Tupanvirus

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„Tupanvirus“
Tupanvirus.jpeg

„Tupanvirus“

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Varidnaviria[4]
Reich: Bamfordvirae[4]
Phylum: Nucleocytoviricota[4]
Klasse: Megaviricetes[4]
Ordnung: Imitervirales[4]
Familie: Mimiviridae
Unterfamilie: „Mimivirinae“[1]/„Megavirinae“[2]/„Megamimivirinae“[3]
Gattung: „Tupanvirus“
Art: „Tupanvirus DO“, „Tupanvirus SL“
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear
Baltimore: Gruppe 1
Hülle: vorhanden
Wissenschaftlicher Name
„Tupanvirus“
Kurzbezeichnung
„TPV“
Links
NCBI Taxonomy: 2094720

„Tupanvirus“ („TPV“)[5] ist der vorgeschlagene Name einer Gattung von Riesenviren mit zwei Spezies, dem „Tupanvirus Deep Ocean“ (TupanDO) und dem „Tupanvirus Soda Lake“ (TupanSL).[6][7][8] Sie sind benannt nach Tupã (Tupan), einem Donnergott der Guaraní, und den Orten, an denen sie gefunden wurden. Einzigartig an diesen Viren ist, dass sie alle 20 Standardaminosäuren inkorporieren (oder übersetzen) können.[9][10][11]

Aufbau

TEM-Aiufnahme von Tupanvirus-Partikeln[12]

Das Virion (Virusteilchen) der Tupanviren hat eine Länge von bis zu 1,2 µm, wobei das Kapsid in Größe und Struktur dem des Mimivirus ähnelt. Das Tupanvirus-Virion weist jedoch einen großen zylindrischen Schwanz auf (~ 550 nm × 450 nm im Durchmesser), der an der Basis des Kapsids befestigt ist.[10] Einige Partikel können aufgrund der Variation der Größe dieses Schwanzes bis zu 2,3 µm erreichen.

Genom

Das Genom der Tupanviren besteht aus doppelsträngiger DNA. Bei Tupanvirus deep ocean hat es eine Länge von 1.516.267 Basenpaaren (bp) und kodiert vorhergesagt 1.359 Proteine, der GC-Gehalt liegt bei 29 %. Bei Tupanvirus soda lake sind es 1.439.508 bp Länge, 1.276 vorhergesagt kodierte Proteine, und gleicher GC-Gehalt.[13] Viele Gene, die Prozesse in zellulären Organismen vorkommen, werden auch im Tupanvirus-Genom gefunden.[10]

Replikation

TEM-Aufnahme einer Tupanvirus-Virusfabrik, die einen großen Teil des Zytoplasmas der Wirtszelle von Acanthamoeba castellanii einnimmt. VF: Virusfabrik.[12]

Die Replikation findet wie für Mimiviridae üblich in einer Virusfabrik (en.

viral factory

, VF) statt.[12]

Wirte

Tupanviren sind in der Lage, Protisten und Amöben zu infizieren, stellen jedoch keine Bedrohung für den Menschen dar.[9] Während die meisten Riesenviren nur in einer einzigen Spezies oder Gattung replizieren können, hat „Tupanvirus“ unter diesen ein sehr breites Wirtsspektrum, darunter Acanthamoeba castellanii, A. polyphaga, A. griffini, A. sp E4, Vermamoeba vermiformis, Dictyostelium discoideum und Willartia magna.[14]

Als ein Riesenvirus hat „Tupanvirus“ den größten Translationsapparat in der bekannten Virosphäre. Die Analyse der Tupanviren ist ein weiterer Schritt zum Verständnis der Evolution von Riesenviren.

Systematik

Die Gattung ist derzeit (Stand April 2019) noch nicht vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) offiziell anerkannt, daher haben alle Benennungen noch vorschlagsmäßigen Charakter. Als Mitglied der Familie Mimiviridae, Gruppe I (als vorgeschlagene Unterfamilie oft „Megamimivirinae“ oder einfach „Megavirinae“ genannt) gehört ‚0„Tupanvirus“ zum Phylum Nucleocytoviricota (früher

Nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV

).

„Tupanvirus“ wird innerhalb der Mimiviridae-Gruppe I allerdings ebenso wie die gleichfalls vorgeschlagenen „Platanovirus“ (mit „Platanovirus saccamoebae“ KSL-5 und KSL-5x)[15][16] und (dem möglicherweise nächsten Verwandten) „Satyrvirus“[3] keiner der herkömmlichen Linien (Kladen) A, B oder C der Gattung Mimivirus zugeordnet, sondern mit diesen zusammen einer eigenen Linie der Tupanviren.

Die genaue phylogenetische Stellung der Tupanviren wird noch diskutiert (Stand April 2020). Für den phylogenetischen Baum innerhalb der Familie Mimiviridae-Gruppe I gibt es verschiedene Vorschläge:

Das CNRS (

Centre national de la recherche scientifique

) setzen sich die „Megavirinae“ wie folgt zusammen:[16]

Kladogramm A

 „Megavirinae“ 

Klade A (Mimivirus s. s.)


   

Klade B („Moumouvirus“)


   

Klade C („Megavirus chilensis“)


   

Tupanviren („Tupanvirus soda lake“,…)


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Es fehlen genauere Angaben zur phylogenetischen Beziehung der vier Gruppen untereinander.

Nach Schulz et al. (2018), Fig. 2:[3] clustern die Tupanviren mit der Klade von Mimivirus-Gruppe B+C:

Kladogramm B

 „Megamimivirinae“ 

Klade A (Acanthamoeba polyphaga mimivirus, Hirudovirus sansgue,… )


   


Klade B („Moumouvirus Monve“, „Momouvirus Goulette“,…)


   

Klade C („Megavirus T1“,…)



   

Tupanviren („Tupanvirus Soda Lake“, „Tupanvirus deep ocean“)


   

„Satyrvirus“





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Nach David Needham, Alexandra Worden et al. (2019), Fig. 2 und S3[17] ist die Stellung der Tupanviren jedoch basal innerhalb der Mimiviridae-Gruppe I:

Kladogramm C


Klade A (Mimivirus s. s., MimiV)


   

Klade B („Moumouvirus“, MoumouV)


   

Klade C („Megavirus“, MegaV)




   

Tupanviren



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Dies ist in Übereinstimmung mit Bäckström et al. (2018) Fig. 3,[18] Koonin und Yutin (2018) Fig. 1[19] und Guglielmini et al. (2019), Fig. 2;[20] sowie in Übereinstimmung mit Abrahão 't al. (2018) Fig. 4,[10] nur in Fig. 3b derselben Arbeit bilden die Tupanviren eine Schwestergruppe zur Mimivirus-Gruppe A:

Kladogramm D




Tupanviren („Tupanvirus Soda Lake“, „Tupanvirus deep ocean“)


   

Klade A (Mimivirus s. s.)



   

Klade B („Moumouvirus Monve“, „Momouvirus saoudian“,…)


   

Klade C („Megavirus chilensis“,…)




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Nach den vorliegenden Arbeiten kann das mittlere Kladogramm C als wahrscheinlichstes Szenario für die phylogenetischen Beziehungen unter den Vertretern und Kandidaten der Mimiviridae-Gruppe I (vorgeschlagene Unterfamilie „Megamimivirinae“ alias „Megavirinae“) betrachtet werden. Dies könnte auch die unterschiedlichen Gattungsnamen Mimivirus (für die Kladen/Linien A, B und C) einerseits und „Tupanvirus“ andererseits rechtfertigen; allerdings favorisieren manche Autoren, die Tupanviren als Subset der Gattung Mimivirus zu sehen.[21] Die Tupanvirus-Gruppe wäre lediglich um „Satyrvirus“ und die Platanoviren (deren nächster Verwandter vermutlich „Tupanvirus“ ist)[22] zu ergänzen.

Weblinks

Einzelnachweise

  1. ↑ Christoph M. Deeg, Cheryl-Emiliane T. Chow, Curtis A. Suttle: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea… eLife Sciences, 7, März 2018, doi:10.7554/eLife.33014
  2. ↑ Centre national de la recherche scientifique: List of the main “giant” viruses known as of today (March 2019) (PDF) Université Aix Marseille, März 2019.
  3. ↑ a b c Frederik Schulz, Lauren Alteio, Danielle Goudeau, Elizabeth M. Ryan, Feiqiao B. Yu, Rex R. Malmstrom, Jeffrey Blanchard, Tanja Woyke: Hidden diversity of soil giant viruses. In: Nature Communications, Band 9, Nr 4881, 19. November 2018, doi:10.1038/s41467-018-07335-2
  4. ↑ a b c d e ICTV: ICTV Taxonomy history: Acanthamoeba polyphaga mimivirus, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
  5. ↑ Gabriel Augusto Pires de Souza, Victória Fulgêncio Queiroz, Maurício Teixeira Lima, Erik Vinicius de Sousa Reis, Luiz Felipe Leomil Coelho, Jônatas Santos Abrahão: Virus goes viral: an educational kit for virology classes. In: Virology Journal, Band 17, Nr. 13, 31. Januar 2020; doi:10.1186/s12985-020-1291-9
  6. ↑ Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel: Mimiviridae: An Expanding Family of Highly Diverse Large dsDNA Viruses Infecting a Wide Phylogenetic Range of Aquatic Eukaryotes. In: Viruses, 2018 Sep; 10(9), S. 506, doi:10.3390/v10090506, PMC 6163669 (freier Volltext), PMID 30231528
  7. ↑ Jason R. Schrad, Jônatas S. Abrahão, Juliana R. Cortines and Kristin N. Parent: Structural and Proteomic Characterization of the Initiation of Giant Virus Infection (PDF) in: Cell vom 8. Mai 2020, doi:10.1016/j.cell.2020.04.032
  8. ↑ Mysterious Giant Viruses: Gargantuan in Size and Complexity, auf: SciTechDaily vom 9. Mai 2020, Quelle: Michigan State University
  9. ↑ a b Dan Garisto: These giant viruses have more protein-making gear than any known virus. 27. Februar 2018.
  10. ↑ a b c d Jônatas Abrahão, Lorena Silva, Ludmila Santos Silva, Jacques Yaacoub Bou Khalil, Rodrigo Rodrigues, Thalita Arantes, Felipe Assis, Paulo Boratto, Miguel Andrade, Erna Geessien Kroon, Bergmann Ribeiro, Ivan Bergier, Herve Seligmann, Eric Ghigo, Philippe Colson, Anthony Levasseur, Guido Kroemer, Didier Raoult, Bernard La Scola: Tailed giant Tupanvirus possesses the most complete translational apparatus of the known virosphere. In: Nature Communications. 9, Nr. 1, 27. Februar 2018. doi:10.1038/s41467-018-03168-1. Dazu:
  11. ↑ Frederik Schulz, Natalya Yutin, Natalia N. Ivanova, Davi R. Ortega, Tae Kwon Lee, Julia Vierheilig, Holger Daims, Matthias Horn, Michael Wagner, Grant J. Jensen, Nikos C. Kyrpides, Eugene V. Koonin, Tanja Woyke: Giant viruses with an expanded complement of translation system components. In: Science. 356, Nr. 6333, 7. April 2017, S. 82–85. doi:10.1126/science.aal4657. PMID 28386012.
  12. ↑ a b c Clara Rolland et al.: Discovery and Further Studies on Giant Viruses at the IHU Mediterranee Infection That Modified the Perception of the Virosphere, in: Viruses 11(4), 30. März 2019, Special Issue Viruses Ten-Year Anniversary, 312; doi:10.3390/v11040312
  13. ↑ David M. Needham, Alexandra Z. Worden et al.: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators, in: PNAS, 23. September 2019, doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, hier: Supplement 1 (xlsx)
  14. ↑ Graziele Oliveira, Bernard La Scola, Jônatas Abrahão: Giant virus vs amoeba: fight for supremacy, in: Virol J 16, 126, 4. November 2019, doi:10.1186/s12985-019-1244-3, PDF. Dictyosteliumist als Dyctiostelium verschrieben.
  15. ↑ Bärbel Hauröder, Liane Junglas, Silke Loch, Rolf Michel, Karl-Dieter Müller, Claudia Wylezich: Experimental co-infection of Saccamoeba lacustris with Mimivirus-like Giant virus and a small Satellite virus, in: Open Agrar, 15. Mai 2018
  16. ↑ a b List of the main “giant” viruses known as of today (PDF; 334 kB) Université Aix Marseille, Centre national de la recherche scientifique, 18. April 2018.
  17. ↑ David M. Needham, Susumu Yoshizawa, Toshiaki Hosaka, Camille Poirier, Chang Jae Choi, Elisabeth Hehenberger, Nicholas A. T. Irwin, Susanne Wilken, Cheuk-Man Yung, Charles Bachy, Rika Kurihara, Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Tomomi Kimura-Someya, Guy Leonard, Rex R. Malmstrom, Daniel R. Mende, Daniel K. Olson, Yuki Sudo, Sebastian Sudek, Thomas A. Richards, Edward F. DeLong, Patrick J. Keeling, Alyson E. Santoro, Mikako Shirouzu, Wataru Iwasaki, Alexandra Z. Worden: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators. In: PNAS, 23. September 2019; doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, PDF (PDF) inklusive Supplement 1. (xlsx)
  18. ↑ Disa Bäckström, Natalya Yutin, Steffen L. Jørgensen, Jennah Dharamshi, Felix Homa, Katarzyna Zaremba-Niedwiedzka, Anja Spang, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, Thijs J. G. Ettema; Richard P. Novick (Hrsg.): Virus Genomes from Deep Sea Sediments Expand the Ocean Megavirome and Support Independent Origins of Viral Gigantism, in: nBio, 2018/2019, doi:10.1128/mBio.02497-18, PMID 30837339
  19. ↑ Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: Multiple evolutionary origins of giant viruses, in: F1000 Research, 22. November 2018, doi:10.12688/f1000research.16248.1, version 1
  20. ↑ Julien Guglielmini, Anthony C. Woo, Mart Krupovic, Patrick Forterre, Morgan Gaia: Diversification of giant and large eukaryotic dsDNnA viruses predated the origin of modern eukaryotes, in: PNAS, Band 116, Nr. 39, 10./24. September 2019, S. 19585–19592, doi:10.1073/pnas.1912006116, PMID 31506349, Fig. 2. Dazu:
    Julien Guglielmini, Anthony Woo, Mart Krupovic, Patrick Forterre, Morgan Gaia: Diversification of giant and large eukaryotic dsDNA viruses predated the origin of modern eukaryotes. bioRxiv, 29. Oktober 2018, bioRxiv: 10.1101/455816v1 (Preprint-Volltext), doi:10.1101/455816
  21. ↑ Sailen Barik: A Family of Novel Cyclophilins, Conserved in the Mimivirus Genus of the Giant DNA Viruses, in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Band 16, Juli 2018, S. 231–236, doi:10.1016/j.csbj.2018.07.001
  22. ↑ Claudia Wylezich, Bärbel Hauröder, Dirk Höper, Martin Beer: A new giant virus isolated from its natural host Saccamoeba sp. together with its virophage shows a narrow host range, in: Conference: 38th meeting of the german Society for Protozoology (DGP), At Vienna/Austria, Februar 2019
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