Benutzer:Nina/Liste sequenzierter Organismen

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Unter sequenzierten Organismen versteht man Lebewesen, deren DNA-Sequenz des Genoms durch DNA-Sequenzierung (nahezu) vollständig bekannt ist. Teilweise liegen zu den DNA-Sequenzen auch schon vollständige Annotationen und Kartierungen der funktionalen Abschnitte (Gene, etc.) vor.

Mit Hilfe der modernen Techniken der Genomforschung wie der Polymerase-Kettenreaktion (PCR), der Hochdurchsatzsequenzierung und anderer Methoden geben immer mehr Organismen die Gesamtheit ihrer DNA-Sequenz und damit ihrer Gene preis. Man nennt die Ermittlung der Nukleinbasen-Sequenz auch DNA-Sequenzierung oder Genom-Sequenzierung. Seit 1995 wurden bereits mehr als 800 Genome sequenziert und beinah wöchentlich kommen neue hinzu. Inzwischen ist bereits die Sequenzierung von Individuen in Aussicht; das Unternehmen 454 Life Sciences präsentierte im Juni 2007 James Watsons Genomsequenz. Die Kosten sollen etwa eine Million US-Dollar betragen haben.[1]

Besonders aufsehenerregend war die Sequenzierung des menschlichen Genoms im Rahmen des Humangenomprojektes, deren Vollendung im Oktober 2003, nur wenige Monate nach dem 50-jährigen Jubiläum der Strukturaufklärung der DNA durch James Watson und Francis Crick verkündet wurde. Weniger spektakulär, doch keineswegs von weniger Bedeutung war allerdings auch die Sequenzierung anderer Genome, etwa dem des Reis, der Hausmaus oder des Schimpansen. Das erste vollständig sequenzierte Bakteriengenom stammte von dem Krankheitserreger Haemophilus influenzae.

Den größten Teil der sequenzierten Organismen machen bakterielle Mikroorganismen aus, also Archaebakterien und Bakterien inklusive der Cyanobakterien (Blaualgen). Die niederen Eukaryoten (meist pathogene Pilze) sind in dieser Liste selten und Vielzeller entsprechend noch seltener. Der Grund dafür liegt vor allem in deren enormen Genomgröße im Vergleich zu Prokaryonten und auch in der Bedeutung der Mikroorganismen für die Medizin und die Biotechnik.

Gegenwärtig ist die Sequenzierung von weiteren etwa 1800 bakteriellen Genomen und von etwa 900 Eukaryontengenomen in Arbeit. Finanziert werden die Projekte international meistens öffentlich, teilweise jedoch auch durch große Unternehmen der freien Wirtschaft.

Liste der sequenzierten Organismen

In der folgenden Liste sind die bisher weitgehend vollständig sequenzierten Organismen aufgeführt.

Archaeen

  • Aeropyrum pernix - aus japanischen Thermalquellen
  • Archaeoglobus fulgidus - Schwefel-Archaeon
  • Caldivirga maquilingensis
  • Cenarchaeum symbiosum
  • Halobacterium spec. - aus Salzseen
  • Haloarcula marismortui - halophil
  • Haloquadratum walsbyi - halophiles, viereckiges Archaeon
  • Hyperthermus butylicus - hyperthermophil, obligat anaerob, fermentiert Peptide, produziert Butanol
  • Ignicoccus hospitalis - Wirt des Nanoarchaeum equitans
  • Metallosphaera sedula
  • Methanobacterium thermoautotrophicum - Methanproduzierer
  • Methanobrevibacter smithii
  • Methanocaldococcus jannaschii
  • Methanococcoides burtonii - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob; aus dem Ace Lake, Antarktis
  • Methanococcus aeolicus
  • Methanococcus jannaschii - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Methanococcus maripaludis - Methanproduzierer, aus Salzseen in Georgia
  • Methanococcus vannielii
  • Methanocorpusculum labreanum coccoider Methanpoduzierer; Isolat aus den LaBrea Tar Pits in Los Angeles
  • Methanogenium frigidum - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob; aus dem Ace Lake, Antarktis
  • Methanopyrus kandleri - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Methanosarcina acetivorans - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend, aus Ölquellen, Rindermägen u. a.
  • Methanosarcina barkeri - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
  • Methanosarcina mazei - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
  • Methanosphaera stadtmanae - Methanproduzierer, Bewohner des menschlichen Dickdarms
  • Methanospirillum hungateii
  • Methanothermobacter thermoautotrophicus
  • Nanoarchaeum equitans - aus heißen Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen
  • Natronomonas pharaonis - aus Natronseen in Ägypten
  • Nitrosopumilus maritimus
  • Picrophilus torridus - thermoacidophil (pH 0 bei 60°C)
  • Pyrobaculum aerophilum - aus heißen Quellen
  • Pyrobaculum arsenaticum - nutzt Arsenat als Elektronenakzeptor
  • Pyrobaculum calidifontis - kann sowohl aerob als auch anaerob wachsen
  • Pyrobaculum islandicum - aus einem isländischen Geothermalkraftwerk
  • Pyrococcus abyssi - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Pyrococcus furiosus - aus heißen Sedimenten auf der Insel Vulcano, Italien von Fiala und Stetter isoliert
  • Pyrococcus horikoshii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Pyrolobus fumarii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
  • Staphylothermus marinus - hyperthermophil
  • Sulfolobus acidocaldarius - aus heißen Quellen
  • Sulfolobus solfataricus - aus heißen Schwefelquellen
  • Sulfolobus tokodaii - aus heißen Schwefelquellen
  • Thermococcus kodakaraensis - thermophil, obligat anaerob, Schwefel-Atmung
  • Thermofilum pendens
  • Thermoplasma acidophilum - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
  • Thermoplasma volcanium - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
  • Thermoproteus neutrophilus

Bakterien

A

  • Acaryochloris marina - Cyanobakterium mit Chlorophyll D als Photosynthesepigment
  • Acholeplasma laidlawii - zellwandloses Bakterium, ähnlich den Mycoplasmen
  • Acetobacter pasteurianus
  • Acetohalobium arabaticum
  • Acholeplasma laidlawii
  • Acidaminococcus fermentans
  • Acidimicrobium ferrooxidans
  • Acidiphilium cryptum - säureliebendes Stäbchenbakterium
  • Acidobacterium capsulatum
  • Acidothermus cellulolyticus - Cellulose-fressendes Bakterienisolat aus dem Yellowstone National Park
  • Acidovorax sp.
  • Acidovorax avenae citrulli - Phytopathogen, das Kürbisgewächse befällt
  • Acinetobacter baumannii - benannt nach den amerikanischen Bakteriologen Paul und Linda Baumann
  • Acinetobacter calcoaceticus
  • Actinobacillus succinogenes - Isolat aus Rinderpansen, produziert Bernsteinsäure
  • Actinobacillus pleuropneumoniae
  • Actinosynnema mirum
  • Aeromonas salmonicida
  • Aeromonas hydrophila
  • Aggregatibacter actinomycetemcomitans
  • Aggregatibacter aphrophilus
  • Agrobacterium tumefaciens - pflanzenpathogenes Bakterium, tumorbildend
  • Akkermansia muciniphila
  • Alcanivorax borkumensis - Bakterium, das gesättigte Kohlenwasserstoffe abbauen kann, namensgebend ist der Fundort Borkum
  • Aliivibrio salmonicida
  • Alkalilimnicola ehrlichei
  • Alkaliphilus metalliredigenes
  • Alkaliphilus oremlandii
  • Allochromatium vinosum
  • Alteromonas macleodii
  • Aminobacterium colombiense
  • Ammonifex degensii
  • Amycolatopsis mediterrane
  • Anabaena azollae
  • Anabaena variabilis
  • Anaerocellum thermophilum
  • Anaerococcus prevotii
  • Anaeromyxobacter dehalogenans
  • Anaplasma centrale
  • Anaplasma marginale
  • Anaplasma phagocytophilum
  • Anoxybacillus flavithermus
  • Aquifex aeolicus - Hyperthermophiles Meeresbakterium
  • Arcanobacterium haemolyticum
  • Arcobacter butzleri - Bakterium in Lebensmitteln, das im Verdacht steht, Magen-Darm-Erkrankungen auszulösen
  • Arcobacter nitrofigilis
  • Aromatoleum aromaticum
  • Arthrobacter aurescens
  • Arthrobacter chlorophenolicus
  • Atopobium parvulum
  • Azorhizobium caulinodans
  • Azotobacter vinelandii

B

C

  • Caldicellulosiruptor obsidiansis
  • Caldicellulosiruptor saccharolyticus
  • Campylobacter concisus
  • Campylobacter curvus
  • Campylobacter fetus
  • Campylobacter hominis
  • Campylobacter jejuni – Erreger einer Lebensmittelvergiftung
  • Capnocytophaga ochracea
  • Carboxydothermus hydrogenoformans
  • Carsonella ruddii
  • Catenulispora acidiphila
  • Caulobacter crescentusSüßwasserbakterium
  • Cellulomonas flavigena
  • Cellvibrio japonicus
  • Chitinophaga pinensis
  • Chlamydia muridarumAtemwegsinfektionen bei Maus und Meerschweinchen
  • Chlamydia UWE25 – Umweltisolat; Endosymbiont, der in Amöben lebt
  • Chlamydophila caviae - Erreger von Augenentzündungen bei Meerschweinchen
  • Chlamydia trachomatis – Erreger der Harnröhrenentzündung
  • Chlamydophila felis
  • Chlamydophila abortus
  • Chlamydophila pneumoniae – Erreger einer Bronchitis
  • Chlamydophila caviae
  • Chlorobium tepidumGrünes Schwefelbakterium
  • Chlorobaculum parvum – umbenannt in Prosthecochloris vibrioformis
  • Chloroherpeton thalassium – Grünes Schwefelbakterium
  • Chlorobaculum parvum
  • Chlorobium chlorochromatii
  • Chlorobium limicola - Grünes Schwefelbakterium
  • Chlorobium phaeobacteroides
  • Chlorobium phaeovibrioides
  • Chlorobium tepidum
  • Chloroflexus aggregans
  • Chloroflexus aurantiacus – filamentöses, phototrophes Bakterium
  • Chloroherpeton thalassium
  • Chromobacterium violaceum – humanpathogenes Bakterium (Diarrhoe und andere Erkrankungen)
  • Chromobacterium violaceum
  • Chromohalobacter salexigens
  • Citrobacter koseri
  • Citrobacter rodentium
  • Clavibacter michiganensis
  • Clostridium acetobutylicumAceton- und Butanol-produzierendes Bakterium
  • Clostridium beijerinckii
  • Clostridium botulinum A
  • Clostridium botulinum F
  • Clostridium cellulolyticum
  • Clostridium difficile
  • Clostridium kluyveri
  • Clostridium ljungdahlii
  • Clostridium novyi
  • Clostridium perfringens – Erreger von Diarrhoe und anderen Erkrankungen
  • Clostridium phytofermentans
  • Clostridium tetaniTetanus-Erreger
  • Clostridium thermocellum
  • Comamonas testosteroni
  • Conexibacter woesei*
  • Colwellia psychroerythraea
  • Coprothermobacter proteolyticus
  • Coraliomargarita akajimensis
  • Corynebacterium aurimucosum
  • Corynebacterium efficiens – Bakterium, industriell zur Produktion von Aminosäuren u. a. genutzt
  • Corynebacterium diphtheriae – Erreger der Diphtherie
  • Corynebacterium glutamicum
  • Corynebacterium jeikeium - nosokomial pathogener Hautbewohner
  • Corynebacterium urealyticum
  • Corynebacterium kroppenstedtii – benannt nach einem Mikrobiologen der DSMZ
  • Coxiella burnetti – Erreger des Q-Fiebers
  • Cupriavidus taiwanensis
  • Cupriavidus metallidurans
  • Cyanothece sp.
  • Cytophaga hutchinsonii – Gram-negatives Bakterium mit der Fähigkeit zum Abbau kristalliner Cellulose

D

E

F

  • Fervidobacterium nodosum
  • Finegoldia magna
  • Flavobacterium psychrophilum
  • Flavobacterium johnsoniae
  • Francisella philomiragia
  • Francisella tularensis
  • Frankia alni
  • Fusobacterium nucleatum - verbreitetes Bakterium im Zahnbelag

G

H

  • Haemophilus ducreyi - Erreger des Schanker
  • Haemophilus influenzae - Erreger einer Erkältung
  • Haemophilus parasuis
  • Haemophilus somnus
  • Hahella chejuensis - Gamma-Proteobakterium, produziert das rotfarbige Pigment Prodigiosin
  • Halomonas elongata - Gamma-Proteobakterium, produziert den Zellschutzstoff Ectoin
  • Halorhodospira halophila
  • Halothermothrix orenii - thermophiles, halophiles, anaerobes Bakterium
  • Helicobacter acinonychis
  • Helicobacter hepaticus - Erreger chronischer Hepatitis und von Lebergeschwüren bei Mäusen.
  • Helicobacter pylori - Erreger von Magengeschwüren
  • Heliobacterium modesticaldum
  • Herminiimonas arsenicoxydans - Isolat aus Arsen-kontaminiertem Industrieschlamm
  • Herpetosiphon aurantiacus
  • Hyphomonas neptunium- marines, prosthekates Alpha-Proteobacterium

I-J-K

  • Idiomarina loihiensis
  • Jannaschia sp.
  • Janthinobacterium sp.
  • Ketogulonigenium sp.
  • Kineococcus radiotolerans
  • Klebsiella pneumoniae
  • Kocuria rhizophila
  • Korebacter versatilis

L

M

  • Macrococcus caseolyticus
  • Magnetospirillum gryphiswaldense
  • Magnetospirillum magnetotacticum
  • Mahella australiensis
  • Mannheimia succiniciproducens - symbiotisches Bakterium im Magen von Kühen
  • Marinitoga camini
  • Marinitoga piezophila
  • Marinobacter algicola
  • Marinobacter hydrocarbonoclasticus
  • Marinomonas sp.
  • Megasphaera elsdenii
  • Megasphaera micronucliformis
  • Meiothermus ruber
  • Meiothermus silvanus
  • Mesorhizobium ciceri biserrulae
  • Mesoplasma florum - Bakterium mit extrem kleinen Genom
  • Mesorhizobium loti - Knöllchenbakterium bei Lotus-Arten
  • Methylobacillus flagellatus
  • Methylobacterium extorquens
  • Methylobacterium nodulans
  • Methylocapsa acidiphila
  • Methylocella silvestris
  • Methylomicrobium album
  • Methylophaga thalassica
  • Methylosinus trichosporium
  • Micrococcus luteus
  • Microcoleus chthonoplastes
  • Microcoleus vaginatus
  • Microcystis aeruginosa
  • Microlunatus phosphovorus
  • Micromonas micros
  • Micromonospora aurantiaca
  • Micromonospora olivasterospora
  • Microscilla marina
  • Mitsuokella multacida
  • Mobiluncus curtisii
  • Mobiluncus mulieris
  • Mobiluncus vaginalis
  • Mogibacterium timidum
  • Moraxella bovis
  • Moraxella catarrhalis
  • Moraxella osloensis
  • Moritella sp.
  • Mycobacterium africanum
  • Mycobacterium bovis
  • Mycobacterium canetti
  • Mycobacterium chelonae
  • Mycobacterium chlorophenolicum
  • Mycobacterium intracellulare
  • Mycobacterium leprae - Erreger der Lepra
  • Mycobacterium liflandii
  • Mycobacterium marinum
  • Mycobacterium microti
  • Mycobacterium parascrofulaceum
  • Mycobacterium paratuberculosis - Erreger der Rinderkrankheit Johne's Desease
  • Mycobacterium tuberculosis - Erreger der Tuberkulose
  • Mycobacterium ulcerans
  • Mycoplasma agalactiae
  • Mycoplasma alligatoris
  • Mycoplasma amphoriforme
  • Mycoplasma arthritidis
  • Mycoplasma bovis
  • Mycoplasma capricolum
  • Mycoplasma crocodyli
  • Mycoplasma fermentans
  • Mycoplasma gallisepticum - Erreger einer chronischen Atemwegserkrankung bei Geflügel
  • Mycoplasma genitalium - Erreger von Infektionen des Genitaltraktes
  • Mycoplasma haemofelis
  • Mycoplasma hominis
  • Mycoplasma mycoides
  • Mycoplasma orale
  • Mycoplasma penetrans - Erreger von Entzündungen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege, evtl. assoziiert mit dem HI-Virus (AIDS)
  • Mycoplasma pneumoniae - Erreger einer Bronchitis
  • Mycoplasma pulmonis - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege bei Mäusen
  • Mycoplasma salivarum
  • Mycoplasma spermatophilum
  • Myxococcus xanthus - schwarmbildendes Deltaproteobakterium mit komplexem Entwicklungszyklus
  • Myxococcus fulvus
  • Myxococcus xanthus

N

O-P-Q

  • Oceanobacillus iheyensis - Tiefseebakterium
  • Ochrobactrum anthropi
  • Oenococcus oeni
  • Opitutus terrae
  • Orientia tsutsugamushi
  • Parabacteroides distasonis
  • Paracoccus denitrificans - denitrifizierendes Bodenbakterium
  • Parvibaculum lavamentivorans
  • Pasteurella multocida - Erreger von Vogelcholera und Ansteckendem Kaninchenschnupfen, Arthritis bei Schweinen und Menschen u.a.
  • Pediococcus pentosaceus
  • Pelagibacter ubique
  • Pelobacter carbinolicus
  • Pelobacter propionicus
  • Pelotomaculum thermopropionicum
  • Persephonella marina
  • Petrotoga mobilis
  • Photobacterium profundum
  • Photorhabdus luminescens - Bakterium in Symbiose mit insektenpathogenen Fadenwürmern
  • Phytoplasma asteris
  • Polaromonas naphthalenivorans
  • Polynucleobacter necessarius
  • Porphyromonas gingivalis - Erreger von Parodontose
  • Prochlorococcus marinus
  • Propionibacterium acnes
  • Prosthecochloris vibrioformis
  • Proteus mirabilis
  • Pseudoalteromonas atlantica
  • Pseudoalteromonas haloplanktis
  • Pseudomonas aeruginosa - als Opportunist bei geschwächtem Immunsystem pathogen
  • Pseudomonas entomophila
  • Pseudomonas fluorescens - produziert das fluoreszierende Pigment Pyoverdin
  • Pseudomonas mendocina - seltenes Humanpathogen
  • Pseudomonas putida - häufiges Bodenbakterium
  • Pseudomonas stutzeri
  • Pseudomonas syringae - pflanzenpathogenes Bakterium, u. a. an Tomaten
  • Psychrobacter arcticum
  • Psychrobacter cryohalolentis
  • Psychromonas ingrahamii

R

  • Ralstonia solanacearum - pflanzenpathogenes Bakterium, Welke bei Hunderten verschiedener Pflanzenarten
  • Renibacterium salmoninarum
  • Rhizobium etli
  • Rhizobium leguminosarum
  • Rhodobacter sphaeroides - phototrophes Bakterium
  • Rhodoferax ferrireducens
  • Rhodopirellula baltica - Rotes Meeresbakterium
  • Rhodopseudomonas palustris - Purpurbakterium
  • Rickettsia akari
  • Rickettsia bellii
  • Rickettsia canadensis
  • Rickettsia conorii - Erreger des Mittelmeer-Fleckfiebers
  • Rickettsia felis
  • Rickettsia massiliae
  • Rickettsia prowazekii - Erreger einer Typhus-Art
  • Rickettsia rickettsii
  • Rickettsia sibirica - Erreger von Zeckenfieber in Nordasien
  • Rickettsia typhi - Erreger des Mäusetyphus (auch humanpathogen)
  • Roseiflexus castenholzii
  • Roseobacter denitrificans
  • Rubrobacter xylanophilus
  • Ruthia magnifica

S

T

  • Thermoanaerobacter ethanolicus
  • Thermoanaerobacter tengcongensis - Bakterium aus heißen Quellen in der Volksrepublik China
  • Thermoanaerobacter pseudoethanolicus
  • Thermobifida fusca
  • Thermosipho melanesiensis
  • Thermosynechococcus elongatus
  • Thermotoga lettingae
  • Thermotoga maritima - sehr säureliebendes Bakterium
  • Thermotoga petrophila
  • Thermus thermophilus - hitzeliebendes, aquatisches Bakterium, Enzyme des Bakteriums finden u.a. Einsatz in der PCR
  • Thiobacillus denitrificans
  • Thiomicrospira crunogena
  • Treponema pallidum - Erreger der Syphilis
  • Treponema denticola
  • Tropheryma whipplei - Erreger der Whipple-Krankheit

U-V-W

  • Ureaplasma parvum
  • Ureaplasma urealyticum - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes
  • Verminephrobacter eiseniae
  • Vesicomyosocius okutanii
  • Vibrio cholerae - Erreger der Cholera
  • Vibrio fischeri - Leuchtbakterium, das im Meer lebt und für den Nachweis von Schadstoffen verwendet wird, u. a. für die Qualitätsbestimmung von Abwasser
  • Vibrio harveyi
  • Vibrio parahaemolyticus - Erreger schwerer Magen-Darm-Entzündungen
  • Vibrio vulnificus - Meeresbakterium, kann bei Verzehr von rohen Meeresorganismen zu Erkrankungen führen
  • Wigglesworthia glossinidia
  • Wolbachia pipientis
  • Wolinella succinogenes - Bakterium im Rindermagen

X-Y-Z


    • Cyanobakterien (veraltete Bezeichnung: „Blaualgen“)
    • Anabaena spec. - mehrzellig, Trichom-bildend
    • Gloeobacter violaceus - mit Schleimkapseln
    • Prochlorococcus marinus - Meeresbakterium
    • Synechococcus spec. - im Meer lebend
    • Synechocystis spec. - im Meer lebend
    • Thermosynechococcus elongatus - thermophil

Eukaryoten

Protisten

Pilze

Pflanzen

Tiere

Einzelnachweise

  1. Co-Discoverer Of DNA Presented With His Own Genome Sequence
  2. Merchant et al.; Prochnik, SE; Vallon, O; Harris, EH; Karpowicz, SJ; Witman, GB; Terry, A; Salamov, A et al.: The Chlamydomonas Genome Reveals the Evolution of Key Animal and Plant Functions Science 318 (5848): 245–250.
  3. http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/315/5809/207
  4. http://idw-online.de/pages/de/news141021
  5. Daniel Lang, Andreas Zimmer, Stefan Rensing, Ralf Reski(2008): Exploring plant biodiversity: the Physcomitrella genome and beyond. Trends in Plant Science 13, 542-549. [1]
  6. Researchers sequence genome of corn, a key crop
  7. http://www.nature.com/nature/journal/v453/n7198/abs/nature06967.html
  8. Colbourne J, Pfrender ME, Gilbert D et al (2011) The ecoresponsive genome of Daphnia pulex. Science 331:555–560
  9. C.M. Wade et al.: Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse. Science, doi: 10.1126/science.1178158.
  10. http://www.wissenschaft.de/wissenschaft/news/285014.html
  11. Nene V, Wortman JR et al.:Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector.Science. 2007 May 17, PMID 17510324
  12. Sea Urchin Genome Sequencing Consortium; Sodergren E. et al.The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Science. 2006 Nov 10;314(5801):941-52. PMID 17095691
  13. Tribolium Genome Sequencing Consortium, Richards S, Gibbs RA, et al.: The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum. Nature. 2008 Apr 24;452(7190):949-55. Epub 2008 Mar 23. PMID 18362917

Weblinks

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