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SARS-CoV | SARS-CoV-2

Versionen in der Diskussion zu „SARS-CoV“

Überschrift: (#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie)

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Versionen für „SARS-CoV“

Direkt vor dem Einfügen der Anmerkung:

https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&diff=209300463&oldid=206307940

https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=209300463 / 2021-02-28T18:08:40 Ernsts Diskussion Beiträge K  23.719 Bytes +26  HC: Ergänze Kategorie:Coronaviren /

Ref Nr. 10, Einzelnachweis in SARS-CoV - https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=209300463#cite_note-CSG20190211-10

  • Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M. Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L. M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr: . In: . 11. Februar 2020, bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext), S. 1–20, doi:10.1101/2020.02.07.937862 (englisch).

Anmerkung eingefügt:

https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&diff=209455000&oldid=209300463

https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=209455000 / 2021-03-04T19:53:12 Dirk123456 Diskussion Beiträge  25.787 Bytes +2.068  Siehe Diskussion (Diskussion:SARS-CoV#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie). /

Ref Nr. A1, Anmerkung in SARS-CoV - https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=209455000#cite_note-Anm-Schwesterkladen-CSG-3

  • In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ bzw. „SARS-CoV“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses), welches sich mit der offiziellen Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder die „Spezies“) als kleinste verwendbare Einheit (Taxon) für diese Einteilung. Die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae, CSG („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), bezeichnete die beiden Viren, „SARS-CoV“ (jenes Virus, das die Krankheit SARS hervorrufen kann) und „SARS-CoV-2“ (jenes Virus, das die Krankheit COVID-19 hervorrufen kann) als Kladen, als „Schwesterkladen“ („sister clades“) innerhalb derselben Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (Gorbalenya et al., 2020; PMID 32123347).

Ref Nr. 3, Einzelnachweis in SARS-CoV - https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=209455000#cite_note-CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347-4

  • Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses., Gorbalenya, A.E., Baker, S.C. et al.: . In: . Band 5, Nr. 4, April 2020, ISSN 2058-5276, S. 536–544, doi:10.1038/s41564-020-0695-z, PMID 32123347, PMC 7095448 (freier Volltext) – (nature.com).

Ref Nr. 11, Einzenachweis in SARS-CoV - https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV&oldid=209455000#cite_note-CSG20190211-12

  • Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M. Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L. M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr: . In: . 11. Februar 2020, bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext), S. 1–20, doi:10.1101/2020.02.07.937862 (englisch).

Versionen für „SARS-CoV-2“

Z. Z. aktuelle Version:

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Ref Nr. 4, Einzelnachweis in SARS-CoV-2 - https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=211019341#cite_ref-CSG20200211_3-0

  • Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L.M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr: . In: . 11. Februar 2020, bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext), S. 1–20, doi:10.1101/2020.02.07.937862 (englisch).

Fazit

In SARS-CoV und in SARS-CoV-2 ist jeweils ein Preprint als Einzelnachweis enthalten, der in beiden Fällen mit name="CSG20190211" benannt wurde. In SARS-CoV wurde zusätzlich die endgültige Veröffentlichung, name="CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347", aufgenommen. Das geschah, um zu belegen, dass es keine „Unterart“ gibt. In der Infobox Virus hatte ich in der Rubrik „Unterart“ neben „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ eine Anmerkung angebracht, name="Anm-Schwesterkladen-CSG", in der dargestellt wurde, dass die CSG, die Coronaviridae-Arbeitsgruppe des ICTV („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), keine Unterart oder ähnliches propagiert hat, sondern „Kladen“ und „Schwesternkladen“ innerhalb der „spezies“.

SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade}ßßHallo, in diesem Beitrag geht es mir um die Einordnung von SARS-CoV-2 innerhalb der Virusart: „species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus“.

ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.001| ↓ Themenrelevante Veröffentlichung und Preprint ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.002| ↓ Definition: Was ist „SARS-CoV-2“? ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.003| ↓ Kategorie: Wie gruppiert man Viren innerhalb einer taxonomischen Art? ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.004| ↓ Taxon als Kategorie: Unterart ist nicht genemigt ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.005| ↓ Klade als Kategorie: SARS-CoV-2 und Schwesterklade ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.006| ↓ Fazit ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.007| ↓ Anmerkung in der Infobox ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.008| ↓ Plan ↓ ]ßß ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.Ende| ↓ Ende des Beitrags ↓ ]ßß

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.001}ßßThemenrelevante Veröffentlichung und Preprint

Die Benennung und Einordnung von SARS-CoV-2 erfolgte durch das „Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren“, ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses), oder genauer: durch die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae dieses Kommitees („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“). Die entsprechende Veröffentlichung erfolgte 2020 in Nature Microbiology und lautet:

Die Arbeit wurde am 5.2.'20 eingereicht bzw. empfangen (Received: 05 February 2020), am 19.2.'20 angenommen (Accepted: 19 February 2020), am 2. März 2020 in der gültigen Fassung online veröffentlicht (Published: 02 March 2020) und in der April-Ausgabe 2020 sozusagen „abgeheftet“ (Issue Date: April 2020).

Der gesamte „Veröffentlichsvorgang“ begann mit einem Preprint. Der Preprint hat genau eine Version, die am 11. Februar 2020 „gepostet“ wurde und gegenwärtig im Artikel SARS-CoV-2 als Einzelnachweis zitiert wird:

Der Preprint wird üblicherweise mit einer Autorenliste zitiert, hier im Weiteren in dieser Kurzform:

die eigentliche Publikation wird üblicherweise mit der Arbeitsgruppe als Autor an erster Stelle zitiert, hier in dieser Kurzform:

„ICTV-CSG“ ist ein Ausdruck, der in der Publikation selbst in Abbildung 1 (Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.) für die durch das zuständige Kommitee (ICTV) beauftragte Coronaviren-Arbeitsgruppe (CSG) verwendet wurde.

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.002}ßßDefinition: Was ist „SARS-CoV-2“?

Die Einordnung von „SARS-CoV-2“ ist schwierig. Es ist kein einzelner Stamm, wie das durch WikiData (oldid=1396970385 – 6.4.'21) suggeriert wird und es ist keine Unterart, weil in der Virentaxonomie (aus gutem Grund) unterhalb der Art keine festen Ränge zugeordnet werden. In der „Vorlage:Infobox Virus“ (oldid=210116141 – 23.3.'21), die gegenwärtig als Infobox im Artikel SARS-CoV-2 (oldid=211069385 – 18.4.'21) angewendet wird, gibt es aber den Parameter „Subspezies“ (bzw. in der resultierenden Infobox die Rubrik „Unterart“), der dennoch angewendet wurde.

Verbindlich wäre dass, was dazu in der relevanten Veröffentlichung der Arbeitsgruppe für Coronaviren des Kommitees für Virentaxonomie steht; Publ:ICTV-CSG (2. März 2020), ungefähr übersetzter Titel:

  • „Die Virusspezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: Klassifizierung von 2019-nCoV und Benennung als SARS-CoV-2“  ―  (originaler Titel: „The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2“).

Wenn man in der Arbeit mit entsprechenden Wörtern oder Wortteilen sucht, die auf eine Einordnung hinweisen, dann findet man zwar etwas für "species", nichts aber für "subspec" („subspecies“, „Unterart“). Mit "virus" oder mit "group" findet man sehr, sehr viel, so dass man allein damit nicht viel weiter kommt. Mit "cluster" findet man einiges. Die Wörter bzw. Wortteile "taxa" und "taxo" treffen auf ca. dreißig Stellen im Text (z. B. in „software, which defines taxa and ranks“ oder in „coronavirus taxonomy“).

Für die übersichtsweise und bildliche Orientierung sind aus meiner Sicht (in Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020) zwei Schemata hilfreich:

  • in Box 1, ungefähr übersetzt:  ―  „Kasten 1 Entdeckung und Benennung von Viren: von krankheitsbedingt bis phänotypfrei“  ―  (original: Box 1 Virus discovery and naming: from disease-based to phenotype-free) und
  • in Fig. 1, ungefähr übersetzt:  ―  „Abbildung 1 Taxonomie ausgewählter Coronaviren.“  ―  (original: Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.).

In Box 1 wird gezeigt, in welchem Dilemma sich die Virentaxonomie befindet. Die Weltgesundheitsorganisation, WHO, hat die Autorität, Krankheiten (insbesondere Seuchen) zu benennen und das Internationale Kommitee für Virentaxonomie, ICTV, hat die Autorität, Viren zu benennen:

  • die WHO hatte zwei Seuchen benannt (oder deren Benennung bestätigt), nämlich SARS und MERS, und
  • die „ICTV-CSG“ (die Arbeitsgruppe des ICTV) hatte zwei Seuchen-verursachende Viren benannt, nämlich SARS-CoV und MERS-CoV.

Im Jahr 2019 kam dann eine dritte Seuche dazu, die von der WHO als COVID-19 bezeichnet wurde. Die ersten beiden Seuchen wurden von zwei Coronaviren ausgelöst, die unterschiedlichen Virusarten angehören; die dritte Seuche wurde von einem Virus ausgelöst, dass der gleichen Virusart angehört, wie jenes Virus der ersten Seuche.

Das alte „Muster der Namensbildung“:  ―  „X Y Respiratory Syndrome → XYRS → XYRS-CoV“  ―  funktionierte nun nicht mehr.

In Fig. 1 (Abbildung 1) werden weitere Dilemmata deutlich:

  • die Taxonomie der Viren hat nichts mit der Taxonomie der Wirtsorganismen zu tun;
  • die Viren innerhalb einer Art werden nur benannt, aber keinem taxonomischen Rang zugeordnet.

In der Abbildung werden die Verhältnisse bei der Virusart („Species“) Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus mit den Verhältnissen bei der Säugetierart Homo sapiens verglichen, bei der es unterhalb der Art ebenfalls nur Individuen gibt und keine weiteren taxonomischen Ränge (wie bspw. Unterarten). Die Namen von Individuen können etwas mit der Herkunft zu tun haben, müssen aber nicht.

Die ICTV-CSG gibt keinen besonders praktikablen Ratschlag, wie man die Kategorie nennen soll, in der die beiden Gruppen von Stämmen oder Isolaten (Gruppe zu „SARS-CoV“ und Gruppe zu „SARS-CoV-2“) angesiedelt sind. Die ICTV-CSG macht Vorschläge zu genauen Benennung eines Isolates oder Stammes („isolate or strain number“); Übersetzung:

  • „Die vorgeschlagene Namenskonvention enthält einen Verweis auf den Wirtsorganismus, aus dem das Virus isoliert wurde, den Ort der Isolierung (geografischer Ort), eine Isolat- oder Stammnummer und den Zeitpunkt der Isolierung (Jahr oder detaillierter) im Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum; z. B. SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019. Diese vollständige Bezeichnung sollte zusammen mit zusätzlichen und wichtigen Merkmalen wie dem pathogenen Potenzial beim Menschen oder anderen Wirten in die Übermittlung jeder Isolat-Genomsequenz an öffentliche Datenbanken wie die GenBank einbezogen werden. In Veröffentlichungen könnte dieser Name mit einer Sequenzdatenbank-ID erweitert werden, z. B. SARS-CoV-2/human/Wuhan/X1/2019_XYZ12345 (fiktives Beispiel), wenn dies erstmals im Text erwähnt wird.“

Beim künftig empfohlenen „Format Virus/Wirt/Ort/Isolat/Datum“ („format virus/host/location/isolate/date“) lassen sich Wirt, Ort und Datum vermutlich leicht bestimmen, für das Isolat lässt sich eine Bezeichnung bzw. Stammnummer festlegen, aber was genau ist „das Virus“? (Textstelle in Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020: „The proposed naming ... that the virus was isolated ... mentioned in the text.“)

Eine Form der Definition von „das Virus“ ist die Bestimmung der Verwandschaftsbeziehungen.

In Fig. 2, ungefähr übersetzt:  ―  „Abbildung 2 Phylogenetik der Coronaviren.“  ―  (in Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020: Fig. 2: Phylogeny of coronaviruses.), gibt es phylogenetische Grafiken, in denen die Positionen „SARS-CoV“, „SARS-CoV-2“ und „MERS-CoV“ dunkelrot hervorgehoben wurden, also jene Coronaviren, die schwere Atemwegserkrankungen hervorrufen. Andere Positionen, z. B. „SARS-CoV PC4–227“ und „SARS-CoVr RaTG-13“, sind nicht hervorgehoben. Die beiden letztgenannten Positionen sind in den phylogenetischen Grafiken direkt zu den dunkelroten „SARS-CoV“- bzw. „SARS-CoV-2“-Positionen benachbart:

  • SARS-CoV ist eine dunkelrot hervorgehobene Position in Fig. 2 (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020). In der Abbildungsunterschrift wird die GenBank-Zugriffsnummer AY274119.3 angegeben. In GenBank heißt das Virus „SARS coronavirus Tor2“. Dem Eintrag wurde die Publikation He et al. (2004; PMID 15020242) zugeordnet. Der Wirt ist der Mensch (Homo sapiens); die Bezeichnung des Isolats, „Tor2“, bezieht sich auf den Patienten Nr. 2 in Toronto (Ontario, Kanada).
  • SARS-CoV PC4–227 wird in Fig. 2 als eng verwandtes Virus zu SARS-CoV angezeigt und bezieht sich auf ein Virusisolat, das in der Sequenzdatenbank GenBank die Zugriffsnummer AY613950.1 hat. In GenBank heißt das Virus „SARS coronavirus PC4-227“. Dem Eintrag wurde die Publikation Song et al. (2005; PMID 15695582) zugeordnet. Der Wirt ist eine Schleichkatze („palm civet“, vermutlich Paguma larvata).
  • SARS-CoV-2 ist eine dunkelrot hervorgehobene Position in Fig. 2. In der Abbildungsunterschrift wird GenBank-Zugriffsnummer MN908947.3 angegeben; dort heißt das Virus „Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)“. Dem Eintrag wurde die Publikation Wu et al. (2020; PMID 32296181) zugeordnet. Der Wirt ist der Mensch (Homo sapiens); die Bezeichnung des Isolats, „Wuhan-Hu-1“, bezieht sich auf den Ort Wuhan (Hubei, China).
  • SARS-CoVr RaTG-13 wird in Fig. 2 als eng verwandtes Virus zu SARS-CoV-2 angezeigt und bezieht sich auf ein Virusisolat, das in der Sequenzdatenbank GenBank die Zugriffsnummer MN996532.2 hat. In GenBank heißt das Virus „Bat coronavirus RaTG13“. Dem Eintrag wurde die Publikation Zhou et al. (2020; PMID 32015507) zugeordnet. Der Wirt ist eine Fledermaus (Rhinolophus affinis).

Man sieht hier, dass die Namen und die vermuteten Verwandtschaftsverhältnisse nicht viel miteinander zu tun haben müssen. Stämme, die „SARS-CoV“ ähneln, aber unmittelbar kein SARS beim Menschen verursachen, tragen manchmal das Präfix „SARS-CoV“ und manchmal nicht. Die verschiedenen Formen von „SARS-Coronavirus“, „dem SARS-Coronavirus ähnliches Virus“, „zu SARS gehöriges Coronavirus“, die sich in Benennung wiederfanden und wiederfinden, machen es auch nicht einfacher.

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.003}ßßKategorie: Wie gruppiert man Viren innerhalb einer taxonomischen Art?

Eigentlich hatte das vermutlich ICTV nicht vor, Gruppierungen innerhalb des kleinsten Taxons, „species“, offizielle Namen zu geben. Die Taxonomie der Viren basiert auf den Genotyen. Die Einteilung von Krankheiten ist nicht deckungsgleich dazu, den sie basiert sozusagen auf Phänotypen. Da Viren aber Krankheiten verursachen, benötigt man auch Kategorien, die irgendwie beides schaffen, ein Viren hinsichtlich der verursachten Krankheit und ihrer Ähnlichkeit zuzuordnen. Ich stelle mal kurze rhetorische Fragen zur Benennung einer anwendbaren Kategorie unterhalb der Art.

  • Virus?  ―  Das scheint eins der am sichersten zutreffenden Wörter innerhalb der Virologie zu sein. Alles, was sonst keine Kategorie findet, ist „ein Virus“. Das Problem mit diesem Wort ist die außerordentliche Beliebigkeit. Sind nun die Varianten von SARS-CoV-2 auch „das Virus SARS-CoV-2“ oder nicht?
  • Stamm?  ―  Das ist – zumindest für SARS-CoV-2 – von dem, was in der Wikipedia kursiert, bisher noch mit am dichtesten dran. Allerdings werden Stamm und Isolat mehr oder weniger synonym gebraucht und nicht im Sinne von „Abstammung“. Schwierig wird das vor allen für das andere, „echtes SARS verursachende Virus“, das „SARS-CoV“ genannt wurde. Die Silbenkombination steht für verschiedene Stämme.
  • Entität?  ―  Ich bilde mir ein, vor urgrauen Zeiten mal in einer Vorlesung solch einen Ausdruck, Virus-Entität oder Viren-Entität, gehört zu haben; Googeln damit oder mit ähnlichen Ausdrücken hat aber (bisher?) keine Treffer ergeben.
  • Pathovar?  ―  Das Wort Pathovar stammt aus der Bakteriologie. Der Begriff dient zwar dazu, einen Stamm oder eine Gruppe von Stämmen gleicher Pathogenität innerhalb der gleichen Art zu definieren, aber eben eher bei Bakterien. Der Ausdruck „Pathovar“ wird nicht angewendet (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020).
  • Unterart?  ―  Ausdrücke, die ein Taxon benennen, das unterhalb der Virusspezies angesiedelt ist, treffen mit Sicherheit nicht zu. Sowohl in der Arbeit zur Klassifizierung von 2019-nCoV und seiner Benennung als SARS-CoV-2 (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020) als auch in einer entsprechenden Liste (hier zum Download: vmr-file-repository/10312) wird deutlich darauf hingewiesen, dass unterhalb der „species“ in der Virentaxonomie keine Taxa angewendet werden.
  • Klade?  ―  Der Begriff „Klade“ ist thematisch mit Sicherheit relevant. Die Frage ist nur, wie die Anwendung von Kladen in Bezug auf SARS-CoV und SARS-CoV-2 genau gemeint ist. Es ist von „SARS-CoVs“ als Prototyp und einer Schwesterklade in Bezug zu „SARS-CoV-2“ die Rede (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020).

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.004}ßßTaxon als Kategorie: Unterart ist nicht genemigt

Es ist schwierig, herauszufinden, welche Kategorie für SARS-CoV-2 in Frage kommt. Allerdings lässt sich belegen, dass SARS-CoV-2 keine Unterart sein kann, da es bisher keine Unterarten in der Virentaxonomie gibt:

  • Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020:
    • Unter der Überschrift „Classifying and naming viruses and virus species“ steht Folgendes:  ―  „Viruses are clustered in taxa in a hierarchical scheme of ranks in which the species represents the lowest and most populous rank ...“
    • Ungefähre Übersetzung der Überschrift: „Klassifizierung und Benennung von Viren und Virusarten“ und des Textausschnitts:  ―  „Viren werden in Taxa in einem hierarchischen Schema von Rängen zusammengefasst, in dem die Art den niedrigsten und bekanntesten Rang darstellt, ...“
  • https://talk.ictvonline.org/information/w/faq/386/how-to-write-virus-species-and-other-taxa-names
    • Hier geht die Einordnung von „realm“ als höchstes Taxon bis zu „species“ als kleinstes Taxon. Das nächstkleinere Taxon wäre „subspecies“ – wenn es das gäbe. Weder diese, noch ein anderer Ausdruck für ein Taxon unterhalb der Art ist im Text zu finden.
  • https://talk.ictvonline.org/taxonomy/vmr/m/vmr-file-repository/10312
    • Hier lässt sich die Excel-Datei „VMR 010820 MSL35.xlsx“ herunterladen, die zwei Arbeitsblätter enthält: „VMRb35 010820 MSL35“ und „Column definitions“.
    • Das erste Blatt („VMRb35 010820 MSL35“) enthält die konkreten Daten zu den einzelnen Viren, das zweite („Column definitions“) die Legende.
    • Für die Spalte „Q“ bzw. „Species“ im eigentlichen Arbeitsblatt („VMRb35 010820 MSL35“) steht in der Legende („Column definitions“) unter „Definition“ Folgendes:
    •   ―  „A 'species' is the lowest taxonomic rank in the hierarchy approved by the ICTV. While subspecies levels of classification may exist for some viruses, the ICTV is not currently responsible for the classification of viruses below the species level.“

Übersetzung der letzten beiden Sätze für de Definition des niedrigsten taxonomische Ranges:

  • „Eine 'species' ist der niedrigste taxonomische Rang in der vom ICTV genehmigten Hierarchie. Während für einige Viren Klassifizierungsstufen auf Ebene von 'subspecies' existieren können, ist das ICTV derzeit nicht für die Klassifizierung von Viren unterhalb der Artenstufe verantwortlich.“

Fakt ist, dass das ICTV sich mit der Klassifizierung von Viren unterhalb der Stufe von einer „species“, nämlich Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, beschäftigt hat (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020), nicht aber mit der Definition eines Taxons unterhalb der Artenstufe, also unterhalb von „species“. Das „classifying“ im Titel:

  • „The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2“

bezieht sich lediglich auf Verzweigungen in Kladen, die Untersuchungen zu Ähnlichkeiten abbilden, nicht aber auf Taxa, die verbindliche Rangstufen haben würden (also z. B. „subspecies“).

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.005}ßßKlade als Kategorie: SARS-CoV-2 und Schwesterklade

Die Schlüsselwörter dafür, wie man SARS-CoV-2 einordnen sollte, sind wohl „Klade“ und „Schwesterklade“. Es gibt einen Satz in der Zusammenfassung („Abstract“) der hier meiststrapazierten Quelle (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020), den ich für einen ähnlichen Artikel, SARS-CoV, bereits zweimal übersetzt habe (Artikel-Diskussion zu SARS-CoV: erste und zweite Übersetzung). Der kritische Punkt für zwei Übersetzungen ist die Frage nach Singular oder Plural. Den betreffenden Satz und die zwei Übersetzungen gebe ich hier wieder:

  • Originaler Text (im „Abstract“, Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020):  ―  „Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG recognizes this virus as forming a sister clade to the prototype human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, and designates it as SARS-CoV-2.“
  • Erste ungefähre Übersetzung, Mehrzahl-Form (die Prototypen):  ―  „Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade in Bezug zu den Prototypen von Coronaviren mit schwerem akutem respiratorischem Syndrom (SARS-CoVs) beim Menschen und bei Fledertieren bildet, wobei die genannten Kladen zur Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus gehören, und bezeichnet es [das Virus] als SARS-CoV-2.“
  • Zweite ungefähre Übersetzung, Einzahl-Form (der Prototyp):  ―  »Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG, dass dieses Virus [zuvor „2019-nCoV“ genannt] eine Schwesterklade zum Prototyp „human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses“ (SARS-CoVs) der Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus bildet und bezeichnet es als SARS-CoV-2.«  ―  Der Prototyp hieße übersetzt in etwa: „Coronaviren des schweren akuten respiratorischen Syndroms beim Menschen und bei Fledermäusen“.

Die erste Übersetzung ist aus meiner Sicht leichter zu lesen, die zweite ist dichter am Original. Die erste Übersetzung liest sich eher so, als wenn zu mehreren Kladen („zu mehreren Schwestern“) eine neue Schwesterklade hinzu käme, die zweite Übersetzung liest sich eher so, als wenn zu nur einer Klade eine zweite hinzu käme. Warum der Prototyp nur Menschen und Fledermäuse als Wirte einbezieht, aber keine Schleichkatzen, lässt sich auch nicht ohne Weiteres erkennen.

Übrigens ist der entsprechende Satz im Preprint etwas schlichter konstruiert:

  • Vorläufiger, „alter“ Text (im „Abstract“, Preprint:Gorbalenya et al., 11. Feb. 2020):  ―  „Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG formally recognizes this virus as a sister to severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus and designates it as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).“
  • ungefähre Übersetzung: »Basierend auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis erkennt das CSG dieses Virus offiziell als Schwester der „severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs)“ der Art Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus an und bezeichnet es als „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)“.«

An diesem vorläufigen, „alten“ Text merkt man noch besser, als das dies beim endgültigen Text der Fall ist, in welchen Dilemma die Arbeitsgruppe für Coronaviren des ICVT steckte: sie wollte oder sollte „dieses Virus offiziell als Schwester“ anerkennen, obwohl es die anderen „Schwestern“, nämlich „severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs)“, offiziell gar nicht gibt.

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.006}ßßFazit

Die Situation ist unbefriedigend. Es gibt keine einfache und sinnvolle Kategorie, in die SARS-CoV-2 ohne umständliche Erklärung „gesteckt“ werden kann und es gibt daraus resultierend keine besonders klare Definition.

Würde sich das ICTV entschließen, Unterarten (bzw. „subspecies“) einzuführen, würde dies auch das grundsätzliche Problem nicht lösen, nämlich dass ein Taxon Viren nur nach genotypischer Ähnlichkeit zusammenfasst und nicht nach praktischen Aspekten, z. B. in Bezug auf die Pathogenität. Im Gegenteil, die Zuordnung von neuen Viren zu noch kleineren taxonomischen Einheiten, als es die Art ist, wäre schwieriger und würde vermutlich entsprechend länger dauern.

Wie dem auch sei, die „Unterart“ gibt es in der Virus-Taxonomie bisher nicht und die Zuordnung zu einer „Klade“ wurde publiziert (Publ:ICTV-CSG, 2. März 2020).

Es gibt aus meiner Sicht zwei Möglichkeiten, dass darzustellen:

  1. Man bringt in der gegenwärtig im Artikel SARS-CoV-2 angewendeten Infobox bei der Rubrik „Unterart“ eine Anmerkung an, dass es eigentlich keine Unterart ist, sondern dass das Virus lediglich einer Klade angehört.
  2. Man vermeidet die Nennung der Rubrik „Unterart“, indem man die „Infobox Virus" vermeidet.

Man kann auch beides machen; in einem ersten Schritt merkt man die Besonderheit an und in einem zweiten Schritt (bzw. weiteren Schritten) werden die gewünschten Informationen aus der Infobox ohne Infobox. dargestellt.

Beim Artikel SARS-CoV bin ich in dieser Reihenfolge vorgegangen. In der Diskussion (z. Z. aktuell [20.4.'21]: Diskussion:SARS-CoV&oldid=210985639) habe ich das Anbringen der Anmerkung zur „Unterart“ dokumentiert:

und später den Austausch der Infobox durch eine andere Darstellung:

Das Erste (mit der Anmerkung) geht normalerweise einfacher das Zweite und das würde ich erste inmal umsetzen. Das Zweite (mit der Vermeidung der Infobox) sollte man sich danach einmal überlegen.

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.007}ßßAnmerkung in der Infobox

Anmerkungen haben im Vergleich zu Fließtext die Besonderheit, dass man keine Einzelnachweise innerhalb des Textes anbringen kann, jedenfalls dann nicht, wenn beides auf Referenzen durch ref- und references-Tags beruht. Weiterhin sind z. B. Zeilenumbrüche speziell, sodass man sie weglassen sollte. Der Anmerkungstext, den ich anbringen möchte, könnte also so ausehen:

  • In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“ bzw. „SARS-CoV-2“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses), welches sich mit der offiziellen Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder die „Spezies“) als kleinste verwendbare Einheit (Taxon) für diese Einteilung. Die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae, CSG („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), verwendet den Begriff Klade bzw. „Schwesterklade“ („sister clade“) für die Zuordnung von „SARS-CoV-2“ gegenüber anderen Viren innerhalb derselben Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (CSG, Gorbalenya et al., 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

In Infoboxen, die auf Vorlagen basieren, kommen noch einige andere Sachen dazu. Es ist z. B. wenig Platz vorhanden. Es gibt mittlerweile in der Wikipedia zwei übliche Kennungen, um Referenzen als Anmerkungen kenntlich zu machen und von den Einzelnachweisen abzugrenzen: „Anm.“ und „A“. In Tabellenzellen dürfte die kürzere Variante (in dieser Weise[A 1]) günstiger wirken als die längere Variante (in dieser Weise[Anm. 1]).

Gegenwärtig sind im Artikel SARS-CoV-2 mehrere Formen von Referenzierungs-Varianten für Einzelnachweise vorhanden:

  1. solche, die keinen Namen haben und einmal angewendet werden, wobei der Inhalt des Einzelnachweises (...) zwischen den Tags steht (<ref>...</ref>);
  2. solche, die mehrfach im Text angewendet werden und vom Visual Editor (WP:VE, H:VE) eine Nummer als Name zugewiesen bekommen haben, wobei der Inhalt bei der ersten Anwendung zwischen zwei gepaarten Tags steht (<ref name=":0">...</ref>) und bei den folgenden Anwendungen desselben Einzelnachweises jeweils ein einzelner Tag mit dieser Nummer als Namen identifiziert werden kann (<ref name=":0" />);
  3. solche, bei denen ein Name selbst gewählt wurde (Quelltexteditor) und der Inhalt des Einzelnachweises bei einer Anwendung zwischen den Tags steht (<ref name="ICTV_MSL#35">...</ref>) und bei weiteren Anwendungen desselben Einzelnachweises jeweils ein einzelner Tag mit diesem Namen identifiziert werden kann (<ref name="ICTV_MSL#35" />);
  4. desweiteren gibt es solche Einzelnachweise, bei denen an allen Stellen der Anwendung immer ein einzelner Tag verwendet wird (<ref name="abas_einstuf" />), weil der Inhalt des Einzelnachweises zwischen einem einem öffnenden und einem schließenden Tag im Bereich der Referenzliste eingetragen wurde.

Die letzte Variante (4.) sieht so aus: 

== Einzelnachweise ==
<references responsive>
<ref name="abas_einstuf">
...
</ref>
...
</references>

Bei der Einführung von Anmerkungen käme ungefähr das Gleiche in grün nochmal dazu. Da die Anmerkung in einer Infobox angebracht werden soll, kann man den Visual Editor nicht unmittelbar verwenden. Die Infobox basiert auf einer Vorlage (Vorlage:Infobox Virus) und man muss die Referenz als Wikitext beim Wert des Parameters Subspezies „absetzen“. Da der Visual Editor (WP:VE, H:VE) nicht in gleicher Weise wie bei Fließtext anwendbar ist, scheiden die oben genannten Varianten 1. und 2. aus. Die Anmerkung viel Text hat, würde von den verbleibenden Varianten (3. und 4.) die Varianten 4. wahrscheinlich die übersichtlichere sein. Das sähe dann so aus, dass ein Einzel-Tag neben dem Wert des Parameter Subspezies platziert würde (<ref name="Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A" />) und der Inhalt der Anmerkung in der Liste weiter unten eingetragen wäre: 

== Anmerkungen ==
<references group="A">
<ref name="Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A">
...
</ref>
</references>

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.008}ßßPlan

Es werden mindestens zwei weitere Referenzen zu den jetzigen benötigt: ein Einzelnachweis und eine Anmerkung.

Der Einzelnachweis soll "CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347" heißen und die Anmerkung (group="A") soll name="Anm-Schwesterkladen-CSG" heißen. Der geplante Einzelnachweis ("CSG-naming-it-SARS-CoV-2_PMID32123347") entspricht der hier häufig zitierten Veröffentlichung Publ:ICTV-CSG (2. März 2020) und ein bereits bestehender Einzelnachweis ("CSG20200211") entspricht dem Preprint:Gorbalenya et al. (11. Feb. 2020). Ein weiterer Einzelnachweis, der bereits besteht ("ICTV_MSL#35"), wird an zusätzlichen Stellen in der Einbindung der Vorlage:Infobox Virus angewendet. (z. Z. [20.4.'21]: oldid=210116141 vom 23.3.'21).

Es gibt drei Textbereiche, an denen Änderungen erfolgen sollen:

  • Textbereich 1 (von 3), innerhalb der Einbindung der Vorlage:Infobox Virus;
  • Textbereich 2 (von 3), oberhalb der Referenzliste für die Einzelnachweise – zum Einfügen von Anmerkungen;
  • Textbereich 3 (von 3), innerhalb der Referenzliste für die Einzelnachweise – für den neuen Einzelnachweis.

Die Änderungen im Artikel sollen mit Planungskommentaren kommentiert werden:

  • Einfügen von Planungskommentaren (Status: in Vorbereitung.)
  • Umsetzung laut der Planungskommentare (Status: umgesetzt.)
  • Entfernen der Planungskommentare.

ßß{Anker|Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade.Ende}ßßEnde des Beitrags

Am Ende steht in diesem Betrag, dass ich vorläufig eine Anmerkung in der Rubrik „Unterart“ in der Infobox des Artikels „SARS-CoV-2“ anbringen möchte, um die implizite, aber widerlegbare Aussage zu relativieren, dass das Virus eine „Unterart“ wäre. | ßß[#Dirk123456.2021-04.p1a-e5d.anm-klade|Zum Anfang des Beitrags↑]ßß | ßß[#SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade|Zur Überschrift↑]ßß | 

MfG --~~

Planungskommentare

Start: Tb 1 (von 3; Planungskommentar)

Thema: "SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade" (siehe Diskussion).

Beschreibung: Im Textbereich 1 befindet sich eine Vorlagen-Einbindung für eine Infobox, in der Referenzen geändert werden sollen.

Im Wesentlichen geht es darum, eine zusätzliche Anmerkung anzubringen.

Status: in Vorbereitung.

Ende: Tb 1 (von 3; Planungskommentar)

Start: Tb 2 (von 3; Planungskommentar)

Thema: "SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade" (siehe Diskussion).

Beschreibung: Im Textbereich 2 soll eine Referenzliste für Anmerkungen eingefügt werden.

Anfangs soll diese Liste den Inhalt einer Anmerkung enthalten, die in der Infobox Virus angewendet wird.

Status: in Vorbereitung.

Ende: Tb 2 (von 3; Planungskommentar)

Start: Tb 3 (von 3; Planungskommentar)

Thema: "SARS-CoV-2, ICTV-CSG, Schwesterklade" (siehe Diskussion).

Beschreibung: Im Textbereich 3 soll der Inhalt für einen neuen Einzelnachweis eingetragen werden.

Der Einzelnachweis wird anfangs in der Infobox Virus angewendet.

Status: in Vorbereitung.

Ende: Tb 3 (von 3; Planungskommentar)

b - in Vorbereitung
c - umgesetzt

Dokumentation der Umsetzung

Vorversion: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=211142969

Einfügen: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=211152668

Umsetzen: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=211153593

Entfernen: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=211153852

Vergleich Einfügen-Umsetzen: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&type=revision&diff=211153593&oldid=211152668

Vergleich Vorversion-Entfernen: https://de.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=211153852

--

--

a
    • 2021-04-20T21:08:33
    • 2021-04-21T09:27:37
    • 2021-04-21T09:56:44
    • 2021-04-21T10:04:39
{ {Anker|Dirk123456.2021-0421.Umsetzung-Plan.i2t-f3a}}Umsetzung des Plans
  • Vorversion  →  oldid=211142969 (2021-04-20T21:08:33 UTC)
  • Status: in Vorbereitung  →  oldid=211152668 (2021-04-21T09:27:37 UTC)
  • Status: umgesetzt  →  oldid=211153593 (2021-04-21T09:56:44 UTC)
    Vergleich, "in Vorbereitung"↔"umgesetzt"  →  
  • Ergebnis  →  oldid=211153852 (2021-04-21T10:04:39 UTC)
    Vergleich, Vorversion↔Ergebnis  →  
| Zum Plan am Ende des vorausgehenden Beitrags↑ | Zur Überschrift↑ |
MfG --~~

Materialsammlung

== Einzelnachweise ==
<references responsive>
<ref name="abas_einstuf">
{{Internetquelle
 |url=https://www.baua.de/DE/Aufgaben/Geschaeftsfuehrung-von-Ausschuessen/ABAS/pdf/SARS-CoV-2.pdf
 |titel=Beschluss 1/2020 des ABAS vom 19. 2. 2020 und Begründung zur vorläufigen Einstufung des Virus SARS-CoV-2 in Risikogruppe 3 und Empfehlungen zu nicht gezielten Tätigkeiten (Labordiagnostik) und gezielten Tätigkeiten mit SARS-CoV-2
 |werk=Website der [[Bundesanstalt für Arbeitsschutz und Arbeitsmedizin]]
 |datum=2020-02-19
 |abruf=2020-02-23
 |format=PDF; 140 kB}}
</ref>
...
</references>

<references group="A">

<ref name="Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A">

...

</ref>

</references>

<ref name="Anm-Schwesterkladen-CSG" group="A" />


--

Das Problem scheint zu sein, dass medizinische Aspekte und phylogenetische Aspekte die Benennung beeinflussen; ein Virus interessiert sich aber nicht dafür, mit wem es verwandt ist, wenn es jemanden krank macht. Im Kasten 1 (Box 1 Virus discovery and naming: from disease-based to phenotype-free; in doi: 10.1038/s41564-020-0695-z) gibt es ein Schema, dass dieses Dilemma darstellt:

  • die WHO hatte zwei Seuchen benannt (oder deren Benennung bestätigt), nämlich SARS und MERS, und
  • die Arbeitsgruppe „ICTV-CSG“ hatte zwei Seuchen-verursachende Viren benannt, nämlich SARS-CoV und MERS-CoV.  ―  Anmerkung zu „ICTV-CSG“: so heißt die Arbeitsgruppe, also die „Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“, in der schematischen Abbildung.

Im Jahr 2019 kam dann eine dritte Seuche dazu, die von der WHO als COVID-19 bezeichnet wurde. Die ersten beiden Seuchen wurden von zwei Coronaviren ausgelöst, die unterschiedlichen Virusarten angehören; die dritte Seuche wurde von einem Virus ausgelöst, dass der gleichen Virusart angehört, wie jenes Virus der ersten Seuche. Das Muster:

  • „X Y Respiratory Syndrome → XYRS → XYRS-CoV“ funktionierte nicht mehr.

Was ist „SARS-CoV“ heute? Es ist vermutlich nur ein Kompromiss, der „auf Phylogenie, Taxonomie und etablierter Praxis basiert“ (siehe oben: „... Based on phylogeny, taxonomy and established practice, ...“).

--

Da die Verhältnisse ausreichend kompliziert sind, kann man sie im Artikel SARS-CoV-2 weder in der Einleitung, noch in der Infobox am Anfang gleichzeitig richtig und übersichtlich darstellen. Gerade eine Infobox bietet wenig Raum für die Darstellung komplexer Zusammenhänge.

Da die Spezies ein Taxon ist, kann man die „Infobox Virus“ im entsprechenden Artikel, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, sinnvoll anwenden. Solche Ausdrücke wie „SARS-CoV“, „SARS-CoV-1“ und „SARS-CoV-2“ beziehen sich auf Bedeutungsinhalte, denen keine sinnvolle Rubrik zugeordnet werden kann, die sich für die Infobox eignen würde. Weder das bisher nicht gültige Taxon „Unterart“ (gegenwärtig anwendet: Vorlage:Infobox Virus – Version vom 23.3.'21 – oldid=210116141; Einbindung im Artikel mit dem Titel „SARS-CoV-2“ – Version vom 19.4.'21 – oldid=211110490), noch ein einzelner „Stamm“ (wie sie in der engl. Wikipedia angewendet wurde) sind wirklich zutreffend. Einzelne wissenschaftliche Publikationen liefern keinen punktgenauen Beleg für eine eindeutige Rubrik. Die Begriffe „Klade“ und „Schwesterklade“ phylogenetische „Arbeitsbegriffe“, aber keine verbindlichen taxonomischen Einheiten.

-- Ich habe bereits versucht, dieses Problem mit der „Unterart“ in der Infobox „zu umschiffen“, indem ich dort eine Anmerkung angebracht habe, die darauf hinweisen sollte, dass SARS-CoV eigentlich keine „Unterart“, sondern eine „Klade“ ist (das wurde dokumentiert – Diskussion: oldid=209511424#SARS-CoV, Anmerkungen, Taxonomie; Versionsvergleich: diff=209455357&oldid=209300463). Das ändert aber nichts daran, dass weder SARS-CoV, noch SARS-CoV-2 „Unterarten“ sind, weil weder die Virusart (oder besser „species“: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus), noch jede andere Virusart in „subspecies“, „Subspezies“, „Unterarten“ oder ähnliches gegliedert wird; der Begriff sollte vermieden werden.

--

a

Preprint suche zeichenketten

"virus" - >50 in Prepint

"subspecies" - 0 in Preprint

"sister" - 1 in Preprint

Preprint Abstract:

  • „Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG formally recognizes this virus as a sister to severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus and designates it as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).“

"clade" - 2 in Preprint

Preprint „Is the human coronavirus that emerged in Asia in December 2019 novel?“:

  • „This question is answered in best practice by evaluating the degree of relatedness of the candidate virus to previously known viruses of the same host or established monophyletic groups of viruses, often known as genotypes or clades, which may or may not include viruses of different hosts. This is formally addressed in the framework of virus taxonomy (Box 2).“

Preprint „Defining novelty and the place of SARS-CoV-2 within the taxonomy of the Coronaviridae family“:

  • „(Note that this clade structure is susceptible to homologous recombination, which is common in this species/(29)//(28)/,/(30)/; to formalize clade definition, it must be revisited after the virus sampling of the deep branches was improved sufficiently).“

Nat.Mi-Pub (Nature-Microbiology-Publikation)

"virus" - >50 in Nat.Mi-Pub

"sister" - 1 in Nat.Mi-Pub

  • „Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG recognizes this virus as forming a sister clade to the prototype human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, and designates it as SARS-CoV-2.“

"clade" -

  • Abstract →„Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG recognizes this virus as forming a sister clade to the prototype human and bat severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, and designates it as SARS-CoV-2.“
  • „Classifying and naming viruses and virus species“ →„This question is answered in best practice by evaluating the degree of relatedness of the candidate virus to previously identified viruses infecting the same host or established monophyletic groups of viruses, often known as genotypes or clades, which may or may not include viruses of different hosts. This is formally addressed in the framework of the official classification of virus taxonomy and is overseen and coordinated by the ICTV/(4)/.“
  • „Box 4 Classifying SARS-CoV-2“→„This clade structure is susceptible to homologous recombination, which is common in this species/(44)/,/(58)/,/(59)/; to formalize clade definition, it must be revisited after the sampling of viruses representing the deep branches has improved sufficiently. “

"group" - >20 in Nat.Mi-Pub

  • z. B. „Box 2 Identifying viral species“ ("group" - 13 Treffer in Nat.Mi-Pub):
  • „The terms strain and isolate are commonly used to refer to virus variants, although there are different opinions as to which term should be used in a specific context. If a candidate virus clusters within a known group of isolates, it is a variant of this group and may be considered as belonging to this known virus group. In contrast, if the candidate virus is outside of known groups and its distances to viruses in these groups are comparable to those observed between viruses of different groups (intergroup distances), the candidate virus is distinct and can be considered novel.
  • This evaluation is usually conducted in silico using phylogenetic analysis, which may be complicated by uneven rates of evolution that vary across different virus lineages and genomic sites due to mutation, including the exchange of genome regions between closely related viruses (homologous recombination). However, given that the current sampling of viruses is small and highly biased toward viruses of significant medical and economic interest, group composition varies tremendously among different viruses, making decisions on virus novelty group-specific and dependent on the choice of the criteria selected for this assessment.
  • These challenges are addressed in the framework of virus taxonomy, which partitions genomic variation above strain or isolate level and develops a unique taxon nomenclature under the supervision of the ICTV/(4)/,/(5)/. To decide on whether a virus represents a new species—that is, the least diverged (and most populated) group of viruses—taxonomists use the results of different analyses. Taxonomical classification is hierarchical, using nested groups (taxa) that populate different levels (ranks) of classification. Taxa of different ranks differ in their intra-taxon pairwise divergence, which increases from the smallest at the species rank to the largest at the realm rank/(30)/. They may also be distinguished by taxon-specific markers that characterize natural groupings. Only the species and genus ranks need to be specified to classify a new virus; filling other ranks is optional. If a virus prototypes a new species, it will be regarded as taxonomically novel. If (within this framework) a virus crosses a host barrier and acquires novel properties, its classification will not change (that is, it remains part of the original species) even if the virus establishes a permanent circulation in the new host, which likely happened with coronaviruses of the four species that circulate in humans and display seasonal peaks (reviewed in ref. /(50)/). Importantly, the criteria used to define a viral species in one virus family such as Coronaviridae may not be applicable to another family such as Retroviridae, and vice versa, since Study Groups are independent in their approach to virus classification.“

"cluster" - 10 in Nat.Mi-Pub

-- The Study Groups quantify and partition the variation in the most conserved replicative proteins encoded in open reading frames 1a and 1b (ORF1a/1b) of the coronavirus genome (Fig. 2a) to identify thresholds on pair-wise patristic distances (PPDs) that demarcate virus clusters at different ranks.

"pair-wise" - 2

"PPD" - 13

" PD" - ~10

"patrist" - 1

"demarc" - ~13-15 (Software DEmARC - DivErsity pArtitioning by hieRarchical Clustering - Wortspiel „demarc“=„Abgrenzung“ / ungefähre Bedeutung: „Abgrenzung von Vielfalt durch hierarchische Zuordnung“

{ 9 x "DEmARC" (1. bis 9.) und 7 x m/demarcat[a-z]/ → demarcated demarcate 1. demarcations 2. demarcation 3.-5. (3 x demarcation) 6. | (in Acknowledgements 7.) (in Contributions 8.-9.) }

Die Software „DEmARC“ kommt 9-mal vor, 6-mal im eigentlichen Text und 3-mal hinter den „References“; andere „demarc...“-Wörter kommen 7-mal vor, alle im eigentlichen Text: „demarcated“ (1x), „demarcate“ (1x), „demarcations“ (1x), „demarcation“ (3x).

"taxa" - 11 (alle „taxa“ als Wort, 11x)

"taxo" - ~27 im eigentlichen Text, „International Committee on Taxonomy of Viruses“ (2x), „taxon“, „taxonomy“, „viruses—taxonomists“, „Taxonomical classification is hierarchical“, „intra-taxon pairwise divergence“, „taxon-specific markers“, „taxonomically novel“, „Fig. 1: Taxonomy of selected coronaviruses.“, „Note that these two taxonomies were independently developed using completely different criteria.“, „taxonomic position of SARS-CoV-2 within the subgenus Sarbecovirus.“

--

In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus“ bzw. „SARS-CoV“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses), welches sich mit der offiziellen Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder die „Spezies“) als kleinste verwendbare Einheit (Taxon) für diese Einteilung. Die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae, CSG („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), bezeichnete die beiden Viren, „SARS-CoV“ (jenes Virus, das die Krankheit SARS hervorrufen kann) und „SARS-CoV-2“ (jenes Virus, das die Krankheit COVID-19 hervorrufen kann) als Kladen, als „Schwesterkladen“ („sister clades“) innerhalb derselben Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (Gorbalenya et al., 2020; PMID 32123347>).

Experiment mit Quelltext-Übersetzung

Die direkte Übersetzung des Abschnitt a für eine Abschnitt b hat sich sich nicht bewährt. Die Nacharbeit lohnt sich nicht, da die Wikitext-Syntax verändert wird.

-versuch

SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 (CDC-23312).png

3D-Grafik des SARS-CoV-2-Virions[4]

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Riboviria
Reich: Orthornavirae[3]
Phylum: Pisuviricota[3]
Klasse: Pisoniviricetes[3]
Ordnung: Nidovirales
Unterordnung: Cornidovirineae[3]
Familie: Coronaviridae
Unterfamilie: Orthocoronavirinae
Gattung: Betacoronavirus
Untergattung: Sarbecovirus
Art: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus[1]
Unterart: severe acute respiratory syndrome coronavirus 2[A 1][2]
Taxonomische Merkmale
Genom: (+)ssRNA linear
Hülle: vorhanden
Wissenschaftlicher Name
severe acute respiratory syndrome coronavirus 2[1]
Kurzbezeichnung
SARS-CoV-2[1]
Links
NCBI Taxonomy: 2697049
NCBI Reference: LC521925, LC522972, LC522973, LC522974, LC522975, LR757995, LR757996, LR757997, LR757998, MN908947, MN938384, MN975262, MN985325, MN988668, MN988669, MN988713, MN994467, MN994468, MN996527, MN996528, MN996529, MN996530, MN996531, MN997409, MT007544, MT019529, MT019530, MT019531, MT019532, MT019533, MT020781, MT020880, MT020881, MT027062, MT027063, MT027064, MT039873, MT039887, MT039888, MT039890, MT044257, MT044258, MT049951, NC_045512
ViralZone (Expasy, SIB): 9056,
764 (Gattung)

Das Virus SARS-CoV-2 (Abk. für englisch severe acute respiratory syndrome coronavirus type 2),...

[A 1]

Test - Anmerkungen

  1. ↑ a b In dieser Übersicht (Infobox Virus) wurde das Virus mit dem Namen „severe acute respiratory syndrome coronavirus 2“ bzw. „SARS-CoV-2“ vereinfachend als Unterart bzw. Subspezies eingeordnet. Die zuständige Institution, das Internationale Komitee für die Taxonomie von Viren (ICTV, International Committee on Taxonomy of Viruses), welches sich mit der offiziellen Einteilung und Benennung von Viren beschäftigt, definiert die „species“ (also die „Virusart“ oder die „Spezies“) als kleinste verwendbare Einheit (Taxon) für diese Einteilung. Die zuständige Arbeitsgruppe für die Coronaviridae, CSG („Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses“), verwendet den Begriff Klade bzw. „Schwesterklade“ („sister clade“) für die Zuordnung von „SARS-CoV-2“ gegenüber anderen Viren innerhalb derselben Spezies, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (CSG, Gorbalenya et al., 2020; https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z).

Test - Einzelnachweise

  1. ↑ a b c Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L.M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola, John Ziebuhr: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group. In: bioRxiv. 11. Februar 2020, bioRxiv: 10.1101/2020.02.07.937862v1 (Preprint-Volltext), S. 1–20, doi:10.1101/2020.02.07.937862 (englisch).
  2. ↑ Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses., Gorbalenya, A.E., Baker, S.C. et al.: The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. In: Nature Microbiology. Band 5, Nr. 4, April 2020, ISSN 2058-5276, S. 536–544, doi:10.1038/s41564-020-0695-z, PMID 32123347, PMC 7095448 (freier Volltext) – (nature.com).
  3. ↑ a b c d ICTV: ICTV Taxonomy history: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, EC 51, Berlin, Juli 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
  4. ↑ Alissa Eckert, MS, Dan Higgins, MAM: ID#: 23312. In: Centers for Disease Control and Prevention (Hrsg.): Public Health Image Library (PHIL). 2020, abgerufen am 26. Februar 2020.
Abgerufen von „https://de.wikiup.org/index.php?title=Benutzer:Dirk123456/Baustellenbaustelle_001/Baustelle-3/Baustelle-3.24&oldid=211156791“