SpYZU05 34,8 % Homologe. Zu den gemeinsamen Proteinen gehören die RNA-Polymerase, die DNA-Polymerase, die Primase und die Exonuklease. In den Analysen von Adriaenssens, Krupovic et al. (2020) gruppierten sich Aeromonas-Phage pAh6-C, Escherichia-Phage φEcoM-GJ1, Erwinia-Phage vB_EamM-Y2, Pectobacterium-Phage PM1 und Shewanella-Phage Spp001 in ein Cluster. Diese Analyse legte die Abgrenzung zweier Unterfamilien nahe: die eine umfasst die Gattungen Carltongylesvirus, Faunusvirus, Loessnervirus und Suwonvirus; die andere umfasst die Gattungen Pahsextavirus und Yushanvirus.

Systematik

Gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) gliedert sich die Familie Chaseviridae mit Stand 11. Februar 2021 wie folgt in Unterfamilien, Gattungen und Arten (von letzteren ist hier nur eine Auswahl wiedergegeben, zusammen mit einer Auswahl an Vorschlägen nach NCBI in Anführungszeichen):

Familie Chaseviridae

• Unterfamilie Cleopatravirinae

• Gattung Carltongylesvirus

• Spezies Escherichia-Virus GJ1 (englisch
  Escherichia virus GJ1
  , Typus, mit Escherichia-Phage phiEcoM-GJ1, φEcoM-GJ1)
• Spezies Escherichia-Virus ST32 (en.
  Escherichia virus ST32
  )
• Spezies „Escherichia-Phage flopper“ (en. „
  Escherichia phage flopper
  “)

• Gattung Faunusvirus (nicht zu verwechseln mit der vorgeschlagenen Spezies „Faunusvirus sp.“ der Cafeteriaviren, Familie Mimiviridae)

• Spezies Erwinia-Virus Faunus (en.
  Erwinia virus Faunus
  , Typus)

• Gattung Loessnervirus

• Spezies Erwinia-Virus Y2 (en.
  Erwinia virus Y2
  , Typus, mit Erwinia-Phage vB_EamM-Y2)

• Gattung Myducvirus

• Spezies Proteus-Virus Myduc (en.
  Proteus virus Myduc
  ) mit Proteus-Phage Myduc (en.
  Proteus phage Myduc
  )

• Gattung Sabourvirus

• Spezies Escherichia-Virus 4HA13 (en.
  Escherichia virus 4HA13
  ) mit Escherichia-Phage vB_EcoM_4HA13 (en.
  Escherichia phage vB_EcoM_4HA13
  )

• Gattung Suwonvirus

• Spezies Pectobacterium-Virus PM1 (en.
  Pectobacterium virus PM1
  , Typus)
• Spezies Pectobacterium-Virus PP101 (en.
  Pectobacterium virus PP101
  )

• Unterfamilie Nefertitivirinae

• Gattung Pahsextavirus

• Spezies Aeromonas-Virus pAh6C (en.
  Aeromonas virus pAh6C
  , Typus)
• Spezies „Aeromonas-Phage PVN02“ (en. „
  Aeromonas phage PVN02
  “)

• Gattung Yushanvirus

• Spezies Shewanella-Virus Spp001 (en.
  Shewanella virus Spp001
  , Typus, mit Shewanella-Phage Spp001)
• Spezies Shewanella-Virus SppYZU05 (en.
  Shewanella virus SppYZU05
  , mit Shewanella-Phage SppYZU05)