Diskussion:Methanbildner

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Das „Methan-Plus-Bakterien“-Thema (MPBT) im Artikel Methanbildner

Am Beginn des Artikels Methanbildner (Version 11:05, 22. Apr. 2018) finden sich vier Begriffe, die Gruppen kennzeichnen:

„Methanbildner“, „Methanogene“, „Methanbakterien“ und „Methanobacteria“.

Diese Begriffe, welche die Wörter „Methan“ und „Bakterien“ integrieren, sind aus historischen Gründen oft mehrdeutig und führen zu dem Erfordernis, sie gut abzugrenzen. Dieses Erfordernis nenne ich (Dirk123456) hier „Methan-Plus-Bakterien“-Thema.

  1. Die Zuordnung zwischen den „Methanbildnern“ und „Methanogenen“ ist einfach; es sind echte Synonyme. Die Methanbildner sind eine physiologische bzw. ökologische Gruppe.
  2. Eine sinnvolle Zuordnung zwischen „Methanbildnern“ und „Methanbakterien“ bestand früher, ist aber heute nicht mehr gegeben, da die Methanbildner weder im taxonomischen noch im morphologischen Sinne Bakterien sind (sie gehören nicht in die Domäne Bacteria und nicht alle Methanbildner sind bakterienförmig). 1956 wurde der Begriff “methane bacteria” (also „Methanbakterien“) von Barker mehr oder weniger letztmalig relativ eindeutig verwendet (H. A. Barker: Bacterial fermentations. Hrsg.: John Wiley and Sons. New York 1956, S. 1–95. https://archive.org/details/bacterialferment00bark/page/n9). Barker (1956) meinte, dass man die “methane bacteria” durchaus als physiologische Familie Methanobacteriaceae bezeichnen könne. Daher ist die Formulierung im ersten Satz des Artikels (Version 11:05, 22. Apr. 2018) knapp und richtig: „Als Methanbildner oder Methanogene (früher auch Methanbakterien genannt) werden ... bezeichnet, ...“.
  3. Auf der rechten Seite befindet sich eine Taxobox mit der Klasse „Methanobacteria“ (Methanobacteria Boone 2002). Die Bezeichnung „Methanobacteria“ klingt so ähnlich und sieht so ähnlich aus, wie die “methane bacteria” von Barker (1956) bzw. wie „Methanbakterien“. Allerdings ist die taxonomische Klasse Methanobacteria Boone 2002 kein Synonym für einen der anderen Begriffe (also weder für „Methanbildner“ bzw. „Methanogene“, noch für “methane bacteria” bzw. „Methanbakterien“), da diese anderen Begriffe eine physiologische/ ökologische Gruppe abbilden oder/ und mehrdeutig sind. „Methanbakterien“ eignet sich somit nicht wirklich als deutsche Übersetzung des wissenschaftlichen Namens „Methanobacteria Boone 2002“.

Da die verschiedenen Begriffe im Artikel in kompakter Form und in räumlicher Nähe zueinander angeboten werden, könnte beim Leser meiner Ansicht nach der folgende (täuschende) Eindruck entstehen:

„Methanbildner“ = „Methanogene“ = „Methanbakterien“{früher} = „Methanobacteria“{Klasse}.

Selbst wenn man die Angaben so interpretieren würde:

Früher: „Methanbildner“ = „Methanogene“ = „Methanbakterien“

könnte man die Klasse „Methanobacteria Boone 2002“ schwer einordnen, da es sie früher nicht gab: Beschreibung 2001 [D. R. Boone: Class I. Methanobacteria class. nov. ... 2001, S. 213, doi:10.1007/978-0-387-21609-6.] und Anerkennung 2002 [IUMS, doi:10.1099/00207713-52-3-685]. Der Namen wurde jedoch von einer Gattung abgeleitet, die es schon 1936 gab (Methanobacterium Kluyver & van Niel 1936).

Im Abschnitt Taxonomie werden dann mehrere Klassen angegeben, in denen Methanbildner geführt werden, z. B. die „Methanobacteria Boone 2002“ aber auch die „Methanococci Boone 2002“ und weitere. Hier wird nicht ohne weiteres klar, warum weiter oben nur die eine Klasse (Methanobacteria Boone 2002) eine Taxobox hat und die anderen Klassen nicht.

Unterhalb der Auflistung von Ordnungen in ihren Klassen im Abschnitt Taxonomie kommt dann eine Erläuterung dessen, was ich hier als „Methan-Plus-Bakterien“-Thema bezeichnet habe. Es ist alles richtig, erklärt aber auch nicht die isolierte Anwesenheit der Methanobacteria-Taxobox weiter oben. (Ich hätte jetzt beinahe „Methanbakterien-Taxobox“ geschrieben ... ;-)

Nun könnte man einfach die Taxobox oben im Artikel heraus nehmen, da die Methanogenen ohnehin keine taxonomische Gruppe sind und alles wäre gut ... oder? Es existieren Weiterleitungen (von „Methanbakterien“, „Metanogene“ und „Methanobacteria“) zum Artikel „Methanbildner“, sowie Verknüpfungen zu anderen Sprachen. Daher sollten die weitergeleiteten Begriffe behandelt werden.

Ich habe darüber nachgedacht, ob weitere Begriffe zur Erklärung hilfreich seien (z. B. „methanogene Bakterien“ wegen der häufig verwendeten “methanogen bacteria” oder „Methnobakterien“ als Übersetzung für die „Methanobacteria“) und bin zu dem Schluss gekommen, dass dies für sich genommen kontraproduktiv wäre.

Weiterhin habe ich überlegt, ob man aus den Weiterleitungen nicht Artikel und/ oder Begriffserklärungsseiten machen sollte. Der Aufwand dafür wäre erheblich.

Daher bin ich zu dem Schluss gelangt, erst mal lieber kleine, stufenweise Anpassungen vorzunehmen:

  • Stufe 1: Die Einleitung wird ein wenig modifiziert, so dass die Bezüge zu den verwendeten Ausdrücken, vor allem zu jenen Begriffen, die wegen der Weiterleitungen auftauchen sollten, ersichtlich werden.
  • Stufe 2: Es wird ein Abschnitt „Begriffsabgrenzung“ eingefügt, in welchem sich vor allem die Begriffe des „Methan-Plus-Bakterien“-Themas mit ihren Erläuterungen finden.

Der Ausbau der Stufen wird auf dieser Diskussionsseite dokumentiert; die voraussichtlichen Überschriften sind:

Ich danke allen, die den Artikel in seine bisherige Form gebracht haben! Es ist (soweit ich das beurteilen kann) alles richtig. Ich hoffe nun, dass sich Fakten noch etwas stimmiger zusammen stellen lassen.

Viele Grüße,
--Dirk123456 (Diskussion) 15:28, 10. Jul. 2019 (CEST)

MPBT Stufe 1

MPBT Stufe 1 („Methan-Plus-Bakterien“-Thema, Anpassung Stufe 1) dient der Dokumention von Anpassungen im Artikel Methanbakterien; siehe auch Abschnitt #Das „Methan-Plus-Bakterien“-Thema (MPBT) im Artikel Methanbildner (auf dieser Diskussionsseite).
--Dirk123456 (Diskussion) 15:35, 10. Jul. 2019 (CEST)

--Dirk123456 (Diskussion) 16:38, 10. Jul. 2019 (CEST)

MPBT Stufe 2

MPBT Stufe 2 („Methan-Plus-Bakterien“-Thema, Anpassung Stufe 2) dient der Dokumention von Anpassungen im Artikel Methanbakterien; siehe auch Abschnitt #Das „Methan-Plus-Bakterien“-Thema (MPBT) im Artikel Methanbildner (auf dieser Diskussionsseite).
--Dirk123456 (Diskussion) 06:44, 11. Jul. 2019 (CEST)

--Dirk123456 (Diskussion) 07:27, 11. Jul. 2019 (CEST)
--Dirk123456 (Diskussion) 08:26, 11. Jul. 2019 (CEST)
--Dirk123456 (Diskussion) 16:13, 13. Jul. 2019 (CEST)
--Dirk123456 (Diskussion) 16:42, 13. Jul. 2019 (CEST)

MPBT, Stufen 2.1 und 2.2

An drei Stellen wird ein Austausch von Text erfolgen, um MPBT Stufe 2 umzusetzen. Die Stellen werden durch Planungskommentare gekennzeichnet. Stufe 2.1 ist die Vorbereitung des Textaustausches, Stufe 2.2 ist der Austausch selbst.

Planungskommentare:

<!-- Textblock A - MPBT - Einleitung -->
<!-- Siehe Diskussion "MPBT, Stufen 2.1 und 2.2" -->
<!-- In der Einleitung werden Anpassungen vorgenommen, um das "Methan-Plus-Bakterien"-Thema besser darzustellen; Verlinkung zu einem (neuen) Abschnitt "Begriffsabgrenzung". -->
<!-- Umsetzung: Stufe 2.x -->
<!-- Textblock B - MPBT - Taxonomie -->
<!-- Siehe Diskussion "MPBT, Stufen 2.1 und 2.2" -->
<!-- Im Abschnitt "Taxonomie" wird der Text einkürzt, um das "Methan-Plus-Bakterien"-Thema besser darzustellen; Verlinkung zu einem (neuen) Abschnitt "Begriffsabgrenzung". -->
<!-- Umsetzung: Stufe 2.x -->
<!-- Textblock C - MPBT - Begriffsabgrenzung -->
<!-- Vor dem Abschnitt "Literatur" wird ein neuer Abschnitt "Begriffsabgrenzung" eingefügt, um das "Methan-Plus-Bakterien"-Thema besser darzustellen. -->
<!-- Siehe Diskussion "MPBT, Stufen 2.1 und 2.2" -->
<!-- Umsetzung: Stufe 2.x -->

--Dirk123456 (Diskussion) 15:21, 13. Jul. 2019 (CEST)

--Dirk123456 (Diskussion) 18:19, 13. Jul. 2019 (CEST)

Abschluss der Stufen 1 und 2 der „Methan-Plus-Bakterien“-Themas (MPBT)

Hallo,

ich erachte jetzt die beiden Stufen (1 und 2) des „Methan-Plus-Bakterien“-Themas (MPBT) für abgeschlossen.

Darstellung des Themas in dieser Diskussion, Abschnitt ↑#Das „Methan-Plus-Bakterien“-Thema (MPBT) im Artikel Methanbildner↑.

(Weitere Abschitte: ↑#MPBT Stufe 1↑ / ↑#MPBT Stufe 2↑ / ↑#MPBT, Stufen 2.1 und 2.2↑).

  • Endversion von Stufe 2: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=Methanbildner&oldid=190395011 | 13. Juli 2019 um 13:57
    Der Artikelbeginn (Einleitung) enthält jetzt eine kurze Kommentierung der zum Artikel Methanbildner weitergeleiteten Begriffe, keine Taxobox und einen Verweis auf den Abschnitt Begriffsabgrenzung. Im Abschnitt Taxonomie taucht an entsprechender Stelle ebenfalls ein solcher Verweis auf. Der neue Abschnitt Begriffsabgrenzung enthält die beiden Unterabschnitte „Methanbakterien“ und Methanbildner sowie Methanobacteria und Methanbildner. Diese Abschnitte sind einerseits Begriffsabgrenzungen (deshalb der Zusatz ... und Methanbildner in den Überschriften), dienen aber andererseits auch als Ersatz für eigenständige Artikel.

Das Thema, welches ich „Methan-Plus-Bakterien“ genannt habe, ist wahrscheinlich noch nicht völlig durch, aber die beiden „Ausbaustufen“ 1 und 2 sind es erst einmal { :- ) und ich bin es wahrscheinlich auch; zumindest ließe sich so erklären, warum ich en statt a in einen Änderungskommentar geschrieben habe ( hier bitte nicht klicken!   { ;- )

Viele Grüße,
--Dirk123456 (Diskussion) 17:17, 14. Jul. 2019 (CEST)

Ordnungen, Klassen und Reihenfolge

Wenn bei Bakterien oder Archaeen eine neue Ordnung anerkannt wird, dann kann das ohne Eingliederung in ein höheres Taxon, mit Eingliederung in eine bereits vorhandene Klasse oder durch gleichzeitige Anerkennung in der darüber liegenden Klasse erfolgen. Bei den Methanogenen tritt das alles auf; hinzu kommt, dass einige neue Klassen anerkannt wurden, die nur genau eine Ordnung enthalten. Die jeweilige Ordnung wurde sozusagen zur Klasse „aufgeweitet“.

Da einige Ordnungen quasi das Gleiche sind, wie ihre Klassen, während andere Ordnungen keine oder eine unsichere Zuordnung aufwiesen/ aufweisen, wurden bei früheren Untersuchungen der Methanogenen vorrangig die Ordnungen angegeben. Es wurde üblich, die Ordnungen nach der zeitlichen Reihenfolge ihrer Beschreibung zu nummerieren, so dass die Methanomassiliicoccales beispielsweise als die siebente Ordnung bezeichnet wurden (z. B. Enzmann et al. 2018; PMID 29302756).

Im Wikipedia-Artikel "Methanbildner" wurde im Abschnitt "Taxonomie" eine Liste mit der Zuordnung von Klassen und Ordnungen eingefügt, wobei diese Zuordnung am 8. August 2014 der LPSN entnommen wurde (diff=132898239&oldid=115966241). Die Ordnung Methanomassiliicoccales gehört zur Klasse Thermoplasma und war nicht in dieser Liste vertreten. Die Thermoplasma enthalten sowohl methanogene, als auch nicht-methanogene Archaeen. Im Juli 2019 hatte ich in der LPSN gefunden, dass zwar die »Methanomassiliicoccales Iino et al. 2013« als bestätigte Ordnung angegeben, aber nach wie vor nicht in eine Klasse eingegliedert wurden. Daher beließ ich die Liste im Artikel so, wie sie war, behielt das ursprüngliche Abrufdatum vom 8. August 2014 bei und beschrieb die Verhältnisse zur siebente Ordnung, Methanomassiliicoccales, separat (diff=190325985&oldid=190324664).

Als dann am 1. Dezember 2019 dem Artikel eine weitere Ordnung, Methanonatronarchaeales, hinzu gefügt wurde (diff=194553767&oldid=193883473), war die komplizierte Nummerierung offensichtlich im Weg. Die Ordnung »Methanonatronarchaeale Sorokin et al. 2018« kommt, zeitlich gesehen, nach den »Methanomassiliicoccales Iino et al. 2013«, wäre also mindestens die achte Ordnung.

In der bisherigen Liste mit den Klassen und Ordnungen im Artikel (oldid=194553767, am 1. Dezember 2019), die ausschließlich Taxa der Abteilung Euryarchaeota enthält, die durch methanogene Archaeen dominiert werden, sind die Methanonatronarchaeale aber als die siebente Ordnung (aber an der vierten Stelle) eingeordnet wurden, weil die Methanomassiliicoccales dort (aus den zuvor genannten Gründen) nicht aufgenommen worden waren.

Hinzu kommt, dass auch die verschiedenen Datumsangaben irritieren (Juni 2019 im Text und 8. August 2014 in der Fußnote).

Unter dem Strich wird es nach der Anerkennung der Methanomassiliicoccales im Jahr 2013 unüblich, eine zeitliche Nummerierung anzuwenden, unter anderem deshalb, weil man zusätzlich angeben müsste, ob sich diese Nummerierung nur auf die Abteilung Euryachaeota oder doch auf alle Archaea beziehen soll und ob die vorläufige Benennung, die wissenschaftliche Beschreibung, die Anerkennung durch die IUMS oder die Aufnahme in einen „autorisierten Katalog“ (z. B. Online-Datenbank LPSN) als Maßstab gelten soll.

Daher habe ich folgenden Plan:

Erstens:

  • Zeitliche Nummerierung nur bis zur siebenten Ordnung (Methanomassiliicoccales), Anpassung des Textes (Abschnitt Taxonomie)
  • Austausch der bisherigen Klassen- und Ordnungen-Liste durch eine neue Liste, die deutlich komplizierter ist, als vorübergehender Ersatz für die alte Liste

Zweitens:

  • Entfernung der komplizierten Liste, die verschiedene Nachteile hat:
    • Liste lässt sich schwer Warten/ Aktualisieren, da komplizierte Formatierung
    • Liste gibt nur ungefähr die realen Verhältnisse wieder, da Taxonomie und Methanogenese sich nur bedingt überlappen
    • Liste könnte erneut zu Verwirrungen führen, da sie suggeriert, dass alle Methanogenen "Methano..." heißen müssten
    • Liste enthält nur Euryachaeota und ist trotzdem recht lang
    • ...

MfG --~~ (nicht signierter Beitrag von Dirk123456 (Diskussion | Beiträge) 18:07, 22. Mai 2020 (CEST))

Umsetzung
Erstens -- Ausgangspunkt bis zur korrigierten Version mit der Liste "Namen von Klassen und Ordnungen in der Abteilung Euryarchaeota":
Zweitens -- Mit und ohne Liste:
Beides -- Ausgangspunkt bis zum Abschluss:
MfG --Dirk123456 (Diskussion) 20:08, 22. Mai 2020 (CEST)

Methanomonada nicht überall

Hallo, in diesem Beitrag geht mir um einen Eintrag („Methanomada-Gruppe“) in einer Übersichtsbox, die sich weiter unten im Wikipedia-Artikel Methanbildner befindet.

Inhalt:   Hintergrund↓  |  Detalierte Beschreibung↓  |  Zusammenfassung↓  |  Plan↓  |  Beitragsende↓  

Hintergrund:

Der jetzige Wikipedia-Artikel Methanbildner basiert auf einem Artikel, der früher den Lemma-Titel „Methanbakterien“ hatte. Durch diese Artikel-Geschichte mit einer veralteten und mehrdeutigen Benennung bestand die Gefahr der Verwechselung mit mehreren gültigen Namen von Taxa, die zwar mit der Gruppe der Methanbildner etwas zu tun haben, aber keine Synonyme sind. Besonders schwierig ist in diesem Zusammenhang die „Klasse Methanobacteria“, die in Form eines Kastens – mithilfe einer Einbindung der Vorlage:Taxobox – bis Juli 2019 am Anfang der Einleitung des Artikels zu finden war.

Ich hatte im Juli 2019 Anstrengungen unternommen, eine bessere Abgrenzung der verschiedenen Begriffe vorzunehmen. Die entsprechenden Artikel-Änderungen zu dem von mir so genannten „Methan-Plus-Bakterien“-Thema (MPBT) hatte ich in der Diskussion erläutert und sie sind dort protokolliert (Abschluss 14. Juli 2019: Diskussion:Methanbildner&oldid=190427834).

Da es keinen eigenen Artikel für die Klasse „Methanobacteria“ gibt, sondern nur eine Weiterleitung auf den Artikel für die physiologisch-ökologisch definierte Gruppe „Methanbildner“, entschied ich mich damals, als Ersatz eine entsprechende Taxobox für die Methanobacteria weiter unten in diesem anderen Artikel für die Methanbildner unterzubringen, und zwar in einem besonderen Abschnitt: „Methanobacteria und Methanbildner“.

In dieser Taxobox gibt es aktuell einen zusätzlichen Eintrag zur inoffiziellen „Methanomada-Gruppe“, der im Fließtext an dieser Stelle nicht erklärt wird.

Detalierte Beschreibung:

In der gegenwärtigen Artikel-Version (seit 12.2.’22: oldid=220111137) wurde im Gegensatz zu vorher (diff=220111137&oldid=220070395) im Abschnitt „Methanobacteria und Methanbildner“ ein zusätzlicher Eintrag in einer Einbindung der Vorlage:Taxobox zwischen den Rängen „Abteilung: Euryarchaeota“ und „Klasse: Methanobacteria“ eingefügt, nämlich „ohne Rang: Methanomada-Gruppe“.

Diese Methanomada-Gruppe wird bereits im Abschnitt „Taxonomie“ als „Superklasse Methanomonada“ genauer beleuchtet (seit 23.7.’19: oldid=190695721#Taxonomie) und das ganze komplexe Thema hinsichtlich der verschiedenen Kategorien (Superklassen, Kladen, Gruppen-Bezeichnungen mit römischen Ziffern usw. usf.) wird dort beschrieben und ist mit entsprechenden Belegen versehen worden.

Es gibt offizielle Taxa, die von IUMS anerkannt werden und solche Einteilungskategorien, die keine Taxa eines offiziellen Nomenklatur- und Klassifikationssystems sind, z. B., weil sie noch nicht bestätigt wurden. Eine Benennung kann aber auch einem anderen Zweck dienen, z. B. dazu, eine einzelne Klade bei speziellen phylogenetischen Untersuchungen anzusprechen zu können; sie muss dann kein Name eines offiziellen Taxons sein.

Die Präsentation des offiziellen Nomenklatursystems laut IUMS bei den Bakterien und Archaeen erfolgt durch die Online-Datenbank LPSN. Für die zusätzliche Angabe zu den Methanomonada in der gegenwärtigen Artikel-Version wurde in der Taxobox unter den Überschriften „Begriffsabgrenzung“ => „Methanobacteria und Methanbildner“ im Kommentar eine andere Online-Datenbank erwähnt, nämlich das NCBI (Wikitext: | Taxon2_Name = Methanomada-Gruppe<!--NCBI-->). Das NCBI gibt aber selbst an, keine Autorität hinsichtlich der offiziellen Taxonomie zu besitzen. Konkret wird dazu auf allen Seiten des NCBI-Taxonomie-Browsers – z. B. auch auf der Seite für die „Methanomada group“ (unter ...id=2283794) – ein Haftungsausschluss als Fußnote angegeben:

  • „Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information.“
  • Der Text als ungefähre Übersetzung: „Haftungsausschluss: Die Taxonomie-Datenbank des NCBI ist keine maßgebliche Quelle für Nomenklatur oder Klassifikation – bitte konsultieren Sie die relevante wissenschaftliche Literatur für diejenigen Informationen, die am zuverlässigsten sind.“

Maßgeblich sind in diesem Kontext – wie bereits erwähnt – die entsprechenden Informationen der IUMS bzw. der Datenbank LPSN. Für die Klasse Methanobacteria (siehe in LPSN: .../methanobacteria), werden Abhängigkeiten zu über- und untergeordneten Taxa ungefähr wie folgt angegeben, wobei ich hier zur Verdeutlichung Pfeile (→) eingesetzt habe:

  • Parent taxon: "Euryarchaeota" Garrity and Holt 2001 → Name: Methanobacteria Boone 2002 → Child Taxa: Methanobacteriales Balch and Wolfe 1981

Das übergeordnete Taxon („Parent“ = „Elter“) ist bei LPSN in Anführungszeichen gesetzt ("..."), was dort anzeigen soll, dass es kein offiziell anerkanntes Taxon ist. Das Phylum bzw. die Abteilung "Euryarchaeota" hat den

also den Nomenklaturstatus: „nicht gültig veröffentlicht“. Allerdings wurden die "Euryarchaeota" ursprünglich zusammen mit darunter eingeordneten Taxa veröffentlicht. Das Phylum bzw. die Abteilung "Euryarchaeota" selbst ist zwar in einer sogenannten Validierungsliste (Nr. 85) selbst nicht anerkennt worden, aber alle ihre untergeordneten Taxa aus der ursprünglichen Veröffentlichung, z. B. die Methanobacteria. Die Klasse Methanobacteria hat den

also den Nomenklaturstatus: „gültig veröffentlicht unter dem ICNP“. Der Grund dafür, dass die Klasse (Class Methanobacteria) zwar gültig gemacht wurde, das Phylum bzw. die Abteilung (Phylum "Euryarchaeota") aber nicht, war der sogenannte „Bacteriological Code“ (ICNB: International Code of Nomenclature of Bacteria). Aus diesem Regelwerk abgeleitet wurde später der ICNP entwickelt, der International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Beide Codes, der „bakteriologische“ wie auch der spätere mit der Benennung in Bezug auf die Prokaryoten, erlauben offizielle Taxa nur bis zum Rang „Class“ und nicht darüber.

Da es im Wikipedia-Artikel unter den Überschriften „Begriffsabgrenzung“ => „Methanobacteria und Methanbildner“ nur um solche Namen geht, die aus bestimmten Gründen verwechselt werden könnten, habe ich in der entsprechenden Taxobox für die Klasse „Methanobacteria Boone 2002“ zwar auch inoffizielle Taxa eingetragen, aber nur diejenigen, die damals auch in der LPSN als übergeordnete Taxa für die Methanobacteria gefunden werden konnten (Zeitraum in der Taxobox: von Artikel-Version oldid=190395011, Bearbeitung am 13.7.'19, bis einschließlich Artikel-Version oldid=220070395, Bearbeitung am 10.2.'22). Die damals (im Juli 2019) gefundenen Angaben zu den taxonomischen Rängen entsprechen den heute (am 17. Feb. 2022) von mir in der LPSN gefundenen Angaben:

In dieser Liste ist die „Rangleiter“ der Taxa vom höchsten möglichen Rang (Domain, Domäne) bis zum namensgebenden, niedrigsten Rang (Genus, Gattung) dargestellt, in welcher das Namensmuster /Methanobacteri(a|ales|aceae|um)/ vorkommt. Weiterhin ist auch die Typusart der Gattung die gleiche wie damals:

Für die neu in der Taxobox im Wikipedia-Artikel eingetragene Superklasse Methanomada gibt es folgende Angaben unter LPSN:

Die Superklasse hat zwar einen Typus, nämlich die Klasse Methanobacteria („Type class: Methanobacteria Boone 2002“), aber kein übergeordnetes Elterntaxon („Parent taxon“). Der Nomenklaturstatus ist „nicht gültig publiziert“ („Nomenclatural status: not validly published“).

  • „Notes: [...] The taxonomic category of this name is not currently in use in the LPSN hierarchy. For this reason, this name does not have a parent taxon and does not have child taxa.“
  • Übersetzt: „Anmerkungen: [...] Die taxonomische Kategorie dieses Namens wird derzeit in der LPSN-Hierarchie nicht verwendet. Aus diesem Grund hat dieser Name kein übergeordnetes Taxon und keine untergeordneten Taxa.“

Zusammenfassung:

Der Rang „Superklasse“ ist keine offizielle taxonomiosche Kategorie und die Superklasse namens "Methanomada" ist somit auch nicht offiziell. Das inoffizielle Taxon wird bereits an anderer Stelle, unter der Überschrift „Taxonomie“, beschrieben. Da es im Wikipedia-Artikel unter der Überschrift „Methanobacteria und Methanbildner“ lediglich um die Verwechslungsmöglichkeiten einiger Namen heutiger Taxa mit einer mehrdeutigen, früheren Benennung für die Methanbildner geht, sind dort vor der aktuellen Artikel-Version weder im Fließtext noch in der Taxobox Namen aufgetaucht, die man für die Darstellung des Themas nicht braucht. Das heißt, weder offizielle Namen (z. B. Methanococci) noch inoffizielle Namen (z. B. "Methanomicrobia") fanden dort Erwähnung, wenn sie nicht unmittelbar mit dem offiziellen Taxon Methanobacteria zu tun hatten. Die Verhältnisse in der Taxonomie haben sich, so wie sie in der offiziellen Datenbank LPSN dargestellt werden, in Hinblick auf die Methanobacteria nicht geändert, seitdem der Abschnitt „Methanobacteria und Methanbildner“ im Wikipedia-Artikel eingefügt wurde. Der zusätzliche Eintrag für die inoffizielle Superklasse "Methanomada" mit der Rangangabe „ohne Rang“ in der aktuellen Artikelversion in der Taxobox ist nicht notwendig und erscheint wenig geeignet, die nebenstehende Darstellung im Fließtext zu unterstützen.

Plan:

  • Unmittelbar: Der Eintrag mit dem Namen "Methanomada" wird aus der Einbindung der Vorlage:Taxobox im Abschnitt „Methanobacteria und Methanbildner“ herausgenommen.
  • Vielleicht irgendwann später einmal: Die Taxobox im Abschnitt „Methanobacteria und Methanbildner“ wäre entbehrlich, wenn man eine andere Möglichkeit finden würde, als das Stichwort „Methanobacteria“, welches eine taxonomische Klasse benennt, auf einen solchen Artikel umzuleiten (Methanbildner), welcher in erster Linie in der „Kategorie:Lebewesen – Ökologische Gruppe“ steht.

Am Ende werde ich die Umsetzung des unmittelbaren Plans unterhalb dieses Beitrags hier dokumentieren.

|   Zum Beitragsanfang↑  |  Zur Überschrift↑  |

MfG --Dirk123456 (Diskussion) 13:30, 17. Feb. 2022 (CET)

Umsetzung des unmittelbaren Plans:
Letzte Version ohne Methanomonada-Gruppe in der Taxobox vor den Änderungen:
Erste Version mit Methanomonada-Gruppe in der Taxobox:
Zwei weitere zwischenzeitliche Versionen mit kleinen Änderungen:
Neue Version ohne Methanomonada-Gruppe in der Taxobox:
Vergleich der letzten Version ohne Methanomonada-Gruppe und der ersten Version mit Methanomonada-Gruppe in der Taxobox:
Vergleich der letzten Version ohne Methanomonada-Gruppe und der neuen Version ohne Methanomonada-Gruppe in der Taxobox:
|  Zum Anfang des vorausgehenden Beitrags (#Dirk123456.2022-0217.monada-tax)↑  |  Zum Plan↑  |  Zur Überschrift „Methanomonada nicht überall“↑  |
MfG --Dirk123456 (Diskussion) 14:56, 17. Feb. 2022 (CET)

Sieben und Nachfolger

Hallo, in diesem Beitrag geht es mir um die Frage, inwiefern eine Angabe der zeitlichen Reihenfolge – die früher eindeutig war und später nicht mehr – für die Gründung, Benennung und Anerkennung von Taxa mit methanogenen Archaeen richtig sein kann und sinnvoll ist.

Inhalt:

Hintergrund

Anfangs waren die Verhältnisse einfach, da jedes Taxon von prokaryotischen Mikroorganismen (die alle „Bakterien“ hießen) entweder ausschließlich methanogene Mikroben enthielt oder ausschließlich solche Mikroben, die nicht methanogen sind. Aber bereits 1986 wurde klar, dass einige Methanogene mit nicht-methanogene Mikroben enger verwandt sind als mit anderen methanogenen Mikroben. Bis 2001 wurden für die Methanogenen nur Taxa bis zum Rang „Ordnung“ definiert, in denen das Phänomen vorerst nicht auftrat, dass auch nicht-methanogene Mikroben im selben Taxon stehen müssten.

Obgleich ab 2002 auch Klassen gültig gemacht wurden, gab es bis 2012 noch keine Klassen, die sowohl methanogene als auch nicht-methanogene Mikroben enthielten. Im Jahr 2013 änderte sich das, da die neue Ordnung Methanomassiliicoccales vorgeschlagen und in der Klasse Thermoplasmata gesehen wurde (effektive Veröffentlichung: Iino et al. 2013; PMID 23524372). In der Online-Datenbank LPSN stellt es sich gegenwärtig so dar (21. Feb. 2022):

  • Die „Class Thermoplasmata“ (Name: Thermoplasmata Reysenbach 2002; .../thermoplasmata) gehört in das „Phylum "Euryarchaeota"“ (Name: "Euryarchaeota" Garrity and Holt 2001; .../euryarchaeota) und hat die „Order Thermoplasmatales“ (Name: Thermoplasmatales Reysenbach 2002; ...thermoplasmatales) als Typordnung. Die zweite Ordnung in dieser Klasse ist die „Order Methanomassiliicoccales“ (Name: Methanomassiliicoccales Iino et al. 2013; .../methanomassiliicoccales).

Die Ordnung Methanomassiliicoccales war zum Zeitpunkt ihrer Veröffentlichung zwar die siebente Ordnung, welche Methanogene enthielt, aber sie war die erste Ordnung, die in eine Klasse gestellt wurde, die danach gleichzeitig sowohl nicht-methanoge als auch methanogene Mikroben enthielt.

Sieben plus viele gleich acht?

Bis zur siebenten Ordnung von Methanogenen insgesamt, die auch die 7. Ordnung von Methanogenen innerhalb des Phyllums Euryarchaeota ist, wurde noch mitgezählt (z. B. bei Enzmann et al. 2018; PMID 29302756). Nach dieser siebenten Ordnung von Methanogenen wurde eine Fortführung der Nummerierung in der Literatur eher nicht mehr verwendet, da sie unpraktikabel wurde. Das liegt vor allem daran, dass die physiologische Eigenschaft, Methan zu produzieren (oder auch nicht) und phylogenetische Verwandtschaft zwischen Mikroben mitnichten deckungsgleich ist.

Im Wikipedia-Artikel Methanbildner wurde aus historischen Gründen unter der Überschrift „Taxonomie“ ebenfalls eine Zählung bis zur siebenten Ordnung eingetragen (seit 22. April 2018: diff=prev&oldid=176760760) und ein Beleg für diese Nummer angegeben (Enzmann et al. 2018; PMID 29302756).

Dadurch, dass zwar eine siebente Ordnung angegeben wurde, aber keine achte, kam es zu Missverständnissen. So wurde zwischenzeitlich im Wikipedia-Artikel aus der eigentlich siebenten Ordnung die achte gemacht (am 1. Dez. 2019: diff=prev&oldid=194553767), weil die Reihenfolge der Erwähnung im Artikel mit der zeitlichen Reichenfolge der Gründung des Taxons verwechselt wurde. Zur Korrektur gibt es einen Diskussionsabschnitt (Abschluss am 22. Mai 2020: oldid=200208867#Ordnungen, Klassen und Reihenfolge).

Später wurde im Wikipedia-Artikel für eine andere Ordnung (für die Methanoliparales) angegeben, dass sie die achte sein soll (am 23. Jan. 2022: diff=prev&oldid=219452690).

Erklärender Satz

Ich hatte durch einen zusätzlichen Satz versucht zu erklären, warum die Nummerierung nicht fortgesetzt wurde:

  • „Nach der Beschreibung der Methanomassiliicoccales wurden weitere Methanbildner sowohl in der bis dahin einzigen Abteilung Euryarchaeota (z. B. Ordnung Methanonatronarchaeales; [...] et al. 2018) als auch in weiteren Abteilungen der Archaeen (siehe unten) beschrieben.“

Der Satz als solches steht seit 22. Mai 2020 (diff=prev&oldid=200205852) im Wikipedia-Artikel; an der ausgelassenen Stelle erfolgte kürzlich eine Korrektur (fehlender Name des Autors nachgetragen, 20. Feb. 2022: diff=prev&oldid=220406563).

Zwischenzeitliche Tabelle

Außerdem gab es am 22. Mai 2020 eine Tabelle mit der folgenden Überschrift im Artikel:

  • „Namen von Klassen und Ordnungen in der Abteilung Euryarchaeota“,

die als eine Art Abbildung diente, und in welcher ich die Verhältnisse hinsichtlich der Taxa mit methanogenen und nicht-methanogenen Mikroben in der offiziellen Nomenklatur farbig darzustellen suchte (eingefügt: diff=prev&oldid=200205852 und wieder herausgenommen: diff=prev&oldid=200207838).

Allerdings hatte ich diese Tabelle als eine Art „Screenshot“ angelegt, das heißt, dass die Tabelle lediglich diejenigen Angaben festhält, die an einem einzelnem Tag, am 21. Mai 2020, in der zuständigen Online-Datenbank LPSN vorgefunden werden konnten. Die LPSN ist aber nur für die Angabe der offiziellen Nomenklatur laut der IUMS zuständig und nicht für die Zuordnung von physiologischen Merkmalen zu den Taxa, also auch nicht für Methanogenese. Die Tabelle lässt sich de facto nicht aktuell halten und die Methanogenese als Gruppenmerkmal lässt sich nicht für jeden Einzelfall auf praktikable Weise belegen; deshalb verblieb sie nicht im Artikel.

Schlussfolgerungen

Was kann man jetzt dagegen tun, dass die historische Zählung – nur bis sieben – schwer zu vermitteln ist? Mir fällt dazu nichts ein, was besser wäre, als den oben erwähnten Satz↑ weiterhin anzuwenden. Wahrscheinlich muss man abwarten, ob künftig neu im Artikel erscheinende Ordnungen der Abteilung Euryarchaeota alternativ nummeriert werden und das ggf. korrigieren, wenn es soweit ist.

Plan

In der jetzigen Version des Artikels gibt es einen Satz zur Klasse Methanoliparia:

  • „Im Jahr 2019 wurde mit den Methanoliparia eine weitere Klasse von Methanbildnern unter den Euryarchaeota mit nur einer einzigen Ordnung Methanoliparales (der jetzt achten) vorgeschlagen,[19][20][21] und 2021 gelang es, die ersten Vertreter dieser neuen Klasse zu kultivieren.[22]“

In erster Linie geht es um diesen Satz und die Nummerierung.

Unmittelbarer Plan

  • Dieser Satz↑ soll korrigiert werden, indem der Text: „(der jetzt achten)“ entfernt wird
  • und außerdem soll der Satz nach unten verschoben werden, da er – zumindest zeitlich betrachtet – unterhalb von 2019 besser passen würde als das zwischen den beiden Absätzen der Fall ist, die sich vorrangig mit der Zeit zwischen 2014 und 2016 befassen.

Noch nicht konkret geplant

Es wird möglicherweise von Lesenden nicht sonderlich gut verstanden, dass eine Klasse bereits im Jahr 2019 vorgeschlagen wurde, obwohl die ersten Vertreter erst 2021 kultiviert worden sind. Diese grundsätzliche Möglichkeit, dass die biologische Systematik durch molekulargenetische Untersuchungen möglich ist, ohne dass die Mikroben zuvor selbst kultiviert worden sind, müsste im Artikel irgendwie anders herausgearbeitet werden.

Weithin ist nicht automatisch erkennbar, welche Bedeutung die Methanoliparia als Klasse an genau dieser Stelle im Abschnitt „Taxonomie“ haben, da sie dort eben nicht Teil einer vollständigen Aufzählung sind. Es geht an der Stelle jedenfalls nicht genau um das Jahr 2019, nicht um die „soundso-vielte“ Ordnung innerhalb einer bestimmten Abteilung und auch nicht um Klassen, die nur eine einzige Ordnung haben.

Eine grundsätzlich andere Struktur, mit der man den Abschnitt „Taxonomie“ oder sogar den Artikel besser gliedern könnte als bisher, fällt mir erst einmal nicht ein.

Eine Schwierigkeit von mehreren ergibt sich durch die unterschiedlichen Möglichkeiten, wie man Verknüpfungen zu den unterschiedlichen Namen herstellen kann. So wird zum einen z. B. eine seit langem bestätigte Klasse, nämlich Methanobacteria Boone 2002, nicht in einem eigenen Artikel abgehandelt, sondern lediglich in einem Abschnitt unter dem allgemeineren Artikel „Methanbildner“, während zum anderen eine neu vorgeschlagene Klasse, nämlich "Candidatus Methanoliparia" Borrel et al. 2019, schon ein eigenes Lemma hat, wenngleich bisher weder diese Klasse noch eines der untergeordneten Taxons bestätigt wurde. Letztlich ist es nicht ganz einfach, eine Struktur zu finden, in der sowohl zeitliche Abfolgen als auch thematische Zusammenhänge „in einem Guss“ erklärt werden können.

Vorerst möchte ich den unmittelbaren Plan umsetzen und die Umsetzung unterhalb dieses Beitrags protokollieren.

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MfG --Dirk123456 (Diskussion) 21:52, 21. Feb. 2022 (CET)

Umsetzung des unmittelbaren Plans:
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Mfg --Dirk123456 (Diskussion) 22:44, 21. Feb. 2022 (CET)
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