Diskussion:RACE-PCR

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Fehler im Artikel

Moin, ich habe leider keine Ahnung wie ich einen Artikel bearbeiten kann und einen Kommentar zu den Änderungen hinterlasse.. Daher: Das Enzym heißt nicht calf internal phosphatase (CIP) - wies im Text steht sondern Calf Intestine Phosphatase. Die einfachste Quelle ist z.B. die Wikipedia Suche nach CIP (erster Punkt unter Sonstiges). MfG 132.230.230.145 - IP nachträglich eingefügt von --Roo1812 11:47, 5. Mär. 2007 (CET)

Hallo ! Danke für den Hinweis - werd' ich gleich umsetzen. Den Artikel kannst Du genauso bearbeiten, wie hier die Diskussion...oben auf "Seite bearbeiten" klicken und los geht's. Und bitte mit " --~~~~ " unterschreiben. Gruß --Roo1812 11:47, 5. Mär. 2007 (CET)

Abbildung

Hallo, diese PCR Technik ist, wie so viele andere auch, recht schwer zu verstehen. Wie wäre es mit einer kleinen Abbildung? Ich gucke mal, ob ich was finde oder eine selbst zusammenzimmern kann. Beste Grüße -- Oliver Drechsel 17:56, 20. Mai 2007 (CEST)

Moin,ich habe mal eine Abbildung erstellt, die den Fluss der 3' RACE darstellt. Hiermit stelle ich die zur Diskussion. Verbesserungsvorschläge werden dankend angenommen. Wenn das so in Ordnung geht, stelle ich das Bild zusammen mit 5' RACE in den Artikel ein.
Vorschlag für die bildliche Darstellung der 3' RACE
Ist es möglich auch das Thumb animiert darstellen zu lassen? -- Oliver Drechsel 22:46, 11. Jan. 2010 (CET)
Hallo Oliver, sehr schöne Abbildung. Zwei kleine Annmerkungen:
  • der 3'-UTR reicht vom Translationsstoppcodon bis zum Polyadenylierungsstartpunkt, d.h. der Poly-A-Schwanz zählt nicht dazu.
  • Ich würde besser "Startcodon" für "AUG" und Stoppcodon für "UAG" verwenden, da es mehrere Sart/Stopp-Codons gibt.
Viele Grüße, --Hoffmeier 03:13, 13. Jan. 2010 (CET)

RML, Oligo-capping, SMART und CapFinder

Worum es geht: bessere Zuordnung der Bezeichnungen RML, Oligo-capping, SMART und CapFinder zueinander, zu Abschnitten im Artikel "RACE-PCR" und zu veröffentlichten Methoden (Referenzen).

Beschreibung der vorgefundenen Situation:

In der gegenwärtigen Version vom Artikel RACE-PCR (oldid=200918548) gibt es den Abschnitt "Methoden", in welchem verschiedene RACE-Techniken beschrieben werden. Referenzen werden bisher selten verwendet. Es werden verschiedene Varianten der RACE beschrieben, die mal mit ihrem Namen angesprochen werden (z. B. RML-RACE) und mal nicht (z. B. „Mittels der hier beschriebenen RACE ...“).

In früheren Versionen wurden die verschiedenen RACE-Varianten nicht gegliedert, seit Januar 2009 gibt es Unter-Überschriften (oldid=55919448). Allerdings ist nicht immer genau zu erkennen, ob es sich beim Text unterhalb einer übergeordneten Überschrift um die Beschreibung einer einzelnen RACE-Variante oder um die Beschreibung von Gemeinsamkeiten mehrerer RACE-Varianten handelt. Dass einige RACE-Varianten nur das 3'-Ende oder nur das 5'-Ende und andere beide Enden erfassen können, macht die Gliederung in 5'-Ende und 3'-Ende nicht einfacher.

Bei den verschiedenen RACE-Methoden gibt es außerdem einen Wust an Bezeichnungen, die eigentlich der Zuordnung dienen, aber auch zu Verwechslungen führen können.

Unterhalb des Abschnitts "5'-RACE" gibt es die Abschnitte "RLM-RACE" und "SMART-RACE". Dort ist die „Capfinder-Strategie“ der RLM-RACE zugeordnet; CapFinder ist aber der Vorläufer von SMART. Beides (CapFinder™ und SMART™) waren (nicht eingetragene) Handels-Namen der ehemaligen Firma CLONTECH. Die "Clontech Laboratories" sind heute "Takara Bio USA". Während aus SMART ein eingetragener Handelsname wurde (SMART®), ist CapFinder nie eingetragen worden.

Während die bei der RLM-RACE verwendete Strategie darauf beruht, dass ein Oligonukleotid ligiert wird, beruht die bei CapFinder bzw. SMART verwendete Strategie darauf, dass ein Oligonukleotid durch komplementäre Basenpaarung zur Verfügung steht. Wenn das Oligonukleotid fest mit dem Vorlage-Strang verbunden wird (RLM-RACE), bleibt die Reverse Transkriptase auf diesem Strang; im anderen Fall (CapFinder bzw. SMART) wechselt die Reverse Transkriptase an der Capping-Struktur von der mRNA zum Oligonukliotid als Vorlage.

Wenn man von der „Capfinder-Strategie“ spricht (oder schreibt), müsste man dies also unter der Überschrift SMART-RACE anbringen. Dann könnte man aber auch von der „SMART-Strategie“ schreiben, da SMART etwa „Wechsel-Mechanismus oder Switch-Mechanismus am 5'-Ende vom RNA-Transkript“ bedeutet. In CLONTECHs Beschreibung des ersten CapFinder-Produkts mit diesem Wechsel-Mechanismus [CLONTECH (1996) CapFinder™ PCR cDNA Library Construction Kit CLONTECHniques XI(1):2-4] gab es übrigens ein "CapSwitch™ oligonucleotide". Wie nennt man also die zugrunde liegende Strategie? Vielleicht ist es besser, die Strategie nur zu erläutern und sie nicht zu benennen.

Ein weiterer Punkt ist die Beschreibung der Methode "RLM-RACE" selbst. Mir sind zwei Methoden bekannt, die man einer „RLM-Strategie“ („RNA-Ligase vermittelte Strategie“) zuordnen könnte: Die ursprüngliche, „eigentliche“ RML-RACE von Liu & Gorovsky 1993 [Xiuwen Liu, Martin A. Gorovsky: Mapping the 5′ and 3′ ends of Tetrahymena thermophila mRNAs using RNA ligase mediated amplification of cDNA ends (RLM-RACE). In: Nucleic Acids Research. Band 21, Nr. 21, 1993; PMID 8177745] und das Oligo-capping von Kazuo & Sumio 1994 [Maruyama Kazuo, Sugano Sumio: Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides. In: Gene. Band 138, Nr. 1-2, Januar 1994].

Im Abschnitt "RLM-RACE" wurde eine Methode beschrieben, die besser zum Oligo-capping (Kazuo & Sumio 1994) passt, als zur ursprünglich beschriebenen RLM-RACE (Liu & Gorovsky 1993). Lediglich die Angabe zur Alkalischen Phosphatase passt hinsichtlich der Original-Arbeiten zu RLM-RACE (Liu & Gorovsky 1993) statt zu Oligo-capping (Kazuo & Sumio 1994).

Nun gibt es sicherlich weitere RACE-Variationen, die einer „RLM-Strategie“ zugeordnet werden könnten. Unter der Maßgabe, dass möglichst Einzelnachweise erbracht werden sollten, ist es aber besser, die RLM-RACE und das Oligo-capping getrennt zu beschreiben.

Schlussfolgerungen:

  • Die Angaben zur „Capfinder-Strategie“ gehören nicht in den Abschnitt "RLM-RACE", sondern in den Abschnitt "SMART-RACE". Die Bezeichnung „Capfinder-Strategie“ sollte nicht auftauchen, da es dafür keine Quellen gibt.
  • Die Beschreibung der Methode unterhalb der Überschrift "RLM-RACE" gehört besser – in etwas abgewandelter Form – unter eine neue Überschrift "Oligo-capping".
  • Für die alte Überschrift "RLM-RACE" wird neuer Text benötigt.
  • In allen drei Abschnitten (RLM-RACE, Oligo-capping und SMART-RACE) werden Einzelnachweise benötigt.

Plan:

  • In den Artikel "RACE-PCR" werden Planungskommentare eingefügt, die der Orientierung dienen und wovon die Normalansicht unbetroffen bleibt.
  • Zwischen den Planungskommentaren wird der Text ausgetauscht, der in der Normalansicht wirksam wird (Vorbereitung auf einer Benutzerseite, Baustelle).
  • Nach der Textanpassung werden die Planungskommentare entfernt.

Mfg --Dirk123456 (Diskussion) 14:49, 15. Jun. 2020 (CEST)

Umsetzung erfolgt.
Mfg --Dirk123456 (Diskussion) 15:34, 15. Jun. 2020 (CEST)
Umsetzung erfolgt, Korrektur eines Links:
Mfg --Dirk123456 (Diskussion) 16:06, 15. Jun. 2020 (CEST)

Oligo-capping 1994 und japanische Namen

Hallo, In diesem Beitrag geht es mir um die Korrektur der Namen von Autoren in einem Einzelnachweis im Artikel RACE-PCR. Die japanischen Namen der Autoren werden online an verschieden relevanten Stellen in widersprüchlicher Weise angeben (z. B. unter www.sciencedirect.com anders als in PubMed).

|  Zusammenfassung↓  |  Hintergrund↓  |  Angaben laut DOI (bzw. www.sciencedirect.com)↓  |  Vergleich mit einer anderen Datenbank (PubMed)↓  |  Suche mit dem Titel der Veröffentlichung (PubMed)↓  |  Beweis für die Richtigkeit entsprechender Namen↓  |  Plan↓  |  Ende des Beitrags↓  |

Zusammenfassung

Die Methode „Oligo-capping“ wurde von Maruyama & Sugano (1994) veröffentlicht. Die bisher im Artikel RACE-PCR verwendeten Namen („Kazuo“ und „Sumio“) sind Teile von japanischen Personennamen, die keine Hauptnamen von Autoren im Sinne von Einzelnachweisen darstellen; es sind lediglich Ruf-, Vor- oder ähnliche Namen. Den Beweis für die richtigen Namen liefert eine Angabe der Autoren selbst, die innerhalb einer späteren Veröffentlichung (Suzuki et al., 1997) gemacht wurde.

Hintergrund

Für die Beschreibung der Methode „Oligo-capping“ von 1994 im Artikel RACE-PCR habe ich eine Zitierweise gewählt, die ich vom Digital Object Identifier (DOI) bzw. von der entsprechenden Website unter www.sciencedirect.com abgeleitet hatte. Mir sind schon damals (Juni 2020) unterschiedliche Zitierweisen bezüglich von Autorennamen aufgefallen und ich habe mich letzlich für diejenige Zitierweise entschieden, die mir durch den entsprechenden Digital Object Identifier (DOI) als relevanteste und wahrscheinlichst richtige Angabe erschien.

Aktuell traten bei der Recherche zu RACE-Methoden erneut Zweifel zur richtigen Reihenfolge von Namensteilen japanischer Autoren auf, sodass ich Untersuchungen dazu angestellt habe.

Angaben laut DOI (bzw. www.sciencedirect.com)

Es bestand eine Frage nach der richtigen Reihenfolge von japanischen Namen zur Veröffentlichung mit dem Titel: „Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides“ aus 1994. Wie heißen die Autoren:

  • Maruyama Kazuo (als 1. Autor) und Sugano Sumio (als 2. Autor) oder
  • Kazuo Maruyama (als 1. Autor) und Sumio Sugano (als 2. Autor)?

Unter dem Digital Object Identifier (DOI), also am „Wohnort der Veröffentlichung“ selbst (https://doi.org/10.1016/0378-1119(94)90802-8 → https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/0378111994908028) wurde etwa Folgendes angezeigt:

  • Kazuo, Maruyama und Sumio, Sugano;
  • Maruyama Kazuo und Sugano Sumio.

Auch die „Cite“-Optionen auf der für „RIS“, „BibTeX“ und „text“ zeigten jeweils („Export citation to ...“-Optionen, Downloads Mai/ Juni 2021 von der Sciencedirect-Website), dass Maruyama und Sugano die Vornamen sein sollten, während Kazuo und Sumio als Nach- bzw. Familiennamen angegeben wurden.

Liest man sich allerdings zu den beiden Personen verknüpfte Angaben, dann entstehen an dieser Reihenfolge Zweifel:

  • die Verknüpfung vom ersten Autor mit der Angabe Kazuo, Maruyama führte zur Einblendung
    • von Personenangaben unter der Überschrift Kazuo Maruyama,
  • während die Verknüpfung vom zweiten Autor mit der Angabe Sumio, Sugano zur Einblendung
    • von Personenangaben unter der Überschrift Sumio Sugano führte.

Beim ersten Autor gab es bei den Personenangaben kaum Hinweise, welches der formelle Hauptname ist. Weder die E-Mail-Adresse „kaymaru@hgc.ims.u-tokyo.ac.jp“ konnte weiterhelfen, noch gab es zusätzliche Referenzen.

Beim zweiten Autor wiesen mehrere Angaben darauf hin, dass Sugano wohl der formelle Hauptname sein wird – vor allem dieser Text: „Correspondence to: Dr. S. Sugano, ...“. Weiterhin waren drei Referenzen vorhanden, in denen jeweils „..., Sugano, S., ...“ innerhalb der Autorenliste stand.

Vergleich mit einer anderen Datenbank (PubMed)

In PubMed wird die Arbeit zur Oligo-Capping-Methode von 1994 unter PMID 8125298 geführt; als Hauptnamen werden dort Maruyama und Sugano angegeben. Ich habe mit mit allen vier in Frage kommenden Namensteilen als Autorennamen (Feldangabe [au]) in PubMed gesucht (Anfang Juni 2021; unter https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/), um die Wahrscheinlichkeit der Namen anhand ihrer Häufigkeit abzuschätzen:

  • Kazuo[au] – 66 Treffer; Maruyama[au] – 16367 Treffer; Sumio[au] – 4 Treffer; Sugano[au] – 3975 Treffer.

Weiterhin habe ich dem jeweils angenommenen Hauptnamen den entsprechenden Initial-Buchstabe hinzugesellt:

  • Kazuo M[au] – 2 Treffer; Maruyama K[au] – 2582 Treffer; Sumio S[au] – 0 Treffer; Sugano S[au] – 641 Treffer.

Für den Namen „Sumio“ gab es in Kombination mit „S“ in PubMed gar nicht (stattdessen wurden 443 „Treffer“ für einen anderen Namen angezeigt: „Showing results for sumi, s[au]“);

Suche mit dem Titel der Veröffentlichung (PubMed)

Um gegebenenfalls spätere Kommentare zur Publikation über die Oligo-Capping-Methode von 1994 auswerten zu können, habe ich den gesamten Titel für eine Suche bei PubMed eingegegen; tatsächlich wurden zwei Publikationen zurückgeliefert (1. Juni 2021). Der erste Treffer war die Publikation mit dem entsprechenden Titel zur Oligo-Capping-Methode von 1994 und der zweite Treffer enthielt im Text ein vollständiges Zitat der Publikation des ersten Treffers. Die beiden Autoren der Publikation zum 1. Treffer sind auch Ko-Autoren der Publikation des 2. Treffers und geben dort ihre Namen selbst im Text an. In der folgenden Tabelle wird die ungefähre Anzeige der Website vereinfacht dargestellt (1. Juni 2021; Verküpfte Suchanfrage).

„Oligo-capping“-Methode – Suche mit dem Titel bei PubMed und Trefferliste
Bereich der Website Angezeigter Text
Eingabe-Feld: Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides
Ausgabe-Bereich oberhalb der Trefferliste: 2 results

1 article found by citation matching

Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides.

Maruyama K, et al. Gene. 1994. PMID: 8125298

1. Treffer: Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides.

Maruyama K, Sugano S. Gene. 1994 Jan 28;138(1-2):171-4. doi: 10.1016/0378-1119(94)90802-8.PMID: 8125298 We have devised a method to replace the cap structure of a mRNA with an oligoribonucleotide (r-oligo) to label the 5' end of eukaryotic mRNAs. ...Unlike the conventional methods that label the 5' end of cDNAs, …

2. Treffer: Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library.

Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S. Gene. 1997 Oct 24;200(1-2):149-56. doi: 10.1016/s0378-1119(97)00411-3.PMID: 9373149

Using 'oligo-capped' mRNA [Maruyama, K., Sugano, S., 1994. Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides. Gene 138, 171-174], who …

Beweis für die Richtigkeit entsprechender Namen

Den eigentlichen Beweis für die richtigen Namen der beiden Autoren liefert der erste Satz in der Zusammenfassung einer späteren Publikation, Suzuki et al. (1997; PMID 9373149), in der die beiden Autoren der Oligo-Capping-Methode von 1994 Ko-Autoren sind. Dort (also im ersten Satz bei Suzuki et al., 1997) werden Maruyama & Sugano (1994; PMID 8125298) vollständig zitiert:

  • „Using 'oligo-capped' mRNA [Maruyama, K., Sugano, S., 1994. Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides. Gene 138, 171-174], whose cap structure was replaced by a synthetic oligonucleotide, we constructed two types of cDNA library.“

Plan

Fließtext:     Die bisher verwendeten japanischen Namen sollen korrigiert werden. Im Fließtext sollen die Vor- bzw. Rufnamen durch Abkürzungen ersetzt werden, um die eigentlichen Autorennamen offensichtlicher zu machen. Der bisherige Text:

  • „Maruyama Kazuo und Sugano Sumio 1994“

soll durch den Text:

  • „K. Maruyama und S. Sugano 1994“

ausgetauscht werden. Eine entsprechende Anpassung wird auch für einen weiteren Einzelnachweis im Fließtext vorgenommen (neuer Text: „... 1993 von X. Liu und M. A. Gorovsky ...“).

Einzelnachweis:     Der einmal verwendete Einzelnachweis zur Methode „Oligo-capping“ von 1994 soll korrigiert werden, da er die Autorennamen ungeeignet wiedergibt und den PubMed-Identifier nicht enthält. Bisher wird ein Einzelnachweis verwendet, der mittels des DOI (10.1016/0378-1119(94)90802-8) generiert wurde. Der ref-Tag dieses Einzelnachweises wurde mit name="Kazuo-Sumio-1994-Oligo-capping" benannt. Es soll ein neuer Einzelnachweis verwendet werden, der mittels des PubMed-Identifiers (8125298) generiert wurde und dessen ref-Tag name="Maruyama-Sugano-1994_pmid-8125298" heißen soll.

  • Bisheriger Einzelnachweis als Quellcode (Wikitext): <ref name="Kazuo-Sumio-1994-Oligo-capping">{{Literatur |Autor=Maruyama Kazuo, Sugano Sumio |Titel=Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides |Sammelwerk=Gene |Band=138 |Nummer=1-2 |Datum=1994-01 |Seiten=171–174 |Sprache=en |DOI=10.1016/0378-1119(94)90802-8}}</ref>;
  • geplanter Einzelnachweis: <ref name="Maruyama-Sugano-1994_pmid-8125298">{{Literatur |Autor=K. Maruyama, S. Sugano |Titel=Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides |Sammelwerk=Gene |Band=138 |Nummer=1-2 |Datum=1994-01-28 |ISSN=0378-1119 |DOI=10.1016/0378-1119(94)90802-8 |PMID=8125298 |Seiten=171–174}}</ref>.

Durchführung:     Es sollen Planungskommentare zum Thema „Oligo-capping 1994 und japanische Namen“ eingefügt werden, anhand derer die Änderungen nachvollziehbar sein sollen.

  • Einfügen von Planungskommentaren im Artikel. Status: in Vorbereitung.
  • Umsetzung der Planungskommentare. Das heißt, dass die eigentlichen Änderungen vorgenommen werden, welche in der Normalansicht sichtbar werden sollen. Status: Umsetzung.
  • Entfernen der Plaungskommentare.

Ende des Beitrags

Unterhalb dieses Beitrags werde ich die geplanten Änderungen im Artikel dokumentieren.

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MfG --Dirk123456 (Diskussion) 17:25, 2. Jun. 2021 (CEST)

Umsetzung des Plans:
Der im ersten Beitrag beschriebene Plan↑ wurde im Artikel RACE-PCR umgesetzt.
 Davor:
  • Erste Version mit dem Abschnitt „Oligo-capping“ (2020-06-15T13:00:26 UTC); oldid=200999184
    13.178 Bytes +5.809 Planungskommentare umgesetzt; siehe Diskussion "RML, Oligo-capping, SMART und CapFinder".
  • Unmittelbare Vorversion (2021-05-16T15:56:06 UTC); oldid=212040124
    26.777 Bytes +13  →3'-RACE: Abbildungstext, Leerzeichen und Umbrüche.
 Dabei:
 Danach:
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--Dirk123456 (Diskussion) 19:37, 2. Jun. 2021 (CEST)
Abgerufen von „https://de.wikiup.org/index.php?title=Diskussion:RACE-PCR&oldid=212614541“